計算抵扣
第一種
從小規模納稅人手裡購買農產品，取得其代開的3%的專用發票，需計算抵扣進項稅。
財稅〔2017〕37號文規定，一般納稅人從按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上註明的金額和11%的扣除率計算進項稅額。
財政部 稅務總局 海關總署公告2019年第39號規定，從2019年4月1日起納稅人購進農產品，原適用10%扣除率的，扣除率調整為9%。納稅人購進用於生產或者委託加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額。
所以，屆時，從小規模納稅人手裡購買農產品，取得其代開的3%專用發票，以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
如果是從小規模納稅人購買，它銷售農產品給您代開了徵收率為3%的專票含稅價103塊，即，金額為103÷（1+3%）=100元，稅額為100×3%=3元。
您取得這張專票以後，不是按照票面註明的稅額3元抵扣，而是按照票面金額100元乘以9%計算抵扣，即稅額為9元。
如果你按照3元抵扣，同樣支付103，你的成本就增加了，就吃虧了。
申報表填寫
把9填入《增值稅納稅申報表附列資料（二）》（本期進項稅額明細）第6欄「農產品收購發票或者銷售發票」欄.
3%的專票認證抵扣同期轉出。
填寫在《增值稅納稅申報表附列資料（二）》（本期進項稅額明細）第35欄「本期認證相符的增值稅專用發票」欄和第2欄「本期認證相符且本期申報抵扣」欄。如下：
同時做進項轉出處理，將發票票面抵扣的3的進項稅進項轉出處理。
借：成本 94
借：應交稅費-應交增值稅（進項稅額） 9
貸：銀行存款 103
全額抵減
第二種
從設備商取得的13%的設備專用發票，可不按發票上列明的稅額抵扣，可享受票麵價稅合計金額抵減應納稅額的政策。
財稅[2012]15號規定增值稅納稅人2011年12月1日（含，下同）以後初次購買增值稅稅控系統專用設備(包括分開票機)支付的費用，可憑購買增值稅稅控系統專用設備取得的增值稅專用發票，在增值稅應納稅額中全額抵減（抵減額為價稅合計額），不足抵減的可結轉下期繼續抵減。增值稅納稅人非初次購買增值稅稅控系統專用設備支付的費用，由其自行負擔，不得在增值稅應納稅額中抵減。
這個稅率16%下調到13%，稅控盤是否也應該降價呢？
納稅人購買金稅設備，取得一張200的增值稅專用發票，稅率13%。金額為：176.99；稅額：23.01。
可以不按票面上註明的稅額23.01抵扣進項稅，可以按照200的數直接抵減當期實現的增值稅應納稅額。
1.填寫附表四第2列到第4列
2.增值稅減免稅申報明細表，減稅性質代碼及名稱選擇0001129914，再填寫第2列到第4列。
3.主表第23行，不足抵減的可結轉下期繼續抵減
4.專票做認證同期轉出處理
綜上，兩種情況其實都不是按票面稅額認證抵扣，通過計算抵扣、全額抵減方式取得了更大的優惠。