聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂（PARPi）为BRCA或PALB2突变胰腺癌患者提供了有效的维持治疗选择。然而，关于PARPi耐药机制和最佳PARPi后治疗策略的研究较少。本研究收集了42例铂敏感晚期胰腺癌患者的配对cfDNA样本和PARPi后临床数据，这些患者参加了NCT03140670接受卢卡帕利维持治疗，其中32例出现疾病进展。在卢卡帕利治疗进展患者中，外周血检出获得性BRCA或PALB2回复突变并不常见（5/30；16.6%）。回复突变与对PARPi治疗快速耐药（mPFS 3.7个月 vs 12.5个月，p=0.001）和总生存期较差（mOS 6.2个月 vs 23.0个月，p<0.0001）显著相关。在卢卡帕利治疗进展后接受进一步治疗的患者中，所有回复突变患者再次接受了含铂化疗，比没有回复突变的患者更快发生该治疗进展（rwTTD 2.4个月 vs 5.8个月，p = 0.004）。在PARPi治疗进展并接受后续化疗的患者中，有回复突变的患者从二线治疗开始的OS显著短于没有回复突变的患者（5.5个月 vs 12.0个月，p = 0.002）。最后，在接受卢卡帕利治疗的患者中，高水平的肿瘤脱落与不良结局独立相关。本研究表明，获得性回复突变在接受卢卡帕利维持治疗的BRCA或PALB2相关晚期PDAC患者中并不常见，但有害。回复突变导致PARPi治疗快速进展，后续含铂化疗快速失败，患者总生存期较差。血液检测到这类突变可能具有预测和预后价值。
研究背景
聚（ADP-核糖）聚合酶抑制剂（PARPi）维持治疗可延长携带BRCA1、BRCA2或PALB2致病性胚系或体细胞变异的铂敏感晚期胰腺癌患者的无进展生存期（PFS），改善其生活质量。然而，患者对PARPi治疗的反应差异很大，一些肿瘤表现出原发性耐药，而另一些肿瘤对PARPi的反应持续数月甚至数年。目前，对于PARPi治疗进展的BRCA或PALB2相关胰腺癌患者，原发性和继发性PARPi 耐药基本机制，以及后续化疗疗效相关研究较少。
我们先前发表了一项单臂II期临床试验的结果，探索了卢卡帕利维持治疗在携带BRCA1、BRCA2或PALB2胚系或体细胞致病性变异的铂敏感晚期胰腺癌患者中的疗效（NCT03140670）。该临床试验收集了入组时（含铂化疗后PARPi治疗前）和卢卡帕利治疗进展时的配对循环游离（cf）DNA样本。临床结局，包括对卢卡帕利治疗方案的反应，以表格形式列出。报告了该人群的临床和cfDNA结果。
研究结果
患者
42例患者参加NCT03140670接受卢卡帕利治疗。入组时，40例患者患有转移性胰腺癌，2例患者患有不可切除局部晚期胰腺癌。在数据截止时（2021年12月10日），11例患者仍在接受卢卡帕利治疗，包括1例患者在局部进展后因临床获益仍使用卢卡帕利。在其余31例因疾病进展而停用卢卡帕利的患者中，7例未接受后续全身治疗，1例接受靶向治疗。19例继续使用卢卡帕利或未接受进展后化疗的患者未纳入进展后结局分析（见图1）。
图1. CONSORT流程图
表1按接受的进展后治疗类型分类，列出了所有42例参加NCT03140670的患者的基线和人口统计数据。在线性回归模型中，临床试验中卢卡帕利治疗时间与进展后化疗时间呈弱相关（系数=0.35，95% CI 0.03-0.67，p=0.03）。卢卡帕利治疗时间与进展后化疗类型无关（Pearson's Chi2 p=0.45）（图2）。基线KRAS变异的检出与卢卡帕利治疗的最佳反应（根据RECIST）呈负相关（Fisher精确检验 p=0.005）。进展时检测到KRAS变异与后续卢卡帕利后化疗的真实世界反应无关（Fisher’s p=0.41）。在方差分析中，基线cfDNA浓度与卢卡帕利RECIST结局无关（模型p=0.78）。Pearson相关系数显示，基线CA19-9水平与基线cfDNA浓度无关（系数0.1167，p=0.47）。方差分析显示，在卢卡帕利治疗进展并接受额外化疗的患者中，进展时cfDNA浓度与二线化疗的最佳反应无关（模型总体p=0.33），Pearson相关系数显示，进展时cfDNA浓度与CA19-9也没有显著相关性（系数0.3866，p=0.09）。
表1. NCT03140670所有入组患者的人口统计数据，按进展后治疗分类
图2. 患者水平因素与卢卡帕利和进展后化疗的结局（如适用）
临床结局
卢卡帕利后化疗由医生酌情选择，独立于临床试验。在接受卢卡帕利后全身治疗的23例患者中，18例（78.3%）接受含铂方案（奥沙利铂，n=9；顺铂，n=9），5例（21.7%）接受非含铂方案（吉西他滨+ nab-紫杉醇，n=3；基于伊立替康的方案，n=2）（表1和图1）。评估了真实世界治疗停止时间（rwTTD），定义为从卢卡帕利后化疗开始到治疗停止（或不治疗≥120天）、治疗改变、记录进展或死亡的时间（图3A）。此外，评估了OS（从二线化疗开始到死亡的时间）和OS2（从入组NCT03140670到死亡的时间）。未达到关注终点的患者在最后一次临床接触之日进行审查。
图3. 生存结局，根据进展后化疗分类
接受含铂化疗的患者，从进展后化疗起的中位rwTTD为3.7个月（95% CI 2.1-5.9个月）。接受非含铂化疗的患者，中位rwTTD为5.8个月（95% CI 1.0-NR）（图3B）。二线治疗中没有患者接受PARPi后免疫治疗，一例患者参加临床试验接受了三线CAR-T细胞治疗。
进展后接受化疗的所有23例患者，开始化疗起的中位总生存期（OS）为10.8个月（95% CI 6.2-12.8个月），中位OS2（从入组试验到死亡的时间）为18.3个月（95% CI 11.9-21.5个月）。PARPi进展后再次接受含铂化疗的患者，开始化疗起的中位OS为9.9个月（95% CI 4.4-11.5个月），OS2为14.8个月（95% CI 9.3-20.7）。接受非含铂化疗的患者，中位OS为18.7个月（95% CI 12.6-未达到（NR）），中位OS2为28.9个月（14.4-NR）（图3C和D）。
进一步评估了真实世界缓解率（rwRR），这一结果接近临床试验RECIST结果。接受非含铂化疗的5例患者中，2例（40%）获得真实世界部分缓解（rwPR）。接受含铂化疗的18例患者中，4例（22.2%）获得rwPR。2例接受含铂化疗的患者（11.1%）最佳反应为真实世界稳定疾病（rwSD）。其余患者的最佳反应为真实世界疾病进展（rwPD）（3/5例非含铂化疗，12/18例含铂化疗）（表2）。一利接受含铂化疗的患者在首次肿瘤影像学评估前死于疾病进展，因此被列为 rwPD。
表2. 关键结局，根据进展后化疗分类
cfDNA分析
在入组NCT03140670的42例患者中，41例在基线时获取了cfDNA样本（铂敏感，卢卡帕利前），其中36例（88%）检测到肿瘤来源的cfDNA。在卢卡帕利治疗进展的31例患者中，30例有进展时cfDNA样本，其中所有患者（100%）均检测到cfDNA（图2）。这些检测是在临床试验完成后分批进行的，所以进展后治疗医生无法获得结果。因此，这些结果不影响治疗决策。
在卢卡帕利治疗进展且有进展时cfDNA样本的30例患者中，7例在任一时间点检测到回复突变，5例（16.6%）继发回复突变，这些突变恢复了BRCA或PALB2基因的开放阅读框，从而恢复了蛋白质功能。2例在入组试验时有回复突变的患者使用PARPi均出现疾病快速进展，其中一例患者仅在基线时检测到回复突变，另一例患者在基线和疾病进展时均检测到（相同的）回复突变。在所有疾病进展的患者中，任一时间点检测到回复突变的患者相比没有回复突变的患者，卢卡帕利治疗的OS[中位OS 6.2个月（95% CI 1.3-11.3）vs 23.0个月（95% CI 19.0-28.9），log-rank p<0.0001]和PFS[中位PFS 3.7个月（95% CI 0.9-4.1）vs 12.5个月（95% CI 5.3-16.0），log-rank p=0.001]显著较短（图4A和4B）。类似地，继发回复突变的患者相比未出现回复突变的患者，卢卡帕利治疗的OS[中位9.3个月（95% CI 4.6-NR）vs 23.0个月（95% CI 19.0-28.9），p<0.001]和PFS[中位3.8个月（95% CI 1.8-NR）vs 12.5个月（95% CI 5.3-16.0），p=0.009]显著较短（图4C和4D）。
图4. 回复突变与预后较差相关
与未发生回复突变的患者相比，任一时间点有回复突变的患者卢卡帕利后结局显著较差。在卢卡帕利治疗进展后接受进一步治疗的患者中，有回复突变的患者进展后治疗的中位rwTTD和OS分别为2.4个月（95% CI 0.6-NR）和5.5个月（95% CI 3.2-NR），而没有回复突变的患者为5.8个月（95% CI 2.6-9.9）和12.0个月（95% CI 9.9-15.0）（log-rank rwTTD p= 0.004，OS p= 0.002）。此外，有回复突变的患者卢卡帕利后含铂化疗结局比没有回复突变的患者差。4例进展时检测到回复突变的患者和14 例进展时未检测到回复突变的患者在卢卡帕利治疗进展后接受了含铂化疗。有回复突变（n = 4）的患者卢卡帕利后化疗的中位OS为5.5个月（95% CI 4.4-NR），没有回复突变的患者为10.3个月（95% CI 3.2-14.4，log-rank p = 0.13）（图4E）。有回复突变的患者二线含铂化疗的中位rwTTD为2.1个月（95% CI 0.6-NR），而没有回复突变的14例患者为3.9个月（95% CI 1.7-8.4，log-rank p=0.03）（图4F）。最后，3例患者发生杂合性缺失（LOH）事件，但其中只有1例患者存在BRCA LOH（该患者携带BRCA1和BRCA2 LOH）。没有患者携带PALB2 LOH。
在42例入组患者中，21例有肿瘤组织NGS结果，其中17例（81%）肿瘤组织检测到KRAS突变。36例基线可检测到cfDNA的患者中，10例（27.7%）检测到KRAS突变，26例（72.2%）未检测到KRAS突变。疾病进展时，在31份cfDNA样本中，17份（53.1%）检测到KRAS突变。基线时外周血检测到KRAS变异的患者（n=10）卢卡帕利治疗的mPFS显著短于未检测到KRAS变异的患者（n=31）：mPFS 1.7个月 vs 16.1个月（log-rank p=0.026）。类似地，基线时外周血检测到KRAS变异的患者中位OS显著短于未检出患者（9.1个月vs 29.0个月，p = 0.014）。对整个队列（n=41）12个月OS二分类结局突变丰度（VAF）指标的受试者工作特征曲线下面积（AUC/ROC）分析显示，KRAS VAF（AUC= 0.771，95% CI 0.597-0.944）、中位VAF（AUC= 0.745，95% CI 0.570-0.919）、平均VAF（AUC=0.703，95% CI 0.520-0.886）和变异计数（AUC= 0.727，95% CI 0.559-0.896）与结局相关，而最大VAF（AUC=0.679，95% CI 0.490-0.868）和最小VAF（AUC=0.663，95% CI 0.486-0.850）与结局无关。在已知KRAS突变患者中（cfDNA或组织检出，n=25），KRAS VAF（AUC=0.708，95% CI 0.512-0.905）、最大VAF（AUC=0.742，95% CI 0.537-0.949）、最小VAF（AUC=0.746，95% CI 0.555-0.938）、中位VAF（AUC=0.833， 95% CI 0.672-0.994）、平均VAF（AUC=0.781，95% CI 0.590-0.972）和变异计数（AUC=0.760， 95% CI 0.567-0.954）均与12个月OS相关。提示肿瘤脱落（代表接受积极治疗时肿瘤生长），而不是单突变状态，可能是这些患者结局较差的驱动因素。值得注意的是，入组时2例局部晚期疾病患者在VAF分析中被归类为肿瘤脱落高。
讨 论
本研究描述了一组参加临床试验接受卢卡帕利维持治疗的胚系或体细胞BRCA1、BRCA2或PALB2突变晚期胰腺癌患者的卢卡帕利治疗后结局和cfDNA发现。对配对cfDNA样本和PARPi后临床数据的后续分析发现，回复突变在PARPi进展的患者群体中并不常见，其与卢卡帕利和PARPi后含铂化疗的不良结局有关。
在入组或进展时检测到回复突变的患者中，没有患者（0/7）对卢卡帕利有反应超过六个月，而未检测到回复突变的患者中，有10/35（28.5%）反应超过六个月（六个月失败的比值比= 31.6，95% CI 1.6-612.3，p=0.02）。这强调，与其他PARPi耐药机制相比，回复突变似乎是一个早期耐药事件。然而，有文献报道，胰腺癌患者在接受PARPi治疗一年多后出现回复突变，强调尽管回复突变作为晚期耐药机制可能不常见，但这种情况可能发生。
尽管回复突变患者的结局较差，但回复突变在整个患者群体中相对少见，只有16.6%的患者在卢卡帕利进展时外周血新检测到回复突变。出现回复突变的患者在使用卢卡帕利后迅速进展，而对于大多数没有回复突变的患者来说，该情况并不普遍。这一发现提示，在BRCA或PALB2相关胰腺癌患者中，对卢卡帕利的获得性耐药，特别是较迟的获得性耐药，可能在很大程度上取决于其他机制，或者在目前可及的外周血检测中可能不容易检测到。除了回复突变之外，先前的文献中还描述了多种潜在的耐药机制。上皮间充质转化、SLFN11 缺失、p-糖蛋白过表达、PARG缺失、PARP1突变和非BRCA依赖性末端切除酶上调（例如TP53BP1缺失或MRE11A扩增）在临床前模型及PARPi耐药患者中均有报道，但其全部临床意义和发生率尚不明确。同源重组功能检测如RAD51组织检测，肿瘤基因检测以及其他耐药机制（如启动子甲基化）的发生和验证，将是研究可能快速对PARPi产生耐药的患者的关键。最近开发的HRD-RNA平台可以使用全外显子组RNA测序，进一步识别除BRCA缺失外的其他同源重组缺陷患者。
此外，所有接受卢卡帕利后含铂化疗的回复突变患者经该治疗疾病快速进展。可能有这样的假设，一旦回复突变使BRCA蛋白功能恢复，铂敏感性可能会丧失，这一发现已经在其他癌症类型中得到证实。其他BRCA相关癌症的现有文献表明，在PARPi进展之前或进展时检测到回复突变与卵巢癌PARPi治疗的OS和PFS较短有关。本研究中，具有回复突变的患者OS也显著差于非回复突变患者，所有具有回复突变的患者在PARPi后都接受了含铂化疗。回复突变患者使用非含铂方案是否会有更好的结局仍然未知，应以前瞻性方式进行研究。
还观察到，无论回复突变状态如何，在PARPi进展后再次接受含铂化疗的患者结局不如接受非含铂化疗的患者。尽管小样本量限制了我们得出统计结论的能力，但从数字上看，在总生存期和治疗停止时间这两个方面，患者在PARPi进展后似乎从非含铂化疗中获得更多益处。这一发现反映了我们对PARPi后治疗疗效的了解仍然有限，需要前瞻性研究来解决这个问题。事实上，尽管PARPi可用于治疗乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌和胰腺癌，但指导PARPi进展后治疗的数据主要限于临床试验的回顾性和事后分析，类似于本分析。这些其他分析为本分析提供了背景，特别是关于进展后含铂化疗的使用。例如，在卵巢癌中，至少六个月的无铂间隔与再挑战时铂敏感可能性增加有关。类似地，一项针对接受PARPi治疗随后含铂化疗的卵巢癌患者的回顾性研究发现，对PARPi后含铂化疗有反应的患者进展时可能从PARPi再挑战中进一步获益。对SOLO2（铂敏感BRCA突变卵巢癌奥拉帕利vs安慰剂维持治疗）进行的事后分析专门分析了进展后结局，发现与安慰剂组相比，奥拉帕利组进展后化疗的获益较低，提示与安慰剂治疗相比，先前PARPi治疗（进展）会降低后续含铂化疗的疗效。尽管该研究没有直接比较卵巢癌患者含铂和非含铂化疗的结局，但在PARPi治疗进展后，含铂化疗的二次进展时间较长。最后，对接受奥拉帕利维持治疗的BRCA1和BRCA2突变铂敏感复发卵巢癌的真实世界分析同样显示，PARPi进展后化疗的活性降低。
最后，我们注意到外周血检测到KRAS突变与不良结局的相关性。而在使用12个月OS二分类结局的ROC分析中，还发现肿瘤脱落（通过VAF检测）与结果的显著相关性。鉴于本研究队列中大多数患者都有已知的KRAS变异，我们假设，观察到的外周血检出KRAS与不良结局的相关性很可能反映了那些肿瘤负荷较高的患者卢卡帕利治疗的结局较差。在我们先前发表的研究中，临床上观察到一致的情况（研究开始时影像学显示存在或不存在可测量病灶）。
本研究有几个局限。尽管患者以前瞻性方式为临床试验提供了数据，并随访获得临床结果，但进展后临床数据是以回顾性方式收集的，进展后治疗由临床医生决定，独立于临床研究。我们评估了总生存期，也分析了先前验证为近似临床试验RECIST结果的真实世界结果。尽管如此，如果以更正式、方案化的方式进行评估，我们的结果和解释可能会有所不同。然而，鉴于进展后治疗决策是由治疗医生做出的，患者不一定在宾夕法尼亚大学就诊或评估，结果评估依赖于治疗医生的评估以及影像学报告。由于样本量有限，我们没有根据进展后治疗进行统计比较，应谨慎解释结果。此外，在数据截止时，10例患者仍在NCT03140670中，因此没有进展时cfDNA可供分析。最后，在本分析中，仅描述了cfDNA检测到的变异。配对组织基因检测或基于RNA的检测可能揭示其他耐药机制。值得注意的是，在本分析中，LOH是一种罕见的事件，但目前的cfDNA检测可能无法充分捕获。类似地，刚超过一半（53%）的可及样本检测到循环KRAS突变，而81%的NGS样本检出KRAS突变。总而言之，这可能反映了cfDNA检测的局限性，而不是缺乏循环KRAS突变。存档、基线和进展组织基因组分析目前正在进行中，可能提供更多信息，将在未来的报告中进行描述。
总之，本研究描述了在临床试验中接受卢卡帕利维持治疗进展的铂敏感BRCA或PALB2相关胰腺癌患者的结局。这些患者中有少数cfDNA检测到回复突变，而回复突变与卢卡帕利以及卢卡帕利后含铂化疗的快速进展相关。此外，在PARPi治疗之前高水平的肿瘤脱落与较差的结局有关，这与我们之前发表的研究一致，即在PARPi治疗开始时影像学显示疾病负荷较高的患者进展显著更快。最后，分析了接受进展后化疗的患者含铂或非含铂化疗的结局，发现对于大多数患者再次接受含铂化疗不一定是正确的临床选择，尤其是那些有回复突变的患者。需要更大规模的前瞻性研究来进一步阐明胰腺癌患者回复突变的预测和预后意义，提供其他可能更常见的PARPi耐药机制信息，以便对PARPi和后续疗法进行更好地选择。
参考文献：
Brown TJ, Yablonovitch A, Till JE, Yen J, Kiedrowski LA, Hood R, O'Hara MH, Teitelbaum U, Karasic TB, Schneider C, Carpenter EL, Nathanson K, Domchek SM, Reiss KA. The Clinical Implications of Reversions in Patients with Advanced Pancreatic Cancer and Pathogenic Variants in BRCA1, BRCA2, or PALB2 After Progression on Rucaparib. Clin Cancer Res. 2023 Jul 24:CCR-23-1467. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-23-1467. Epub ahead of print. PMID: 37486343.