針對未經環保「三同時」驗收即投入使用的違法行為，環保主管部門在實施行政處罰時，一般適用《建設項目環境保護管理條例》第二十八條的規定。按照《立法法》規定的上位法優於下位法的法律適用原則，在各環保單行法與《建設項目環境保護管理條例》相衝突時，應適用環保單行法的規定。
從上述法規來看，《固體廢物污染環境防治法》、《環境噪聲污染防治法》這兩個法律關於「未驗先投」這一違法行為的罰則規定與《建設項目環境保護管理條例》並無衝突。《水污染防治法》與《建設項目環境保護管理條例》在處罰主體和處罰額度上均存在明顯衝突。
根據上位法優於下位法的原則，若涉及建設項目的水污染防治設施「未驗先投」違法行為的，則應適用《水污染防治法》的相關規定。
《環境行政處罰辦法》第九條規定：「當事人的一個違法行為同時違反兩個以上環境法律、法規或規章條款時……效力等級相同的，可以適用處罰較重的條款。」若某建設項目「未驗先投」違法行為同時違反《水污染防治法》、《固體廢物污染環境防治法》和《環境噪聲污染防治法》的規定，可以選擇適用《水污染防治法》的規定。從各法規的制定時間順序來看，本著加強環境執法的原則，在行政處罰時也應優先適用《水污染防治法》的規定。