楊乃武與小白菜能夠平反，只能說他們命好。該案猶如一面橫跨古今的鏡子，折射出清代乃冤案昭雪過程中的一些特殊因素，以及多數案件未得昭雪而成冤的普遍性。
楊乃武與小白菜得到平反，完全是出於政治方面的考量。該案牽扯到了當時科名門第之爭、官民之爭，而此時光緒繼位不久，尚未樹立權威，慈禧借楊乃武案，一可為小皇帝立威，二可打擊朋黨，所以才說楊案的平反，真的是個意外。
曲折的「楊乃武與小白菜案」
楊乃武，於道光十六年生於浙江省餘杭縣一個小康之家。小白菜原名畢秀姑，嫁於餘杭縣葛品連後，與楊乃武做了鄰居。
葛品連開了一家豆腐店，平日都在店中忙碌。小白菜無事可做，便到常到楊乃武家，向楊乃武學識字誦經。葛品連對此意見很大，「疑有私奸」，於是帶著小白菜搬到縣城太平巷租房居住。
同治十二年十月九日，葛品連突覺身體不適，於是差小白菜去買桂圓和東洋參煎服。但是，葛品連服過藥後病情不但未好轉，反而於申時突然身亡，且口、鼻處均有血水流出。葛品連義母見葛之屍體面色發青，疑為中毒，便向縣衙遞交了驗屍呈詞。
餘杭知縣劉錫彤帶著仵作沈祥驗屍後，沈祥懷疑葛品連是吸食煙土過量致死，但師爺沈彩泉卻認為葛品連為服用了砒霜而死。知縣劉錫彤相信了沈彩泉的推測，也認為葛品連是中砒霜之毒而死。
既然葛品連是中毒身亡，小白菜與楊乃武又有過曖昧關係，自然嫌疑最大。於是劉錫彤將小白菜拘拿到堂，嚴刑拷問。小白菜受刑不過，只得招認是楊乃武給她砥霜，授意她毒死葛品連的。劉錫彤於是下令拘捕楊乃武，但楊乃武稱自己當日並不在城中，不可能給小白菜砒霜，堅決否認。
楊乃武是舉人，按律不能動刑，劉錫彤便於呈報杭州知府，要求革去楊乃武的舉人身份。杭州知府陳魯向浙江撫楊昌浚請示後，革去楊乃武功名，並將楊乃武提到府衙審問。楊乃武承受不住酷刑，招認是其唆使小白菜毒害丈夫，並編造了砒霜來自愛仁藥店錢寶生處。
劉錫彤為了儘快破案，威逼愛仁藥店老闆做偽證，承認曾賣砒霜給楊乃武。知府陳魯也未令當事人當面對質，就草率定了案，並做出判決：「楊乃武、小白菜凌遲斬決「。
此案在覆核階段，浙江按察使蒯賀蓀也沒有認真審核，便認定原審無誤，將案件轉給巡撫楊昌浚。楊昌浚隨後上報朝廷，請求核准死刑。
楊乃武入獄後，寫了大量申訴材料交與家屬，楊家便帶著申訴材料到杭州各衙門申訴，但均無果。楊乃武胞姐葉楊氏於是赴京伸冤，此案經都察院又轉給了浙江巡撫。
巡撫楊昌浚又將此案交給杭州知府複查，結果得出的結論是原判決無誤。但楊家三番五次到杭州各衙門擊鼓鳴冤，搞得滿城風雨。在紅頂商人胡雪岩的關注下，楊家又向步軍統領衙門遞交了呈控。呈控材料在胡雪岩的運作下，被《申報》刊登，此案引起了全國的注意。
光緒元年四月，刑部給事中王書瑞上書皇帝，參奏楊昌浚等人徇私枉法。光緒特旨派胡瑞瀾進行複查，但這位胡瑞瀾並未認真複查，又對楊乃武二人動刑，逼迫兩人再次承認殺人之事。
給事中邊寶泉是胡瑞瀾的政敵，他懷疑胡瑞瀾有意偏袒楊昌浚，於是串連十八位浙江籍京官，聯名向都察院提交呈狀，要求重審。都察院向兩宮太后奏請由刑部「秉公審訊」，得到了慈禧批准。
光緒二年九月十七日，刑部將葛品連的屍體運到北京，當眾開棺驗屍。經數位刑部及都察院資深仵作檢驗，葛品連是因病死亡，並非砒霜中毒而死。至此案情大白天下。
冤案得以平反的原因
楊乃武舉人身份背後的人脈關係與社會資本，是這一案件能得到平反的核心。如果楊乃武是一介平民，也許他早已人頭落地。
楊乃武中舉後，便邁進了上層紳士集團。這一集團聚集了有功名、有聲望的人物，在經濟、政治以及社會各個領域都享有種種影響力。集團內部，比較重年誼、鄉情，楊乃武也就有了豐富的人脈關係構成的隱權力。這一社會資本，在楊乃武案中發揮了積極作用。
此案為什麼會有十八名浙江籍京官聯名向都察院遞交呈詞，奏請刑部審理？十八名名京官為何奔走呼號？這些官員絕對不可能個個是「包青天」，更不可能為一個與自己無親無故的舉人而冒險挺身。所以當時追蹤報道楊案的《申報》說：「地方紳士代抱不平，膽敢與大憲為敵，呈上駁詰之詞，非受冤者為士林同類，恐亦無有此一番大出力。」
十八名京官之一的夏同善說過：「此案事關兩浙士林聲譽，不僅是兩條人命而已。「這就證明，當時的士紳中，存在一個個有著強烈的集團歸屬意識和集體榮譽感的團體，集體的聲望及名譽於每個成員而言，都為極具價值的社會資本，一旦受到損害，會影響他們可能帶來的隱形的利益。因此保證這個集團的聲望不被沾污，是團體內每個人的義務。十八名京官不僅是要幫楊乃武申冤，更是要維護浙江讀書人之名譽。
對楊乃武案平反的影響最大的夏同善，是浙江仁和縣人，與當時的刑部侍郎翁同和關係甚密。二人平日政見相近，立場一致，所以翁同和才會在兩宮皇太后面前進言，使得慈禧同意此案交刑部審理。
夏同善是何許人？他是楊乃武同科的舉人。在封建社會，同鄉關係是社會資本的一種，同鄉加同年更是親上加親，這不僅是社會資本，更是一種重要的社會資源及人脈網絡。無論是夏同善，或者是將來發達後的楊乃武，以及千千萬萬個讀書人，都必須維護這個網絡。
案件能得到平反的另一個重要因素，是楊家有錢。在封建社會，千里迢迢上京告狀，並非像京劇裡面演的那麼容易，是需要大筆金錢支持的。楊乃武一入獄，楊家便四處奔波，最後進京告狀，若非有豐厚的家底作為支撐，怎有如此能耐？
楊乃武家境殷實，有良田數十畝，又有房屋數十間用來出租。楊乃武平日以養香為生，兼教人誦經識字，代人寫訴狀，收入相當可觀。清代與楊乃武一樣蒙冤的平頭百姓絕對不在少數，又有幾個能不斷申訴，能上京告狀的呢？
慈禧為何垂青本案？
楊乃武案最後是由慈禧批准刑部複審而真相大白的。可以說，沒有慈禧的介入，楊乃武就不可能申冤。是慈禧特批，讓楊案進入到了正式司法程序外的一種特殊程序。
封建朝代中，官員之間都存在以利益為標尺的「潛規則，都會結成一個個的利益集團。而皇帝們需要想辦法利用這些集團間的矛盾，對官員們加以控制，這就是歷史上的「帝王權術」。
」一朝君子一朝臣」，每逢新皇上位之季，也是利益集團對抗最為激烈之時，不同的集團都想在新君面前分一杯羹。楊乃武案發正逢光緒初年，皇帝年幼，朝中滿漢權臣之間、中央與地方官僚之間，紛爭交錯，光緒的統治尚未穩固。此案正好給了慈禧藉機打擊朋黨，鞏固政權的好機會。
楊乃武案中，官員瀆職、官官相護隨處可現，平反楊乃武案，是慈禧警示官員們不可太過放肆的信號，也是借力打擊地方勢力的需要。當時的慈禧在剷除八大顧命大臣後，與慈安太后垂簾聽政，但朝中大臣卻在兩宮之間站隊，令慈禧大傷腦筋。浙江巡撫楊昌浚恰好是東宮勢力集團成員，慈禧平反楊案，查處楊昌浚以下浙江官員，既打擊了東宮勢力，又落了個好名聲。政治手段老練的慈禧，是絕對不會放過這種機會的。
不過，楊乃武案如果不是發生在光緒繼位之初，不是發生在慈禧與慈安爭權的風口，不是浙江官僚集團出力，不是民間輿論關注，不是楊家身份特殊，是不可能平反的。從這些平反的必要條件來看，幾乎缺一不可。所以說，楊案的平反，是一個小機率事件，並不能說明清朝的審判制度有多公正，更不能說明慈禧愛民如子。