基於低深度全基因組測序（LP-WGS）的循環腫瘤DNA（ctDNA）分析是檢測體細胞拷貝數變異（CNA）的方法，本研究旨在探索其對於乳腺癌的臨床意義。分析了207例轉移性乳腺癌（MBC）患者的LP-WGS ctDNA數據，探索了ctDNA CNA負荷的預後價值，並通過分析465例入組3期PEARLY試驗（NCT02441933）接受新輔助化療的II-III期三陰性乳腺癌（TNBC）患者數據，對結論進行驗證。此外，評估了位點水平LP-WGS ctDNA檢測結果的臨床意義。本研究發現，在MBC患者中，高基線ctDNA CNA負荷預測較差的總生存期和無進展生存期。PEARLY試驗事後分析表明，高基線ctDNA CNA負荷預測較差的無病生存期，無論病理完全緩解（pCR）狀態如何，證實了ctDNA CNA負荷的預後意義。pCR（+）/低I評分和非pCR/高I評分患者的24個月無病生存率分別為96.9%和55.9%。位點水平ctDNA CNA結果將MBC患者分為5個分子亞群，並揭示了可靶向治療的致癌CNA。LP-WGS ctDNA和體外分析發現，BCL6擴增介導CDK4/6抑制劑耐藥。通過shallowHRD算法評估了基於ctDNA的同源重組修復缺陷（HRD）狀態，與其他亞型相比，在TNBC中，HRD評分高的患者比例最高，與鉑類化療獲益相關。本研究結果表明，LP-WGS ctDNA CNA分析可用於預後預測和分子分類。特別是，ctDNA CNA負荷可用於指導TNBC患者升級或降級（新）輔助治療。
研究背景
最近的研究表明了循環腫瘤DNA（ctDNA）下一代測序（NGS）的臨床意義，可用於療效監測和復發預測、分子靶向治療潛在獲益患者篩選以及耐藥機制分析（例如乳腺癌中ESR1或PIK3CA突變）。先前的研究主要集中在靶向panel ctDNA測序，但panel測序無法有效檢測結構變異，包括不同基因的拷貝數變異（CNA），在乳腺癌中，其檢出率和治療相關性有限。
基於低深度全基因組測序（WGS）的ctDNA（LP-WGS ctDNA）分析可以在沒有組織測序預先告知突變數據的情況下，可靠地檢測全基因組體細胞CNA和結構變異。乳腺癌具有CNA發生率較高的特徵，先前的研究根據CNA特徵將乳腺癌分為不同的分子亞群。此外，癌基因擴增和抑癌基因缺失與乳腺癌的生物侵襲性和治療耐藥性相關，多項針對乳腺癌致癌CNA治療的試驗正在進行中。
在癌基因突變率低、CNA負荷高的腫瘤類型（如乳腺癌）的ctDNA檢測中，LP-WGS ctDNA檢測具有優勢。之前的一項研究報告了LP-WGS ctDNA分析對於晚期三陰性乳腺癌（TNBC）的預後意義。本研究探索了LP-WGS ctDNA分析對於轉移性和早期乳腺癌患者的臨床效用。不同乳腺癌亞型患者進行了LP-WGS ctDNA檢測分析體細胞CNA，並通過評估ctDNA CNA的深度和長度（正常人群cfDNA歸一化Z分數），得出CNA負荷評分，稱為「I-score」算法。該方法評估ctDNA CNA負荷，反映患者腫瘤負荷和基因組不穩定性，I評分高（I評分≥5.54，中位值）的患者可進行基因位點水平CNA分析。使用這項技術，進行了LP-WGS ctDNA分析，旨在：1）對於所有患者，使用I評分水平（腫瘤負荷加基因組不穩定性）進行預後預測分析，2）對於I評分高的患者，進行基因位點CNA分析和shallowHRD分析（基因組不穩定性）。
首先分析了新診斷為MBC患者前瞻性隊列的基線ctDNA，以探索ctDNA I評分（CNA負荷）的預後價值。隨後，通過分析參加III期PEARLY試驗（NCT02441933，BIG Supporter Study BIG 19-01，KCSG BR15-01）接受（新）輔助治療的II-III期TNBC患者大型前瞻性隊列，驗證了基線ctDNA I評分的預後價值。我們還利用位點水平ctDNA CNA譜數據進行分子分類、同源重組缺陷（HRD）評估和耐藥機制鑑定，全面分析MBC ctDNA CNA檢測的臨床意義。
研究結果
轉移性乳腺癌（MBC）患者隊列以及基於LP-WGS ctDNA分析的體細胞CNA檢測和CNA負荷I評分
分析了207例新診斷的MBC患者的LP-WGS ctDNA數據，這些患者納入了兩項轉化研究（MBC-DB和MULTI-DNA）的前瞻性隊列，納入流程見補充圖1，患者特徵見補充表1。LP-WGS ctDNA分析發現，不同亞型的MBC患者存在體細胞CNA，常見位點水平（1 Mb）CNA（圖 1A）。LP-WGS ctDNA CNA負荷評分由ctDNA拷貝數變異的深度和長度求和得出（圖1B），稱之為「I-score」算法。I評分中使用的CNA Z分數對正常人群cfDNA CNV進行歸一化，因此I評分作為單樣本評估，無需隊列歸一化。我們發現I評分範圍在2.55-12.98之間，中位值為5.54，並且在MBC患者中呈雙峰分布。TNBC的基線I評分水平高於其他亞型（圖1C，p = 0.012）。23/207例MBC患者進行了配對腫瘤組織LP-WGS（圖1D）。14例患者I評分較高（I評分≥5.54，中位值），9例患者I評分較低（<5.54）。I評分低的患者ctDNA CNA水平低於腫瘤DNA CNA。相比之下，I評分高的患者腫瘤和血漿基因位點水平CNA相關性較好（圖1D）。
補充圖1. 納入流程
補充表1. 患者特徵
圖1. 轉移性乳腺癌患者基於低深度全基因組測序（LP-WGS）的循環腫瘤DNA（ctDNA）譜和使用「I-score」方法評估拷貝數變異（CNA）負荷。
（A）207例轉移性乳腺癌患者LP-WGS ctDNA分析揭示位點水平（1 Mb對解析度）CNA譜熱圖。
（B）衡量ctDNA全基因組染色體不穩定性的I評分計算示意圖。
（C）不同亞型的轉移性乳腺癌I評分分布點圖。
（D）高I-score轉移性乳腺癌患者中，ctDNA CNA（血漿）與腫瘤組織CNA的相關性
MBC患者基線I評分水平與腫瘤負荷的相關性
為了探索基線ctDNA CNA負荷I評分的預後意義，使用中位I評分5.54，將患者分為兩類。我們發現，與I評分低的患者相比，I評分高的患者（n=103，I評分≥5.54）更常發生內臟轉移、肝臟、骨轉移、遠處淋巴結和腦轉移，提示高基線I評分水平與高腫瘤負荷相關。I評分與受累器官數量呈正相關，與基線腫瘤靶病灶直徑（根據實體瘤療效評估標準（RECIST）1.1）的相關性中等。然而，在相同的腫瘤負荷下，I評分水平存在相當大的差異，表明I評分提示乳腺癌患者的腫瘤負荷和體細胞基因組不穩定性（染色體不穩定性）水平。
MBC患者基線I評分水平與預後和治療反應的相關性
與I評分低的患者相比，I評分高的患者OS顯著較差（p < 0.001），I評分較大四分位數的患者OS較差（圖2A）。臨床因素校正後的多變量Cox分析顯示，高基線I評分水平是獨立不良預後因素（風險比，3.41；95%置信區間[CI]，1.78-6.56；p <0.001）。在不同亞組中一致觀察到高I評分與不良預後相關（圖2B）。亞組分析顯示，在HR+HER2-亞型、TNBC亞型、新發IV期疾病和復發性疾病患者中，高I評分與OS較差有關。高I評分患者內分泌加CDK4/6抑制劑治療（p = 0.005）、抗HER2治療（p = 0.032）和細胞毒性化療（p = 0.012）的無進展生存期（PFS）顯著較差（圖2C）。內臟轉移和疾病狀態校正後的多變量分析顯示，在所有類型的一線全身治療中，高I評分與PFS較差顯著相關。
圖2. 轉移性乳腺癌（MBC）患者基線LP-WGS ctDNA I評分與一線全身治療的總生存期（OS）和無進展生存期（PFS）的相關性。
（A）MBC（n = 207）患者總生存期（OS）Kaplan-Meier圖，根據I評分CNA水平分層。左圖根據中位I評分5.54分層，右圖根據四分位I評分分層。
（B）高I評分狀態與低I評分狀態患者的總生存期（OS）風險比森林圖。
（C）MBC患者一線全身治療（內分泌治療 [ET] + CDK4/6抑制劑、抗HER2治療和細胞毒性化療）的PFS Kaplan–Meier曲線，根據I評分5.54分層
在PEARLY試驗早期TNBC患者中驗證I評分的預後意義
評估了在PEARLY試驗II期或III期TNBC患者（n=465，補充表4）中，基線ctDNA I評分（新輔助化療前）的臨床意義，中位隨訪時間為31.9個月。我們僅納入了新輔助治療患者隊列（n = 465），不知曉隨機化信息（卡鉑或無卡鉑）。分析發現，基線I評分水平與開始新輔助化療前的臨床T和N分期呈正相關（圖3A）。新輔助化療後病理完全緩解（pCR）和非pCR患者的基線I評分水平相似（圖3B）。而ypT2-4或ypN2-3患者的I評分水平分別顯著高於ypT0/is/1或ypN0-1患者（ypT分期p = 0.010，ypN分期p = 0.001）（圖3B）。為了驗證在輔助治療中，I評分適當閾值的預後價值，我們將患者交替分配到探索性隊列（n = 232）和驗證隊列（n = 233），患者數量和隨訪時間相當。在探索性隊列的單變量Cox回歸分析中，連續基線I評分值與術後無病生存期（DFS）較差顯著相關（風險比，1.220，95% CI 1.102-1.350，p <0.001）。探索性隊列中，基於最大化log-rank檢驗，將I評分閾值設為5.53，將DFS分層。在探索性隊列中，高I評分（I評分≥5.53）患者的DFS顯著短於低I評分患者（p < 0.001，圖3C）。在多變量Cox分析顯示，在探索性隊列中，高I評分預測DFS較差，無論臨床T期、臨床N期和pCR狀態如何（風險比，2.91，95% CI 1.36-6.22，p = 0.006，表1）。在驗證隊列中，log-rank檢驗驗證了高I評分與較差的DFS相關（p = 0.023），多變量Cox分析驗證了I評分是影響DFS的獨立預後因素（風險比，2.13，95% CI 1.09-4.14，p = 0.027，表1）。值得注意的是，基線高I評分患者的DFS顯著短於低I評分患者，在pCR（+）和非pCR組中均是如此（圖3D）。在探索性隊列中，pCR（+）/低I評分患者的24個月DFS率為96.1%，而非pCR/高I評分患者為68.0%（圖3D）。在驗證隊列中，pCR（+）/低I評分和非pCR/高I評分患者的24個月DFS率分別為96.9%和55.9%。此外，將患者1：1隨機分配至探索性隊列2（n = 235）和驗證隊列2（n = 230），使用淋巴結轉移和手術順序作為分層因素，重複DFS分析，得到了相同的結論。
補充表4. 患者特徵
圖3. PEARLY研究II-III期三陰性乳腺癌（TNBC）患者中，基線LP-WGS ctDNA I評分對無病生存期和新輔助化療反應的預後作用。
（A）PEARLY研究中接受新輔助化療的II-III期 TNBC（n= 465）患者的基線ctDNA I評分點圖，根據臨床腫瘤（cT）和淋巴結（cN）分期分層。
（B）基線ctDNA I評分點圖，根據新輔助化療後的病理完全緩解（pCR）狀態和手術組織病理T和N分期（ypT和ypN分期）分層。
（C）術後無病生存期Kaplan-Meier圖，根據基線ctDNA I評分水平（閾值5.53）分層。探索性（n = 232，左圖）和驗證（n=233，右圖）隊列的Kaplan–Meier曲線。
（D）探索性（n = 232，左圖）和驗證（n = 233，右圖）TNBC患者隊列無病生存期Kaplan-Meier曲線，根據pCR/非pCR狀態和基線I評分水平分為四組。
表1. PEARLY試驗TNBC患者DFS Cox回歸分析，根據I評分和pCR狀態分層
MBC患者基於LP-WGS ctDNA譜的分子聚類
進一步分析了高I評分MBC患者的ctDNA CNA譜。基因位點水平CNA分析在I評分低（I評分<5.54）的患者中不可行，因為其CNA譜的解析度較低，僅在I評分高（I評分≥ 5.54）的患者中可行。首先比較了高I評分（I評分≥5.54）患者中ERBB2基因位點ctDNA CNA Z分數和腫瘤組織HER2 IHC/ISH狀態。HER2 IHC3+患者的ERBB2 ctDNA CNA高於其他患者，並與HER2 ISH擴增指數相關。ctDNA GISTIC分析揭示了每種乳腺癌亞型中不同的CNA特徵和癌基因擴增。我們從Cancer Genome Interpreter資料庫中選擇了乳腺癌相關基因，並對選定的基因CNA進行了無監督k均值聚類，揭示了5個不同的分子亞群，包括基底樣（BL），EGFR高基底樣（EB），CCND1高（CD），luminal（LU）和HER2富集（HER2E）（圖4A）。CCND1和EGFR擴增在CD和EB組中較為常見，而FGFR1擴增多見於LU組。此外，5個亞組OS不同（圖4B）。LP-WGS ctDNA亞組通常與乳腺癌組織亞型相關（HR+HER2-，LU和CD型；HR-HER2+和HR+ HER2+，HE型；TNBC，BL和EB型）。然而，在15.75%的患者中，腫瘤組織與ctDNA類型不匹配。在各分子亞群和腫瘤亞型中，位點水平LP-WGS ctDNA分析發現了已知的可靶向治療癌基因/抑癌基因CNA（圖4C）。HR+HER2-和TNBC亞型患者分別以LU和BL分子亞群為主。然而，一部分患者表現出其他分子特徵，在同一受體亞型中，患者OS往往因分子特徵而異（圖 4D）。在HR+HER2-亞型中，與LU或CD患者相比，BL患者（n = 2）的OS較差。
圖4. 通過位點水平LP-WGS ctDNA CNA對轉移性乳腺癌患者進行分子聚類分析。
（A）高I評分MBC患者（n = 103）Cancer Genome Interpreter資料庫中乳腺癌相關基因位點水平CNA熱圖。使用無監督k均值聚類將患者分為5個分子亞群，包括基底樣[BL]、EGFR高基底樣[EB]、CCND1高[CD]、luminal [LU]和HER2富集[HER2E]。
（B）5個分子亞群的OS Kaplan-Meier曲線。
（C）MBC可靶向治療或預測性基因擴增（Z分數≥ 5）或缺失（Z分數< -5）。FDA批准的靶向藥物相關基因用紅色突出顯示。
（D）HR（+）HER2（-）（左圖）和TNBC（右圖）亞型患者的總生存期（OS）Kaplan-Meier曲線，根據分子亞群和分子亞群比例（餅圖）分層。
通過LP-WGS ctDNA分析鑑定分子治療耐藥原因
接下來，探索了在高I評分患者中，ctDNA染色體擴增位點與治療反應的相關性。我們發現，BCL6（3q27.3）、PIK3CA（3q26.32）和MAFB（20q13.2）擴增預測內分泌加CDK4/6抑制劑治療的PFS較差（圖5A）。使用慢病毒轉染讓MCF7細胞過表達BCL6，發現表達BCL6的MCF7細胞對阿貝西利、哌柏西利和氟維司群治療表現出耐藥性（圖5B）。我們還觀察到，在CDK4/6抑制劑耐藥細胞中，CDK4/6抑制劑和BI-3802 BCL6抑制劑聯合治療消除了對CDK4/6抑制劑的耐藥性（圖5C和5D）。在TCGA乳腺癌數據中，BCL6 mRNA表達與BCL6線性拷貝數水平呈正相關，METBRIC資料庫也顯示BCL6擴增患者BCL6表達較高（通過微陣列）。另外，基於METABRIC資料庫，在HR（+）HER2（-）乳腺癌患者中，BCL6擴增是顯著的不良預後因素（N = 1398）。然而，在MCF7細胞中，PIK3CA過表達不影響對CDK4/6抑制劑的反應，提示在CDK4/6抑制劑耐藥中，PIK3CA擴增可能是的BCL6共擴增乘客。此外，chr12p13.31擴增預測細胞毒性化療的PFS較差，與先前的一項研究一致，該研究表明，TNBC患者chr12p擴增預測對多西紫杉醇和卡鉑反應不佳。
圖5. 使用LP-WGS ctDNA CNA分析鑑定和驗證全身治療耐藥性相關 CNA位點。
（A）接受CDK4/6抑制劑加內分泌治療的MBC患者LP-WGS ctDNA分析的GISTIC圖和代表性基因（左圖），以及無進展生存期（PFS）Kaplan–Meier曲線，根據BCL6位點擴增分層（右圖）。
（B）模擬（MSCV-puro）載體轉染表達BCL6（MSCV-puro BCL6）MCF7細胞中，CDK4/6抑制劑（阿貝西利和哌柏西利）和氟維司群的劑量活力曲線。
（C）進行BI-3802（1和5μM）治療的MCF7和T47D細胞中BCL6蛋白質印跡測定。
（D）僅用CDK4/6抑制劑或CDK4/6抑制劑加BI-3802治療的CDK4/6抑制劑耐藥MCF7細胞的劑量活力曲線。
連續LP-WGS ctDNA監測
分析了48例患者匹配的基線和進展後LP-WGS ctDNA，進展後ctDNA收集的時間點為影像學顯示較最佳反應進展（根據RECIST 1.1標準）。發現CDK4/6抑制劑治療患者進展後樣本的I評分升高（p = 0.003，圖6A）。相比之下，抗HER2治療進展後I評分沒有變化，細胞毒性化療進展後I評分下降（p = 0.023）。治療前（基線）和治療後（進展）這段間隔的I評分變化往往與靶病灶直徑變化（根據RECIST 1.1）相關。關於入組MULTI-DNA研究的15例患者，在基線和1、2、3個周期後以及全身治療進展時收集ctDNA樣本。有患者在1個周期化療後，I評分下降並維持在低水平，這部分患者3個周期後第一次影像學評估顯示疾病穩定或部分緩解（圖6B）。相比之下，1例接受紫杉醇加卡鉑化療的TNBC患者，在每個化療周期都保持了較高的I評分水平，在第一次療效評估中表現出早期進展（圖6B）。此外，分析了2例每次影像學評估時都同時進行LP-WGS ctDNA分析的TNBC患者，發現腫瘤緩解期間I評分水平下降，影像學進展前I評分升高。在大多數（46/48）患者中，基線和進展後LP-WGS ctDNA位點水平CNA特徵相似。然而，CDK4/6抑制劑治療後樣本繼發FGFR1和MYC擴增（各有1例患者檢出，共2例患者，4.2%= 2/48）（圖6C和6D），與先前研究顯示FGFR1和MYC擴增與CDK4/6抑制劑耐藥相關一致。
圖6. 轉移性乳腺癌患者LP-WGS ctDNA分析用於治療監測和耐藥機制鑑定。
（A）接受內分泌治療[ET] + CDK4/6抑制劑、抗HER2治療和細胞毒性化療的轉移性乳腺癌患者的基線和進展後ctDNA I評分水平連接點圖。
（B）轉移性乳腺癌患者基線、一線全身治療第1周期、第2周期和第3周期ctDNA I評分水平連續監測連接點圖。第3周期後影像學反應用不同顏色標記。
（C）CNA Z分數圖顯示，轉移性乳腺癌患者接受來曲唑加哌柏西利治療16.4個月，進展後ctDNA樣本出現FGFR1擴增（紅色標記）。
（D）轉移性乳腺癌患者接受來曲唑加哌柏西利治療8.0個月，進展後ctDNA樣本較基線出現MYC擴增（紅色標記）。
基於LP-WGS ctDNA的HRD評估
在高I評分MBC患者（n = 103）中，基於ctDNA CNA數據評估體細胞HRD基因組疤痕特徵，使用shallowHRD算法評估大片段遷移（LST）。ctDNA shallowHRD評分從0到36不等，中位數為3，我們將shallowHRD評分≥10定義為高評分。shallowHRD評分高的患者CNA譜表現出更高水平的大片段基因組改變（LGA），這可以通過shallowHRD算法評估（圖7A）。我們發現，在TNBC中，高評分患者比例高於其他亞型（shallowHRD評分≥10：60.7%，17/28），HR + HER2-患者中有13.3%（6/45）shallowHRD評分較高（圖7B）。shallowHRD評分往往與I評分水平相關，因為I評分通常反映染色體不穩定性水平。然而，在TNBC亞型患者中，相同I評分水平的患者具有不同的shallowHRD評分，腫瘤負荷與shallowHRD評分無關。此外，BL和EB分子亞群的shallowHRD評分高於其他分子亞群。HRD評分高的（shallowHRD評分≥10）TNBC患者一線或二線鉑類化療的緩解率較高，腫瘤負荷降低患者比例較高（基線時只有可測量病灶的患者；高HRD評分患者：54.5%，6/11例患者 vs 低HRD評分患者：28.6%，2/7例患者，圖7C），而高和低shallowHRD評分患者的PFS沒有差異。我們發現，在所有患者以及TNBC患者中，shallowHRD水平與年齡較小相關（圖7D）。
圖7. 基於LP-WGS的同源重組缺陷（HRD）評估以及與臨床鉑類化療反應的相關性。
（A）LP-WGS ctDNA低和高shallowHRD評分的4例患者的CNA譜，顯示shallowHRD算法評估的大片段基因變異（LGA）。
（B）高I評分的MBC患者（n=103）ctDNA shallowHRD評分條形圖，根據腫瘤亞型分類（左圖）。不同MBC亞型患者ctDNA shallowHRD評分分布點圖。
（C）接受一線或二線鉑類化療的TNBC患者，根據RECIST 1.1評估靶病灶大小變化蜘蛛圖，根據ctDNA shallowHRD狀態分類。shallowHRD評分高（≥ 10）的患者標記為紅色。
（D）高I評分的MBC患者，年齡與ctDNA shallowHRD評分相關性點圖（n = 103）。
討 論
本研究報告了LP-WGS ctDNA CNA分析對於轉移性和早期乳腺癌患者的臨床意義，可用於復發和治療反應預測，分子聚類和HRD評估。首先發現，診斷時高ctDNA CNA負荷是MBC患者OS和PFS較差的獨立預後因素。重要的是，通過PEARLY試驗大型II-III期TNBC患者前瞻性隊列驗證了這一發現，表明高水平的基線I評分也與術後復發風險顯著相關，無論pCR狀態如何。此外，還表明了LP-WGS ctDNA診斷的臨床效用，可以克服乳腺癌患者常規組織和ctDNA NGS檢測在分子聚類，同源重組缺陷（HRD）評估和耐藥機制鑑定方面的局限性。
有研究評估了腫瘤組織CNA譜作為乳腺癌患者的生物標誌物，intClust CNA 分析將患者分為10種亞型，這些亞型具有不同的預後、治療緩解情況和長期復發風險。I評分通過對ctDNA CNA的深度和長度求和，來評估ctDNA CNA負荷，提示癌症患者的腫瘤負荷和基因組不穩定性。靶向panel ctDNA測序中，單核苷酸變異（SNV）丰度（VAF）只能提示腫瘤DNA分數，相比之下，在LP-WGS ctDNA分析中，I評分綜合了腫瘤負荷水平和體細胞基因組不穩定性，這兩個因素共同導致早期和轉移性乳腺癌患者中I評分高的患者的預後不良。I評分與腫瘤直徑（根據RECIST 1.1）的相關性中等。然而，在同一腫瘤負荷下，I評分水平存在相當大的差異，提示基因組不穩定性水平對I評分水平的影響很大。
重要的是，對PEARLY試驗早期TNBC患者的事後分析表明，基線I評分穩健預測DFS，無論pCR狀態如何。有趣的是，基線ctDNA CNA負荷與pCR狀態無關，但與高復發風險直接相關。基線I評分低且pCR（+）的患者預後較好，在這部分患者中，可以免去進一步的輔助治療，如卡培他濱或免疫治療。相比之下，對於基線I評分較高的患者，無論是否實現pCR，都需要升級（新）輔助化療，聯合免疫治療或其他靶向藥物。 儘管在該分析中，不知曉PEARLY試驗患者卡鉑使用情況，但III期PEARLY試驗的生存隨訪正在進行中，未來我們將評估ctDNA CNA分析在預測TNBC患者卡鉑獲益方面的價值。
除了預後預測外，在高I評分的MBC患者中，LP-WGS ctDNA檢測還能夠通過位點水平CNA分析，對腫瘤進行基因組表征。LP-WGS ctDNA分析無需侵入性腫瘤活檢即可捕獲基因水平CNA信息，可用於指導匹配的靶向治療方案，包括FGFR或EGFR抑制劑。還識別了導致CDK4/6抑制劑耐藥的潛在機制——BCL6。隨後的體外分析證實，BCL6過表達導致對CDK4/6抑制劑以及抗雌激素治療耐藥。BCL6異常激活先前已被報道為內分泌治療耐藥的機制，未來試驗需要評估BCL6和CDK4/6抑制劑聯用，以規避CDK4/6抑制劑耐藥。本LP-WGS ctDNA分析首次使用shallowHRD算法估計了HRD水平。在TNBC患者中，shallowHRD評分與鉑類化療緩解率相關。我們認為，通過液體活檢評估HRD可用於篩選PARP抑制劑或鉑類藥物治療潛在獲益人群。
本研究的優勢在於對兩個前瞻性早期和轉移性乳腺癌患者隊列進行分析，隨訪時間較長，並且I評分既可用於預後預測，又可用於分子分析。然而，應該注意到，基因位點水平CNA分析只能在高I評分患者中進行（I評分≥5.54，一半的患者），低I評分（I評分<5.54）患者由於CNA Z分數水平低，不可行。我們預計，隨著基於WGS的ctDNA檢測技術的發展，位點水平CNA檢測閾值將得到改善。
綜上所述，本研究探索了LP-WGS ctDNA分析對於轉移性和早期乳腺癌患者的臨床效用，可用於復發和預後預測、治療反應和耐藥分析以及HRD評估。特別是，在PEARLY試驗的II-III期TNBC患者中，基線ctDNA CNA負荷能夠穩健預測復發風險，無論pCR狀態如何，提示ctDNA CNA負荷或可用於指導TNBC患者升級或降級（新）輔助治療決策。本研究支持ctDNA LP-WGS在乳腺癌患者管理中的應用。
參考文獻：
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