基于低深度全基因组测序（LP-WGS）的循环肿瘤DNA（ctDNA）分析是检测体细胞拷贝数变异（CNA）的方法，本研究旨在探索其对于乳腺癌的临床意义。分析了207例转移性乳腺癌（MBC）患者的LP-WGS ctDNA数据，探索了ctDNA CNA负荷的预后价值，并通过分析465例入组3期PEARLY试验（NCT02441933）接受新辅助化疗的II-III期三阴性乳腺癌（TNBC）患者数据，对结论进行验证。此外，评估了位点水平LP-WGS ctDNA检测结果的临床意义。本研究发现，在MBC患者中，高基线ctDNA CNA负荷预测较差的总生存期和无进展生存期。PEARLY试验事后分析表明，高基线ctDNA CNA负荷预测较差的无病生存期，无论病理完全缓解（pCR）状态如何，证实了ctDNA CNA负荷的预后意义。pCR（+）/低I评分和非pCR/高I评分患者的24个月无病生存率分别为96.9%和55.9%。位点水平ctDNA CNA结果将MBC患者分为5个分子亚群，并揭示了可靶向治疗的致癌CNA。LP-WGS ctDNA和体外分析发现，BCL6扩增介导CDK4/6抑制剂耐药。通过shallowHRD算法评估了基于ctDNA的同源重组修复缺陷（HRD）状态，与其他亚型相比，在TNBC中，HRD评分高的患者比例最高，与铂类化疗获益相关。本研究结果表明，LP-WGS ctDNA CNA分析可用于预后预测和分子分类。特别是，ctDNA CNA负荷可用于指导TNBC患者升级或降级（新）辅助治疗。
研究背景
最近的研究表明了循环肿瘤DNA（ctDNA）下一代测序（NGS）的临床意义，可用于疗效监测和复发预测、分子靶向治疗潜在获益患者筛选以及耐药机制分析（例如乳腺癌中ESR1或PIK3CA突变）。先前的研究主要集中在靶向panel ctDNA测序，但panel测序无法有效检测结构变异，包括不同基因的拷贝数变异（CNA），在乳腺癌中，其检出率和治疗相关性有限。
基于低深度全基因组测序（WGS）的ctDNA（LP-WGS ctDNA）分析可以在没有组织测序预先告知突变数据的情况下，可靠地检测全基因组体细胞CNA和结构变异。乳腺癌具有CNA发生率较高的特征，先前的研究根据CNA特征将乳腺癌分为不同的分子亚群。此外，癌基因扩增和抑癌基因缺失与乳腺癌的生物侵袭性和治疗耐药性相关，多项针对乳腺癌致癌CNA治疗的试验正在进行中。
在癌基因突变率低、CNA负荷高的肿瘤类型（如乳腺癌）的ctDNA检测中，LP-WGS ctDNA检测具有优势。之前的一项研究报告了LP-WGS ctDNA分析对于晚期三阴性乳腺癌（TNBC）的预后意义。本研究探索了LP-WGS ctDNA分析对于转移性和早期乳腺癌患者的临床效用。不同乳腺癌亚型患者进行了LP-WGS ctDNA检测分析体细胞CNA，并通过评估ctDNA CNA的深度和长度（正常人群cfDNA归一化Z分数），得出CNA负荷评分，称为“I-score”算法。该方法评估ctDNA CNA负荷，反映患者肿瘤负荷和基因组不稳定性，I评分高（I评分≥5.54，中位值）的患者可进行基因位点水平CNA分析。使用这项技术，进行了LP-WGS ctDNA分析，旨在：1）对于所有患者，使用I评分水平（肿瘤负荷加基因组不稳定性）进行预后预测分析，2）对于I评分高的患者，进行基因位点CNA分析和shallowHRD分析（基因组不稳定性）。
首先分析了新诊断为MBC患者前瞻性队列的基线ctDNA，以探索ctDNA I评分（CNA负荷）的预后价值。随后，通过分析参加III期PEARLY试验（NCT02441933，BIG Supporter Study BIG 19-01，KCSG BR15-01）接受（新）辅助治疗的II-III期TNBC患者大型前瞻性队列，验证了基线ctDNA I评分的预后价值。我们还利用位点水平ctDNA CNA谱数据进行分子分类、同源重组缺陷（HRD）评估和耐药机制鉴定，全面分析MBC ctDNA CNA检测的临床意义。
研究结果
转移性乳腺癌（MBC）患者队列以及基于LP-WGS ctDNA分析的体细胞CNA检测和CNA负荷I评分
分析了207例新诊断的MBC患者的LP-WGS ctDNA数据，这些患者纳入了两项转化研究（MBC-DB和MULTI-DNA）的前瞻性队列，纳入流程见补充图1，患者特征见补充表1。LP-WGS ctDNA分析发现，不同亚型的MBC患者存在体细胞CNA，常见位点水平（1 Mb）CNA（图 1A）。LP-WGS ctDNA CNA负荷评分由ctDNA拷贝数变异的深度和长度求和得出（图1B），称之为“I-score”算法。I评分中使用的CNA Z分数对正常人群cfDNA CNV进行归一化，因此I评分作为单样本评估，无需队列归一化。我们发现I评分范围在2.55-12.98之间，中位值为5.54，并且在MBC患者中呈双峰分布。TNBC的基线I评分水平高于其他亚型（图1C，p = 0.012）。23/207例MBC患者进行了配对肿瘤组织LP-WGS（图1D）。14例患者I评分较高（I评分≥5.54，中位值），9例患者I评分较低（<5.54）。I评分低的患者ctDNA CNA水平低于肿瘤DNA CNA。相比之下，I评分高的患者肿瘤和血浆基因位点水平CNA相关性较好（图1D）。
补充图1. 纳入流程
补充表1. 患者特征
图1. 转移性乳腺癌患者基于低深度全基因组测序（LP-WGS）的循环肿瘤DNA（ctDNA）谱和使用“I-score”方法评估拷贝数变异（CNA）负荷。
（A）207例转移性乳腺癌患者LP-WGS ctDNA分析揭示位点水平（1 Mb对分辨率）CNA谱热图。
（B）衡量ctDNA全基因组染色体不稳定性的I评分计算示意图。
（C）不同亚型的转移性乳腺癌I评分分布点图。
（D）高I-score转移性乳腺癌患者中，ctDNA CNA（血浆）与肿瘤组织CNA的相关性
MBC患者基线I评分水平与肿瘤负荷的相关性
为了探索基线ctDNA CNA负荷I评分的预后意义，使用中位I评分5.54，将患者分为两类。我们发现，与I评分低的患者相比，I评分高的患者（n=103，I评分≥5.54）更常发生内脏转移、肝脏、骨转移、远处淋巴结和脑转移，提示高基线I评分水平与高肿瘤负荷相关。I评分与受累器官数量呈正相关，与基线肿瘤靶病灶直径（根据实体瘤疗效评估标准（RECIST）1.1）的相关性中等。然而，在相同的肿瘤负荷下，I评分水平存在相当大的差异，表明I评分提示乳腺癌患者的肿瘤负荷和体细胞基因组不稳定性（染色体不稳定性）水平。
MBC患者基线I评分水平与预后和治疗反应的相关性
与I评分低的患者相比，I评分高的患者OS显著较差（p < 0.001），I评分较大四分位数的患者OS较差（图2A）。临床因素校正后的多变量Cox分析显示，高基线I评分水平是独立不良预后因素（风险比，3.41；95%置信区间[CI]，1.78-6.56；p <0.001）。在不同亚组中一致观察到高I评分与不良预后相关（图2B）。亚组分析显示，在HR+HER2-亚型、TNBC亚型、新发IV期疾病和复发性疾病患者中，高I评分与OS较差有关。高I评分患者内分泌加CDK4/6抑制剂治疗（p = 0.005）、抗HER2治疗（p = 0.032）和细胞毒性化疗（p = 0.012）的无进展生存期（PFS）显著较差（图2C）。内脏转移和疾病状态校正后的多变量分析显示，在所有类型的一线全身治疗中，高I评分与PFS较差显著相关。
图2. 转移性乳腺癌（MBC）患者基线LP-WGS ctDNA I评分与一线全身治疗的总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）的相关性。
（A）MBC（n = 207）患者总生存期（OS）Kaplan-Meier图，根据I评分CNA水平分层。左图根据中位I评分5.54分层，右图根据四分位I评分分层。
（B）高I评分状态与低I评分状态患者的总生存期（OS）风险比森林图。
（C）MBC患者一线全身治疗（内分泌治疗 [ET] + CDK4/6抑制剂、抗HER2治疗和细胞毒性化疗）的PFS Kaplan–Meier曲线，根据I评分5.54分层
在PEARLY试验早期TNBC患者中验证I评分的预后意义
评估了在PEARLY试验II期或III期TNBC患者（n=465，补充表4）中，基线ctDNA I评分（新辅助化疗前）的临床意义，中位随访时间为31.9个月。我们仅纳入了新辅助治疗患者队列（n = 465），不知晓随机化信息（卡铂或无卡铂）。分析发现，基线I评分水平与开始新辅助化疗前的临床T和N分期呈正相关（图3A）。新辅助化疗后病理完全缓解（pCR）和非pCR患者的基线I评分水平相似（图3B）。而ypT2-4或ypN2-3患者的I评分水平分别显著高于ypT0/is/1或ypN0-1患者（ypT分期p = 0.010，ypN分期p = 0.001）（图3B）。为了验证在辅助治疗中，I评分适当阈值的预后价值，我们将患者交替分配到探索性队列（n = 232）和验证队列（n = 233），患者数量和随访时间相当。在探索性队列的单变量Cox回归分析中，连续基线I评分值与术后无病生存期（DFS）较差显著相关（风险比，1.220，95% CI 1.102-1.350，p <0.001）。探索性队列中，基于最大化log-rank检验，将I评分阈值设为5.53，将DFS分层。在探索性队列中，高I评分（I评分≥5.53）患者的DFS显著短于低I评分患者（p < 0.001，图3C）。在多变量Cox分析显示，在探索性队列中，高I评分预测DFS较差，无论临床T期、临床N期和pCR状态如何（风险比，2.91，95% CI 1.36-6.22，p = 0.006，表1）。在验证队列中，log-rank检验验证了高I评分与较差的DFS相关（p = 0.023），多变量Cox分析验证了I评分是影响DFS的独立预后因素（风险比，2.13，95% CI 1.09-4.14，p = 0.027，表1）。值得注意的是，基线高I评分患者的DFS显著短于低I评分患者，在pCR（+）和非pCR组中均是如此（图3D）。在探索性队列中，pCR（+）/低I评分患者的24个月DFS率为96.1%，而非pCR/高I评分患者为68.0%（图3D）。在验证队列中，pCR（+）/低I评分和非pCR/高I评分患者的24个月DFS率分别为96.9%和55.9%。此外，将患者1：1随机分配至探索性队列2（n = 235）和验证队列2（n = 230），使用淋巴结转移和手术顺序作为分层因素，重复DFS分析，得到了相同的结论。
补充表4. 患者特征
图3. PEARLY研究II-III期三阴性乳腺癌（TNBC）患者中，基线LP-WGS ctDNA I评分对无病生存期和新辅助化疗反应的预后作用。
（A）PEARLY研究中接受新辅助化疗的II-III期 TNBC（n= 465）患者的基线ctDNA I评分点图，根据临床肿瘤（cT）和淋巴结（cN）分期分层。
（B）基线ctDNA I评分点图，根据新辅助化疗后的病理完全缓解（pCR）状态和手术组织病理T和N分期（ypT和ypN分期）分层。
（C）术后无病生存期Kaplan-Meier图，根据基线ctDNA I评分水平（阈值5.53）分层。探索性（n = 232，左图）和验证（n=233，右图）队列的Kaplan–Meier曲线。
（D）探索性（n = 232，左图）和验证（n = 233，右图）TNBC患者队列无病生存期Kaplan-Meier曲线，根据pCR/非pCR状态和基线I评分水平分为四组。
表1. PEARLY试验TNBC患者DFS Cox回归分析，根据I评分和pCR状态分层
MBC患者基于LP-WGS ctDNA谱的分子聚类
进一步分析了高I评分MBC患者的ctDNA CNA谱。基因位点水平CNA分析在I评分低（I评分<5.54）的患者中不可行，因为其CNA谱的分辨率较低，仅在I评分高（I评分≥ 5.54）的患者中可行。首先比较了高I评分（I评分≥5.54）患者中ERBB2基因位点ctDNA CNA Z分数和肿瘤组织HER2 IHC/ISH状态。HER2 IHC3+患者的ERBB2 ctDNA CNA高于其他患者，并与HER2 ISH扩增指数相关。ctDNA GISTIC分析揭示了每种乳腺癌亚型中不同的CNA特征和癌基因扩增。我们从Cancer Genome Interpreter数据库中选择了乳腺癌相关基因，并对选定的基因CNA进行了无监督k均值聚类，揭示了5个不同的分子亚群，包括基底样（BL），EGFR高基底样（EB），CCND1高（CD），luminal（LU）和HER2富集（HER2E）（图4A）。CCND1和EGFR扩增在CD和EB组中较为常见，而FGFR1扩增多见于LU组。此外，5个亚组OS不同（图4B）。LP-WGS ctDNA亚组通常与乳腺癌组织亚型相关（HR+HER2-，LU和CD型；HR-HER2+和HR+ HER2+，HE型；TNBC，BL和EB型）。然而，在15.75%的患者中，肿瘤组织与ctDNA类型不匹配。在各分子亚群和肿瘤亚型中，位点水平LP-WGS ctDNA分析发现了已知的可靶向治疗癌基因/抑癌基因CNA（图4C）。HR+HER2-和TNBC亚型患者分别以LU和BL分子亚群为主。然而，一部分患者表现出其他分子特征，在同一受体亚型中，患者OS往往因分子特征而异（图 4D）。在HR+HER2-亚型中，与LU或CD患者相比，BL患者（n = 2）的OS较差。
图4. 通过位点水平LP-WGS ctDNA CNA对转移性乳腺癌患者进行分子聚类分析。
（A）高I评分MBC患者（n = 103）Cancer Genome Interpreter数据库中乳腺癌相关基因位点水平CNA热图。使用无监督k均值聚类将患者分为5个分子亚群，包括基底样[BL]、EGFR高基底样[EB]、CCND1高[CD]、luminal [LU]和HER2富集[HER2E]。
（B）5个分子亚群的OS Kaplan-Meier曲线。
（C）MBC可靶向治疗或预测性基因扩增（Z分数≥ 5）或缺失（Z分数< -5）。FDA批准的靶向药物相关基因用红色突出显示。
（D）HR（+）HER2（-）（左图）和TNBC（右图）亚型患者的总生存期（OS）Kaplan-Meier曲线，根据分子亚群和分子亚群比例（饼图）分层。
通过LP-WGS ctDNA分析鉴定分子治疗耐药原因
接下来，探索了在高I评分患者中，ctDNA染色体扩增位点与治疗反应的相关性。我们发现，BCL6（3q27.3）、PIK3CA（3q26.32）和MAFB（20q13.2）扩增预测内分泌加CDK4/6抑制剂治疗的PFS较差（图5A）。使用慢病毒转染让MCF7细胞过表达BCL6，发现表达BCL6的MCF7细胞对阿贝西利、哌柏西利和氟维司群治疗表现出耐药性（图5B）。我们还观察到，在CDK4/6抑制剂耐药细胞中，CDK4/6抑制剂和BI-3802 BCL6抑制剂联合治疗消除了对CDK4/6抑制剂的耐药性（图5C和5D）。在TCGA乳腺癌数据中，BCL6 mRNA表达与BCL6线性拷贝数水平呈正相关，METBRIC数据库也显示BCL6扩增患者BCL6表达较高（通过微阵列）。另外，基于METABRIC数据库，在HR（+）HER2（-）乳腺癌患者中，BCL6扩增是显著的不良预后因素（N = 1398）。然而，在MCF7细胞中，PIK3CA过表达不影响对CDK4/6抑制剂的反应，提示在CDK4/6抑制剂耐药中，PIK3CA扩增可能是的BCL6共扩增乘客。此外，chr12p13.31扩增预测细胞毒性化疗的PFS较差，与先前的一项研究一致，该研究表明，TNBC患者chr12p扩增预测对多西紫杉醇和卡铂反应不佳。
图5. 使用LP-WGS ctDNA CNA分析鉴定和验证全身治疗耐药性相关 CNA位点。
（A）接受CDK4/6抑制剂加内分泌治疗的MBC患者LP-WGS ctDNA分析的GISTIC图和代表性基因（左图），以及无进展生存期（PFS）Kaplan–Meier曲线，根据BCL6位点扩增分层（右图）。
（B）模拟（MSCV-puro）载体转染表达BCL6（MSCV-puro BCL6）MCF7细胞中，CDK4/6抑制剂（阿贝西利和哌柏西利）和氟维司群的剂量活力曲线。
（C）进行BI-3802（1和5μM）治疗的MCF7和T47D细胞中BCL6蛋白质印迹测定。
（D）仅用CDK4/6抑制剂或CDK4/6抑制剂加BI-3802治疗的CDK4/6抑制剂耐药MCF7细胞的剂量活力曲线。
连续LP-WGS ctDNA监测
分析了48例患者匹配的基线和进展后LP-WGS ctDNA，进展后ctDNA收集的时间点为影像学显示较最佳反应进展（根据RECIST 1.1标准）。发现CDK4/6抑制剂治疗患者进展后样本的I评分升高（p = 0.003，图6A）。相比之下，抗HER2治疗进展后I评分没有变化，细胞毒性化疗进展后I评分下降（p = 0.023）。治疗前（基线）和治疗后（进展）这段间隔的I评分变化往往与靶病灶直径变化（根据RECIST 1.1）相关。关于入组MULTI-DNA研究的15例患者，在基线和1、2、3个周期后以及全身治疗进展时收集ctDNA样本。有患者在1个周期化疗后，I评分下降并维持在低水平，这部分患者3个周期后第一次影像学评估显示疾病稳定或部分缓解（图6B）。相比之下，1例接受紫杉醇加卡铂化疗的TNBC患者，在每个化疗周期都保持了较高的I评分水平，在第一次疗效评估中表现出早期进展（图6B）。此外，分析了2例每次影像学评估时都同时进行LP-WGS ctDNA分析的TNBC患者，发现肿瘤缓解期间I评分水平下降，影像学进展前I评分升高。在大多数（46/48）患者中，基线和进展后LP-WGS ctDNA位点水平CNA特征相似。然而，CDK4/6抑制剂治疗后样本继发FGFR1和MYC扩增（各有1例患者检出，共2例患者，4.2%= 2/48）（图6C和6D），与先前研究显示FGFR1和MYC扩增与CDK4/6抑制剂耐药相关一致。
图6. 转移性乳腺癌患者LP-WGS ctDNA分析用于治疗监测和耐药机制鉴定。
（A）接受内分泌治疗[ET] + CDK4/6抑制剂、抗HER2治疗和细胞毒性化疗的转移性乳腺癌患者的基线和进展后ctDNA I评分水平连接点图。
（B）转移性乳腺癌患者基线、一线全身治疗第1周期、第2周期和第3周期ctDNA I评分水平连续监测连接点图。第3周期后影像学反应用不同颜色标记。
（C）CNA Z分数图显示，转移性乳腺癌患者接受来曲唑加哌柏西利治疗16.4个月，进展后ctDNA样本出现FGFR1扩增（红色标记）。
（D）转移性乳腺癌患者接受来曲唑加哌柏西利治疗8.0个月，进展后ctDNA样本较基线出现MYC扩增（红色标记）。
基于LP-WGS ctDNA的HRD评估
在高I评分MBC患者（n = 103）中，基于ctDNA CNA数据评估体细胞HRD基因组疤痕特征，使用shallowHRD算法评估大片段迁移（LST）。ctDNA shallowHRD评分从0到36不等，中位数为3，我们将shallowHRD评分≥10定义为高评分。shallowHRD评分高的患者CNA谱表现出更高水平的大片段基因组改变（LGA），这可以通过shallowHRD算法评估（图7A）。我们发现，在TNBC中，高评分患者比例高于其他亚型（shallowHRD评分≥10：60.7%，17/28），HR + HER2-患者中有13.3%（6/45）shallowHRD评分较高（图7B）。shallowHRD评分往往与I评分水平相关，因为I评分通常反映染色体不稳定性水平。然而，在TNBC亚型患者中，相同I评分水平的患者具有不同的shallowHRD评分，肿瘤负荷与shallowHRD评分无关。此外，BL和EB分子亚群的shallowHRD评分高于其他分子亚群。HRD评分高的（shallowHRD评分≥10）TNBC患者一线或二线铂类化疗的缓解率较高，肿瘤负荷降低患者比例较高（基线时只有可测量病灶的患者；高HRD评分患者：54.5%，6/11例患者 vs 低HRD评分患者：28.6%，2/7例患者，图7C），而高和低shallowHRD评分患者的PFS没有差异。我们发现，在所有患者以及TNBC患者中，shallowHRD水平与年龄较小相关（图7D）。
图7. 基于LP-WGS的同源重组缺陷（HRD）评估以及与临床铂类化疗反应的相关性。
（A）LP-WGS ctDNA低和高shallowHRD评分的4例患者的CNA谱，显示shallowHRD算法评估的大片段基因变异（LGA）。
（B）高I评分的MBC患者（n=103）ctDNA shallowHRD评分条形图，根据肿瘤亚型分类（左图）。不同MBC亚型患者ctDNA shallowHRD评分分布点图。
（C）接受一线或二线铂类化疗的TNBC患者，根据RECIST 1.1评估靶病灶大小变化蜘蛛图，根据ctDNA shallowHRD状态分类。shallowHRD评分高（≥ 10）的患者标记为红色。
（D）高I评分的MBC患者，年龄与ctDNA shallowHRD评分相关性点图（n = 103）。
讨 论
本研究报告了LP-WGS ctDNA CNA分析对于转移性和早期乳腺癌患者的临床意义，可用于复发和治疗反应预测，分子聚类和HRD评估。首先发现，诊断时高ctDNA CNA负荷是MBC患者OS和PFS较差的独立预后因素。重要的是，通过PEARLY试验大型II-III期TNBC患者前瞻性队列验证了这一发现，表明高水平的基线I评分也与术后复发风险显著相关，无论pCR状态如何。此外，还表明了LP-WGS ctDNA诊断的临床效用，可以克服乳腺癌患者常规组织和ctDNA NGS检测在分子聚类，同源重组缺陷（HRD）评估和耐药机制鉴定方面的局限性。
有研究评估了肿瘤组织CNA谱作为乳腺癌患者的生物标志物，intClust CNA 分析将患者分为10种亚型，这些亚型具有不同的预后、治疗缓解情况和长期复发风险。I评分通过对ctDNA CNA的深度和长度求和，来评估ctDNA CNA负荷，提示癌症患者的肿瘤负荷和基因组不稳定性。靶向panel ctDNA测序中，单核苷酸变异（SNV）丰度（VAF）只能提示肿瘤DNA分数，相比之下，在LP-WGS ctDNA分析中，I评分综合了肿瘤负荷水平和体细胞基因组不稳定性，这两个因素共同导致早期和转移性乳腺癌患者中I评分高的患者的预后不良。I评分与肿瘤直径（根据RECIST 1.1）的相关性中等。然而，在同一肿瘤负荷下，I评分水平存在相当大的差异，提示基因组不稳定性水平对I评分水平的影响很大。
重要的是，对PEARLY试验早期TNBC患者的事后分析表明，基线I评分稳健预测DFS，无论pCR状态如何。有趣的是，基线ctDNA CNA负荷与pCR状态无关，但与高复发风险直接相关。基线I评分低且pCR（+）的患者预后较好，在这部分患者中，可以免去进一步的辅助治疗，如卡培他滨或免疫治疗。相比之下，对于基线I评分较高的患者，无论是否实现pCR，都需要升级（新）辅助化疗，联合免疫治疗或其他靶向药物。 尽管在该分析中，不知晓PEARLY试验患者卡铂使用情况，但III期PEARLY试验的生存随访正在进行中，未来我们将评估ctDNA CNA分析在预测TNBC患者卡铂获益方面的价值。
除了预后预测外，在高I评分的MBC患者中，LP-WGS ctDNA检测还能够通过位点水平CNA分析，对肿瘤进行基因组表征。LP-WGS ctDNA分析无需侵入性肿瘤活检即可捕获基因水平CNA信息，可用于指导匹配的靶向治疗方案，包括FGFR或EGFR抑制剂。还识别了导致CDK4/6抑制剂耐药的潜在机制——BCL6。随后的体外分析证实，BCL6过表达导致对CDK4/6抑制剂以及抗雌激素治疗耐药。BCL6异常激活先前已被报道为内分泌治疗耐药的机制，未来试验需要评估BCL6和CDK4/6抑制剂联用，以规避CDK4/6抑制剂耐药。本LP-WGS ctDNA分析首次使用shallowHRD算法估计了HRD水平。在TNBC患者中，shallowHRD评分与铂类化疗缓解率相关。我们认为，通过液体活检评估HRD可用于筛选PARP抑制剂或铂类药物治疗潜在获益人群。
本研究的优势在于对两个前瞻性早期和转移性乳腺癌患者队列进行分析，随访时间较长，并且I评分既可用于预后预测，又可用于分子分析。然而，应该注意到，基因位点水平CNA分析只能在高I评分患者中进行（I评分≥5.54，一半的患者），低I评分（I评分<5.54）患者由于CNA Z分数水平低，不可行。我们预计，随着基于WGS的ctDNA检测技术的发展，位点水平CNA检测阈值将得到改善。
综上所述，本研究探索了LP-WGS ctDNA分析对于转移性和早期乳腺癌患者的临床效用，可用于复发和预后预测、治疗反应和耐药分析以及HRD评估。特别是，在PEARLY试验的II-III期TNBC患者中，基线ctDNA CNA负荷能够稳健预测复发风险，无论pCR状态如何，提示ctDNA CNA负荷或可用于指导TNBC患者升级或降级（新）辅助治疗决策。本研究支持ctDNA LP-WGS在乳腺癌患者管理中的应用。
参考文献：
Kim MH, Kim GM, Ahn JM, Ryu WJ, Kim SG, Kim JH, Kim TY, Han HJ, Kim JY, Park HS, Park S, Park BW, Kim SI, Jeong J, Lee J, Paik S, Kim S, Jung KH, Cho EH, Sohn J. Copy number aberrations in ctDNA enables prognosis prediction and molecular characterization of breast cancer. J Natl Cancer Inst. 2023 May 11:djad080. doi: 10.1093/jnci/djad080. Epub ahead of print. PMID: 37166557.