三清殿，位于福建省莆田市荔城区梅园东路391号，该殿宋代称天庆观，元明易名为玄妙观，清避康熙皇帝玄烨讳而改为元妙观。嘉庆二年(1797)翁廷璋重修东岳殿(包括中殿、拜亭、两庑和山门);清咸丰年间(1851~1861)又一次重修福神殿;清光绪年间(1875-1908)兴化府同知杨万清又一次大修了三清殿;民国后除了重建九御殿外，元妙观其他建筑先后遭受破坏;莆田三清殿是福建省现存最大的古代道教建筑，被专家誉为江南古建奇葩，现为全国重点文物保护单位。
元妙观坐北朝南，现存山门和三清殿均为宋代所建，其旁还有清代建造的东岳殿、五帝庙、西岳殿、五显庙和文昌三代祠等。三清殿面阔七间，进深六间，重檐歇山顶，使用20根石柱承托抬梁式木构架。柱头略有卷杀，柱础为覆盆莲花式。柱头铺作为七铺作双杪双下昂重栱偷心造，补间铺作前后檐各一朵。两柱间施阑额，不用普拍枋。当心间脊榑题记有“唐贞观敕建，在宋大中祥符八年重修，明崇祯十三年岁次庚辰募缘修建”字样。三清殿东侧还有宋徽宗御书《神霄玉清万寿宫碑》等碑刻。
木构殿堂建筑，建筑总面积583.52平方米，面阔5间，进深4间，柱网由内外柱组成，石柱粗犷(周长1.73米)，柱头上下微作卷杀。结构以列柱上的阑额构成柱架，柱上用拱，明乳袱，明袱和柱枋等将柱架紧密连系起来，主斗拱作五铺作、斗底皿形;柱头华拱单挑，呈三抄三下昂，全用偷心造，其中第3对石柱较高，略呈下粗上细，柱础莲花覆盆式;补间铺作前后檐各一朵，面阔间距重心间为5.1米，两进各依4.8~4.1米递减，进深依次为2.9米，4.3米，5.1米和3.5米，平面略呈方形，尺度比例适宜。
正殿东边为东岳殿，面阔3间，进深3间，内柱为半浮雕盘龙石柱，皆不置柱础，前为拜亭、三门，以两廊连结成整体格局，正殿后并列后殿和偏殿。