约翰·马吉于1884年10月10日出生在宾夕法尼亚州的匹兹堡。1906年，他获得耶鲁大学学士学位，1911年在马萨诸塞州剑桥的圣公会神学院获得学士学位。次年，他被任命为美国圣公会牧师，移居中国。来到中国后，他遇到了后来的妻子费斯·E·巴恪思，她是来自中国内地传教会的英国传教士。
米尔斯牧师（美国长老会）和 约翰·马吉牧师站在安全区委员会总部的入口处
1937年12月8日，日军占领南京东郊与南郊后，用飞机与重炮轰炸市区，到12月13日，南京终于陷落。日军全面占领南京。日占期间，约翰·马吉帮助建立了一家难民医院，并担任国际红十字会主席。他还是南京安全区国际委员会的成员。同时，他也用手中的16毫米摄影机记录下了日军在南京的暴行。
约翰·马吉牧师是主教牧师。他是负责1937年日军占领南京时创建的所谓南京国际安全区的22名西方人之一。在日军占领期间，他试图尽可能的保护更多的中国人，并使得数千名女性免于日军的欺凌和杀害。他用16毫米黑白无声胶片拍摄了许多的受害者。他还在日记中记录了受害者是如何受伤的，这成了记录日军南京大屠杀的宝贵历史文献。
1937年12月13日，南京安全区委员会总部。左至右:扎莱、哈塔斯、拉贝、约翰·马吉牧师、柯乐波兹瓦洛夫
由于当时南京到处都是日军，国际安全区也不过是暂时安全而已。拍摄的胶片如果被日军发现，不但是自己和安全区的难民会大祸临头。同时，作为南京大屠杀的证据也将消失。约翰·马吉找到美国人乔治·菲奇希望帮助保护这些胶片。乔治·菲奇利用关系，几经辗转，将这些胶片从中国偷运出去，送往美国。并向美国政府官员展示，希望他们对日本实施制裁，但无济于事。1938年乔治·菲奇向美国国会提交了胶片。包括国会、美军和红十字会等议员、军官和重要官员秘密观看纪录片。乔治·菲奇为了保护仍在南京的约翰·马吉，并未提及拍摄者。他向许多团体放映了这部电影，试图将南京发生的事情告诉美国人民。
1938年5月，难民医院的病人和工作人员与牧师约翰·马吉合影
1938年5月，美国《生活》杂志刊登出了一些南京的场景。人们才第一次知道日军在南京到底做了什么。1938年，约翰·马吉返回美国后，他参加了一次关于南京大屠杀的巡回报告会。在谈到南京的暴行时，德国商人约翰·拉贝还放映了约翰·马吉拍摄的纪录片。1939年5月约翰·马吉返回中国，1940再次离开中国。随着纪录片的曝光，南京大屠杀也逐渐被国际社会知晓。有多个版本流向不同的国家，最后都下落不明消失不见。
2019年12月13日下午，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行了一场特殊的捐赠仪式，美国牧师约翰·马吉影像“37分钟”版“一寸盘”被捐赠给了纪念馆。它深藏纽约地下室，时隔50多年再现身。