正山小種紅茶與有名的祁門紅茶比較有明顯的差異。
祁門紅茶採用傳統工藝並結合新技術嚴格選料，精湛製作，風格獨特，品質優異，其條形緊秀，色澤烏潤，金毫顯露，湯色紅艷明亮。滋潤鮮醇酣厚，香氣清鮮持久，似花、似果、似蜜，單獨泡飲，更能領略它的獨特香味，世人譽為「祁門香」，加入牛奶後湯色粉紅，香味不減別具風格。
祁門紅茶（小葉種）的一個特徵是和大葉種的紅茶（如印度、斯里蘭卡的紅茶）相比，香葉醇含量與芳樟醇及其氧化物含量的比值比較高。
正山小種紅茶品質是獨一無二的。從外形看它條形壯實，緊結，勻整潔凈，色澤烏黑油潤，干聞具有特殊的松脂香和桂圓乾香。從內質看，具有特有的高山韻和桂圓乾味，這種香味是在獨特與優越的環境下所形成的，是別的任何一種紅茶所不具備的香味；而且它耐沖泡，四五泡後各種特徵仍然明顯，這也明顯優於別的紅茶；它的湯色橙紅，明亮，滋味醇厚，甘滑爽口，不苦不澀，回甘持久。
正山小種紅茶的葉子吸收松木燃燒的香氣，而祁門紅茶不接觸煙。正山小種紅茶的許多成分是木材煙的特徵成分，也是煙燻食品特有的成分。松木中含有大量的木質素、纖維素和半纖維素，這些都是煙成分的來源。糠醛及其衍生物是纖維素的熱解產物，而酚類由木質素的熱解產生。這些熱解產物在正山小種紅茶中也少量存在