研究显示，聚（ADP核糖）聚合酶抑制剂（PARPi）在BRCAness患者中疗效显著。然而，临床研究仅限于携带胚系突变的乳腺癌患者。本文描述了一例转移性乳腺癌患者，在标准治疗失败后，细胞游离DNA（cfDNA）检测发现罕见BRCA1体细胞突变（BRCA1 c.4336G>T（p.E1446*））。经我们评估，这一意义未明的III级变异是致病性变异，考虑跨适应症使用奥拉帕利。患者在几个月内对奥拉帕利反应良好，cfDNA中BRCA1体细胞突变丰度降低。随后随着丰度的增加和新的BRCA1回复突变的出现，发生奥拉帕利耐药。据我们所知，这是首例BRCA1 c.4336G>T（p.E1446*）突变乳腺癌患者对奥拉帕利敏感，并使用液体活检监测相关突变动态的病例报道。
背 景
聚（ADP核糖）聚合酶抑制剂（PARPi）是一组靶向DNA修复通路，造成癌细胞合成致死的药物。PARPi奥拉帕利和他拉唑帕利单药已被批准用于携带有害胚系BRCA突变的人类表皮生长因子受体2（HER2）阴性转移性乳腺癌患者。然而，PARPi对携带体细胞BRCA突变的乳腺癌的疗效尚不明确，因为大多数临床研究仅限于携带有害胚系BRCA突变患者。最近的研究表明，PARPi对体细胞BRCA1/2突变的乳腺癌患者也可能有效，但没有大量的实际患者数据，尤其是那些携带临床意义未明的罕见突变的患者。
本文描述了一例转移性乳腺癌患者，携带罕见BRCA1 c.4336G>T（p.E1446*）体细胞突变，对奥拉帕利表现出临床反应。该突变在卵巢癌中被报道过，但其临床意义，包括对PARPi的反应，尚不明确。通过连续循环肿瘤DNA（ctDNA）液体活检，我们能够追踪对奥拉帕利的反应并监测耐药情况。识别了BRCA1回复突变，反映导致BRCAness恢复的额外突变，先前研究显示，这是PARPi获得性耐药机制之一。
病 例
2007年12月，一名48岁的女性左乳发现一个新的可触及的肿块。活检显示雌激素受体（ER）阳性、孕激素受体（PR）阳性、HER2阴性（免疫组化1+）浸润性导管癌。初步影像学检查未发现淋巴结或远处转移（临床分期cT3N0）。患者接受了左乳癌改良根治术，此时病理分期为pT3N2。进行多柔比星和环磷酰胺辅助化疗，随后紫杉醇治疗以及胸壁和局部淋巴结放疗。之后，进行他莫昔芬内分泌治疗，计划持续10年。
7年没有复发。2015年3月，骨扫描显示胸骨摄取增加，正电子发射断层扫描/计算机断层扫描（CT）证实发生转移。患者接受了体部立体定向消融放疗和9个周期的卡培他滨治疗，随后他莫昔芬和戈舍瑞林治疗。
2016年10月，发现新的肝脏和骨病变。患者接受了肝脏病变射频消融术，并开始全身治疗。在接下来的5年中，患者接受了多种全身治疗方案，包括吉西他滨加紫杉醇、多西他赛、哌柏西利加来曲唑、依维莫司加依西美坦、长春瑞滨、氟维司群、每周一次紫杉醇。然而，此时肝脏和骨转移灶缓慢进展，并发现新的肺、胸膜和远处淋巴结转移。接受八线治疗（艾立布林）时，由于用尽了可行的标准治疗方案，患者同意进行血浆ctDNA基因检测，看是否有先前未发现的潜在治疗靶点。ctDNA检测显示存在BRCA1体细胞突变（c.4336G>T，p.E1446*，COSMIC ID: COSV58803047），丰度为6.68%（图1A）。尽管缺乏该突变对PARPi反应的报道，但基于该突变位于BRCA1功能域，以及联合注释依赖耗竭（CADD）评分（C-score为34）预测为有害突变，我们推荐尝试奥拉帕利治疗（图2）。此外，IMBdx计算的自建同源重组修复缺陷（HRD）评分（范围从0=良性突变到1=有害突变）为0.87，提示该突变是有害的可能性很高。
图1. ctDNA检测结果以及治疗疗效
图2. 原发性和回复BRCA1突变
于是，2021年8月，患者开始奥拉帕利跨适应症治疗，剂量为300mg每日两次。奥拉帕利治疗开始后不久，血清CA 15-3开始下降（图1A）。随后CT扫描显示，肝脏和肺部多个转移灶缩小（图1B-C），2022年1月达到最佳反应。此时，CT显示靶病灶总共缩小55%，根据RECIST v1.1，达到部分缓解。随后再次进行ctDNA液体活检，先前检出的体细胞BRCA1突变丰度降至0.25%。
2022年4月，奥拉帕利治疗8个月后，肝脏和胸部CT扫描显示肝脏和肺部病灶增大（与最佳反应相比增大194%），出现新的肝脏病灶和左侧胸腔积液（图1D）。因此，中断奥拉帕利治疗，中断时的ctDNA检测显示，先前检出的体细胞BRCA1突变丰度升至19.16%。检出新的BRCA1体细胞突变，这些突变恢复了最初BRCA1体细胞突变截断部分（BRCA1 p.E1446L、p.E1446Y、p.S1436_S1448del和p.E1446Q；图2）。体细胞ESR1突变（c.1607T>a，p.L536H，COSMIC ID: COSV52795259）丰度也从0.05%增加到5.95%（图1A）。2022年7月，最近的ctDNA检测显示，存在原发性体细胞BRCA1突变和两个回复突变（BRCA1 p.E1446L和p.E1446Q）（表S1）。
表S1. ctDNA体细胞突变和拷贝数变异
讨 论
本文报道了一例转移性乳腺癌患者，血液ctDNA检出罕见BRCA1体细胞突变，从PARPi治疗中获益，直到出现BRCA1回复突变，发生耐药。
BRCA1/2突变肿瘤对PARPi敏感，因为其缺乏通过同源重组修复通路修复DNA损伤的能力。大约10%的乳腺癌患者携带BRCA1/2胚系突变，大型临床试验显示，PARPi为这些患者带来临床获益。因此，PARPi获批用于携带胚系BRCA突变的乳腺癌患者。相比之下，BRCA基因体细胞突变患者数据有限，但PARPi的已知机制和新的临床数据也支持PARPi在这些患者中的临床应用。
此外，该患者检出的BRCA1 E1446*突变是罕见突变，COSMIC数据库中，仅在卵巢癌中报告过一次，该突变被归类为意义未明的三级变异，既往没有关于携带该突变的乳腺癌患者对PARPi反应的报告。然而，CADD生信预测和我们的自建HRD评分提示肿瘤BRCAness。因此，我们跨适应症使用奥拉帕利。肿瘤对奥拉帕利有迅速反应，支持了我们假设的合理性。
本病例表明了液体活检的优点。患者经大多数可及化疗方案治疗后疾病进展，需要对肿瘤进行分子检测，寻找可用药靶点。然而，原发性肿瘤是15年前手术切除的，使用起来很困难。此外，由于患者15年间接受了各种治疗，切除的原发肿瘤可能并不代表耐药时的主克隆。本可考虑肝脏或胸骨转移灶活检来寻找可用药靶点，但患者总体情况较差，这些部位的活检与并发症显著风险相关。在这种情况下，使用外周血的非侵入性液体活检以最小的风险揭示当前肿瘤的分子特征，识别了BRCAness。
连续ctDNA液体活检能够监测突变动态（图1A）。经奥拉帕利治疗，BRCA1 E1446*丰度最初降低，但随后快速升高，与2022年4月疾病进展一致。有趣的是，在最初的BRCA1体细胞突变相同或附近位置检出了额外的BRCA1体细胞突变。BRCA1回复突变被认为是卵巢癌和其他癌症获得性PARPi耐药机制。这些回复突变恢复了BRCA1功能域截断部分（图2），降低了奥拉帕利介导的合成致死，诱导奥拉帕利耐药。自2022年1月起，还同时检出ESR1 E536H突变，丰度从0.05%增加到5.97%。已知该配体结合域突变导致ER组成性激活，造成芳香化酶抑制剂耐药性。
总之，本文报道了一例转移性乳腺癌患者，携带罕见体细胞BRCA突变，对奥拉帕利有反应。液体活检和致病性预测计算等技术的最新进展使更多晚期癌症患者能够了解基因突变情况，使没有其他治疗选择的患者发现可治疗靶点。罕见突变对药物反应的报道能够增加我们的了解，有利于未来难治性癌症患者。
参考文献：
Yoon JK, Ahn J, Kim S, Kim HP, Kang JK, Bang D, Lim Y, Kim TY. Efficacy of Olaparib in Treatment-Refractory, Metastatic Breast Cancer with Uncommon Somatic BRCA Mutations Detected in Circulating Tumor DNA. Cancer Res Treat. 2023 Jan 31. doi: 10.4143/crt.2022.1529. Epub ahead of print. PMID: 36731462.