肿瘤基因检测样本采集常见问题答疑——组织篇

2023-05-11   绘真医学

原标题:肿瘤基因检测样本采集常见问题答疑——组织篇

组织标本是肿瘤基因检测的“金标准”,《晚期乳腺癌基因检测热点问题中国专家共识(2021版)》推荐:晚期乳腺癌患者基因检测,优先选择对新鲜组织进行检测,如组织不可及可考虑石蜡包埋组织切片、血浆、胸腹水等。然而,我们在组织样本(包括新鲜手术组织、新鲜穿刺组织、蜡块、石蜡切片)送检过程中,可能会遇到许多问题。因此,小编整理了组织送检过程中的常见问题,供大家参考!

新鲜组织

Q1、新鲜组织送检多大?

新鲜手术组织不小于5×5×5mm3,且不超过2×2×2cm3(黄豆大小);新鲜穿刺组织直径≥1mm,长度≥10mm,至少2条。

Q2、新鲜组织如何保存及运输条件?

新鲜组织离体后需30分钟内置于至少5倍体积的福尔马林组织保存液或RNAlater组织保存液中,否则DNA/RNA会随着时间延长或固定不充分而降解。取样后尽快送检,尽量72小时内送至实验室,运输温度为10-30℃,温度过高或过低需在快递盒内放入冰袋或暖宝宝,注意冰袋或暖宝宝不要直接接触样本。

如果新鲜组织短时间内不能寄出,送检基于DNA检测的项目,组织离体后尽快放置于-80℃冰箱;送检基于RNA检测的项目,组织离体后简单切碎组织样本,至少一边的最大厚度不能大于0.5cm,然后将组织碎块迅速放入到5倍体积的RNAlater中,4℃放置过夜后,转入-20℃保存,如需转入-80℃冰箱,请在4℃放置过夜后,从RNAlater中取出样本保存于-80℃冰箱。

Q3、患者的病理报告还未出来,可以先将新鲜组织送至实验室暂存吗?

可以的。病理报告结果还未出来,可先将样本送至实验室,进行石蜡包埋,后续再沟通检测项目,暂存时间为1年。如果不做检测且需将样本返还,需要收取一定的费用。

Q4、来源于不同部位的两个组织,应该如何送检?

首先确定是否为原发灶和转移灶,原则上实验室推荐送检原发灶,但转移灶也可送检,尤其是治疗后新出现的转移灶,推荐送检转移灶。CSCO非小细胞肺癌诊疗指南也指出,原发肿瘤和转移灶均适于靶向驱动基因检测。当然如果有条件的话,可同时分别检测原发灶和转移灶,因为肿瘤存在异质性。但无论送检原发灶还是转移灶,都应选取富含肿瘤细胞的,符合实验室检测标准的样本。

如果临床不确定是否为同一来源的病灶,或者已经确定为多原发病灶。那么能满足实验室检测标准的样本都是可以送检的,实验室仅对送检样本的检测结果负责。多个不同部位的样本(或不同类型的样本)若只检测一个,建议以医生评估最具有代表性的样本送检,符合患者的检测需求。

Q5、新鲜组织已经固定一周了,还可送检吗?

新鲜组织在固定一周后,因组织固定时间过长,导致样本甲醛交联严重,影响DNA提取率。样本固定不当也影响DNA的质量,可能存在漏检某些低频突变位点或者检测失败的风险。

摘自《肿瘤个体化治疗检测技术指南(试行)》

Q6、非绘真的组织保存管,或者医用自封袋,可以用来装新鲜组织样本送检吗?

保存管中的固定液和固定液量若达到送检要求的标准,使用非绘真的组织保存管也是没问题的,但需注明固定液是福尔马林还是RNAlater。但不建议使用自封袋装!自封袋在运输过程中容易受到挤压破损或因密封不紧,导致固定液漏出,新鲜组织可能固定不佳。

蜡块/白片/蜡卷

Q1、蜡块、白片和蜡卷是什么?

1)包埋成蜡块的样本是多样的,可以是手术大标本,也可以是穿刺、气管镜等活检小标本,此外胸腹水、心包积液等细胞学样本也可以包埋成蜡块。通常包埋盒为长3-4cm,宽2.5cm,高0.5cm,内部包埋的组织一般大小不超过2.5*2.5*0.3cm,将根据实际取材调整。

2)白片是指未使用过(包括未经染色)的石蜡组织切片。使用切片机从蜡块上切下来薄薄的一张蜡膜,在水中展平后贴在载玻片上,就做成了石蜡组织切片,即我们平时所说的白片。白片上带有手术或者穿刺取下来的组织。

3)使用切片机把蜡膜切下来直接装在EP管中,这些无需贴在载玻片上且呈卷状的蜡膜即蜡卷。蜡卷上同样带有手术或者穿刺等取下来的组织。

Q2、病理科问借哪个蜡块,是啥意思?

肿瘤患者术后组织可能很大,除病变组织外,还可能有切缘、淋巴结等组织,因此就可能会有多个蜡块。此时,要选择肿瘤细胞多、坏死及间质少的蜡块来进行后续的检测,避免因样本不合格导致无法检测或检测异常的情况。病理医生会根据各个组织蜡块的HE结果来判断肿瘤细胞含量。

Q3、病理科问白片切多厚?需要多少张?

一般要求切片厚度为4-5µm,手术取样连续切片10张,穿刺活检取样连续切片15张,特殊要求的检测项目除外。例如,“肉瘤270基因检测”项目要求手术取样连续切片15张,穿刺活检取样连续切片25张;而免疫组化平台(IHC,如PD-L1蛋白表达检测)、FISH平台(如HER2基因扩增检测)则需要5张防脱白片。

Q4、病理科问需不需要胶片?啥又是防脱白片(防脱切片)?

使用胶片并烤片都是为了防止实验过程中贴在载玻片上的组织发生脱落。因此,那些直接在切片上操作的项目,如IHC或FISH,需要提供挂胶白片或者带正电荷(+)的防脱载玻片制成的白片,即我们常说的防脱切片。烤片还为了将切片上多余水分烤干,避免组织被水损坏。对于荧光定量PCR、一代测序、NGS等平台检测项目,普通白片即可,不需要胶片或防脱切片。

Q5、染色切片到底能不能用来进行分子检测?

IHC/FISH平台检测的项目,不可用染色切片进行检测,只能是防脱白片,即有双+号的载玻片,或是挂胶白片。基因检测项目,送检普通白片即可,此外基于NGS平台检测的项目,HE染色切片可尝试检测,送至实验室会进行质控,如果该检测项目(如201基因检测项目基础版)可以使用单独外周血进行检测,可以备1管外周血(cfDNA保存管),但如果没有剩余或未备注返还的HE染色切片,检测后不返还。做过免疫组化的石蜡切片无法再次进行分子检测。

Q6、2年前的蜡块、白片或蜡卷还可以进行分子检测吗?

最好为半年内制作保存的,一般1年内可以用,2年内可以尝试,2年以上拒收。

组织样本送检过程中遇到的其它问题

Q1、送检绘真医学实体瘤680基因检测项目或者201基因检测项目PLUS版,有组织样本,但是提供不了血液对照,接收吗?不送对照外周血有什么影响?

对照外周血不可及,可以使用口腔拭子采集的口腔上皮细胞或者癌旁组织进行对照。

绘真医学实体瘤680基因检测项目和201基因检测项目PLUS版主要用于检测肿瘤细胞中的特异性变异,指导靶向用药。这两个检测项目还包括了MSI(微卫星不稳定性)和TMB(肿瘤突变负荷)指标,因此需要对照血过滤胚系变异,从而预测免疫治疗的疗效。同时680和201基因检测项目还需使用对照血检测遗传性肿瘤相关基因上的有害胚系变异,来评估遗传风险,仅有肿瘤组织是无法准确检测胚系变异的。而肺癌靶向18基因和肺癌靶向11基因检测项目仅检测与肺癌靶向用药等明确相关的特异性变异,因此只需组织样本,无需送检对照血。

Q2、骨组织可以送检分子检测吗?是否需要脱钙?

如果是骨组织周围的软组织是不需要脱钙的,在离体30分钟内放置于福尔马林组织保存液或RNAlater组织保存液中,72小时送至实验室,或者将软组织进行石蜡包埋,送检蜡块或者石蜡切片。

骨组织肿瘤样本原则上不能进行PD-L1蛋白表达检测,这是由于脱钙液可破坏抗原,从而影响抗原表达,此外采用温和的EDTA而不是硝酸进行脱钙是否会提高PD-L1检测目前还不清楚,需要进行相关的对比研究。且PD-L1 IHC 22C3 pharmDx 判读手册——非小细胞肺癌(NSCLC)中明确提到,PD-L1 IHC 22C3 pharmDx 在脱钙组织或用其他固定剂处理组织中的应用尚未得到验证,因此不推荐使用。

但如果用骨组织肿瘤样本做基因检测,是需要脱钙的,用温和的EDTA脱钙可以尝试检测,用强酸来脱钙是不可以进行基因检测的,因为强酸脱钙样本,核酸降解严重。《中国非小细胞肺癌患者EGFR T790M基因突变检测专家共识》也提到,在骨转移患者取样时需要注意优先活检存在转移病灶的软组织成分,脱钙时尽量采用温和的EDTA方法。因此,病理科使用温和的EDTA进行脱钙后的骨组织蜡块或石蜡切片,可送检绘真医学,尝试基因检测。