洪武元年（1368年）正月初四日，朱元璋正式宣布稱帝，國號大明，年號洪武，定都南京。自此，南京便成為大明王朝的第一個京師。那麼問題來了，朱元璋為什麼會看上南京呢？
中國歷史上比較重要的古都有長安、洛陽、開封、北京、南京等城市。在秦漢至隋唐的這段時期，長安與洛陽是國都的最佳選擇。長安位於「被山帶河」、「四塞之國」的關中地區，擁有極佳的地形優勢，在安全方面無可匹敵。而洛陽位於平原地帶，周邊物產豐富，交通便利，可以養活大量人口。更難得的是，長安、洛陽相距僅300多公里，兩座城市剛好起到取長補短，相得益彰的作用。比如唐朝的京師是長安，東都是洛陽。當長安的糧食消耗超出該城的負載能力時，皇帝就要以出巡的名義帶著文武百官前往洛陽「刨食」。
到了唐朝末期，長安及周邊地區都飽受戰火摧殘，所以不再事宜當國都。而洛陽在經濟、交通等方面又不如後來居上的開封。因此北宋將東京（京師）定在了開封，西京定在了洛陽。不過開封也有一個明顯劣勢，那就是地處平原，周邊一馬平川，無險可守，唯一的天然屏障只有北面的黃河，但這道屏障也不是太靠譜。後來北宋被區區十幾萬金軍滅國，很大一部分原因就是開封在軍事上的劣勢太明顯。
北宋滅亡後，大量人口移向南方，江南地區成為了全國的經濟中心。後來元朝統一全國，並將京師選定在大都（今北京），但大都的錢糧供應都嚴重依賴江南地區。到了元朝末年，江南被義軍攻占，北方的元廷立即就陷入了垂死掙扎的境地。
明朝建立時，長安與洛陽早已不復昔日榮光，開封無論是地理位置還是經濟環境都只能算次優而不是最優，北京太靠近北方草原地區，離當時還具備一定實力的北元政權距離過近。因此縱觀全局，只有南京最符合作為一個理想京師的條件。首先，南京位於長江中下游平原的核心節點上，它的周圍就是糧食主產區，同時也是當時的經濟中心區域，所以有足夠的能力供養京師龐大的人口；其次，南京北部有長江天險可守，能有效阻擋住北方軍隊的突襲；此外，朱元璋採納「高築牆，廣積糧，緩稱王」的戰略在南京經營了十多年，其根基早已牢牢扎在了南京。因此朱元璋將明朝京師定在南京可以說是最佳的選擇。
在定都南京後不久，朱元璋又下令設開封為北京，主要針對北方的軍事行動。後來他又設自己的老家鳳陽為中都。因此在明朝初年共有三個京城，分別是南京應天府、北京開封府，以及中都鳳陽府。
朱元璋晚年時覺得南京地理位置過於偏向南方，在軍事調度方面很不方便，所以產生了遷都念頭。他派太子朱標去陝西考察，看看西安府是否具備遷都條件。然而朱標巡視歸來後不久就生病去世了，朱元璋傷心欲絕，再加上年老體衰，因此徹底放棄了遷都打算。
參考文獻：《明史》