鄱阳湖是长江又一处支流汇集的地区，有修水、赣江、抚河、信江和饶河鄱江汇入，这五水源远流长，支流众多，交织成一张大网，把江西的山地丘陵和平原串联起来，形成一个相对独立的生态系统。
鄱阳五水与洞庭四水同样浑浊。由于人们对江西森林不间断地破坏，赣江上游的梅江、平江等支流的河床普遍抬高2米多；抚河曾经是“满江木排满江粮，一路放歌到九江”，如今它的上中游河床已经淤高了2到3米，最高有4米多；修水有的河段抬高1.8米。在水利设施严重淤积的情况下，每年仍有约2500万吨泥沙被带入鄱阳湖，使湖床每年抬高2到3毫米。
与此同时，鄱阳湖也经历了围垦，面积在过去50年中从5050平方公里下降到3583平方公里。但其缩小的速度还是比洞庭湖缓慢得多，这主要是由于它与长江的关系与洞庭湖截然不同。
洞庭湖由于四口分洪，接纳长江洪水的泥沙，导致湖床年均上升3.5厘米；而鄱阳湖的地势比洞庭湖以及长江河床高一些，因此它不但不接受长江泥沙反而通过含鄱口把江西五水的大量泥沙直接泄入长江。只在长江的大洪水期间，才会发生江水倒灌鄱阳湖的情况。
虽然鄱阳湖对长江流域的防洪功效小于洞庭，但鄱阳湿地的生态价值则有过之而无不及。由于鄱阳湖每年水位涨落达5米，最多可达15米，因此湖泊面积季节性变化很大，丰水期，鄱阳湖连成一片汪洋，面积近3000平方公里，长江鱼类湖水洄游入湖，水草和虾、螺、蚌等软体动物大量繁殖；到了枯水期水面仅500平方公里，大部分湖底暴露出来，形成旷如平野的泥滩和草洲，点缀其间的退水湖水深仅30到80厘米，其中的水草、螺、蚌等成为候鸟丰盛的食物。
由于气候条件适宜，每年秋冬数十万只候鸟从西伯利亚、蒙古、日本、朝鲜以及中国东北、西北等地来鄱阳湖越冬，特别是其中的白鹤，占到全球白鹤总数的90%以上。“鄱湖鸟，知多少？飞时遮尽云和月，落时不见湖边草。”正是鄱阳湖湿地秋冬季节“水鸟长城”的真实写照。
正如云梦泽的淤塞最终导致洪水向南分流入洞庭湖，洞庭湖的淤塞反过来也对江汉平原产生越来越大的压力。为了保护自己，人类一直在不断地加高荆江大堤，这样做的结果，使得洞庭湖水面已经高于长江以北的江汉平原3米，而汛期时荆江水位会比大堤外的江汉平原高10到15米，浩荡的江水仿佛一柄利剑高悬在湖北省平原区上千万人的头顶。
如果让大自然去选择的话，她一定会在荆江北岸重开穴口，向江汉平原分流洪水，部分地恢复云梦湿地，完成两湖湿地又一次的南北轮替。但是江汉平原已经被人类占有的土地很难再被退还给大自然了，因此人们开始设想在上游峡谷中人工制造一个湖泊，使它在两湖天然湿地湮灭的情况下承担防洪功效。
三峡水库的构想能够在极大的争议声中表决通过，其一就是因为水利部门坚持认为没有其他任何办法可以避免长江大洪水来临时两湖发生20万到50万人死亡的惨剧。从某种意义上说，三峡水库的建设，实际是为了维持和巩固数百年来人类在长江中下游湿地与水争地的战果。
将峡谷急流变成高峡平湖，本身会引发生态问题。而三峡水库运行对水流和泥沙规律带来的影响，将对中下游湖区本就错综复杂的利益关系带来新的不确定因素三峡水库建成后，山于大量泥沙沉积在死库容内，出库江水变清，将会对下游河道形成冲刷，理论上这将是对江和湖都有利的事情。然而，这首先是以三峡水库的淤积为代价的。随着时间的推移，人们认识到三峡水库也不能承受这样的淤积。在水利界看来，要解决这个问题，惟一的办法是在上游再修几个水库，以便拦截泥沙，延缓淤积的发生。
然而控制下游的冲淤也绝非易事。根据有关部门的演算，三峡水库下游河道的冲刷作用是一个长期的复杂过程。城陵矶以下河段将要先淤积20年再转为冲刷，这就意味着在整整20年间，荆江河段的大冲刷和城陵矶以下河段的大淤积将同时进行，这就会增加下游排水的困难，对洞庭湖防洪不利。另据测算，三峡水库投入运行后，开始时洪水中的泥沙含量会明显降低，进入洞庭湖的泥沙会有所减少，但36年后泥沙含量又会回升加大。为此，湖南省在三峡建成后至今一直希望在三口建闸，以便真正控制入湖的泥沙。
为要确保两湖的安全，同时加固荆江南北两岸的堤坝是十分必要的，而这样做又会推高下游水位，造成洪水搬家，影响江西和其他下游省份。除此之外，专家们还在密切关注着一件事，那就是三峡大坝的建设将使长江洪水得到控制，这就意味着鄱阳湖接纳长江洪水倒灌的机会比以前少得多，鄱阳湖水位因此将会提前下落，从而导致湖泊滩地提前出露，引发水生和陆生植物带的演替，进而影响鸟类觅食、栖息。
为了避免三峡建坝后对自己可能会产生的不利影响，江西省也已经开始争取在鄱阳湖入长江的水道上建立闸门，人为控制进出鄱阳湖的水流。
洞庭湖与鄱阳湖的建闸计划一旦实现，就意味着中国第一大江与它的湖泊之间维持了千万年的天然联系被彻底切断了。
1998年长江大水，促使我们重新审视人与湖泊、山林的关系，认识到长江的湖泊湿地有其自身的规律，靠工程措施强行改变这种规律只能引发更多的灾害，长江中下游平原湿地巨大的生态效益，不是任何一个水库可以替代的；而三峡水库220亿立方米的防洪库容，也不可能弥补50年来长江中下游12000平方公里湖泊湿地的损失。人不给水出路，水必不给人出路，和平共处的惟一办法只能是遵从和适应江湖固有的规律。
其后中国政府提出了与过去完全不同的江河治理思路：“封山植树，退耕还林，退田还湖，平垸行洪，以工代赈，移民建镇，加固堤坝，疏浚河道。”禁伐天然林和退耕还林是治本之策，而退田还湖、平垸行洪、以工代赈、移民建镇则都讲的是如何有组织地将人类侵夺的部分空间还给湿地和湖泊。
这一生态退却的规模史无前例，上游数万森工放下了斧锯，沿江大片陡坡地退耕还林，240万人从湖泊的领地里迁移出来，洞庭、鄱阳的水域面积数百年来首次出现恢复性增长。这一退却是极其艰难的选择，因为中国现在的人口规模较之康乾盛世增长了六七倍之多，人地矛盾极共突出。正因为如此，当前人与湖泊只能说是暂时休战，是一种非常脆弱的平衡。长江中下游湖区的种种问题是人类不合理的活动造成的，不能真正解决好人的问题，我们迟早还是要再回去与水争地、与林争地。
政府每户补贴万元，让湖区农民将住宅迁建到地势较高的地方，这确实减少了洪灾带来的损失，减轻了严防死守的压力。但移民建镇资金不足，基础设施不健全，垃圾、废水处理跟不上，环境污染严重。最为严峻的还是生计问题。农民们人均土地占有面积骤降，同时，湖区很多地方严格限制农民在退水湖泊中捞鱼，为的是把鱼留给水鸟，这又使很多农民失去了近1/4的收入，很多搬迁农民生活水平日趋贫困。为了生活，农民们要么回到失去堤坝保护的废田里耕种，希冀能在洪水来临前侥幸获得些收成：要么开展副业生产，到草滩里放牛，到湖汊里养鸭养鱼，这些又都增加了他们与疫水接触的机会。
退田还湖对生态有利，大片草滩荒废后，水鸟活动的空间扩大了，过去难得一见的黄鼠狼、野兔、猫头鹰、蛇、野鸡和班鸠等野生动物又多起来了，但血吸虫疫区面积也随湿地扩大而增大了。
很显然，湖区生态问题不是简单的技术性措施可以解决的，要改善生态必须解决三农问题；而化解三农问题必须给农村剩余劳动力提供出路，这就要求实现社会公平，给农民平等国民待遇，推动农村劳力向城市转移；而更为迫切的，是在增收困难的情况下，首先给农民减轻负担，这就要求改变乡村治理结构，切实贯彻乡村民主自治，通过村民自我管理裁撒冗员，降低管理成本。
“路漫漫其修远兮，吾将上下而求索。”2200年前，被放逐在洞庭湖边的楚人屈原就曾对人与自然进行过深刻而痛苦的思考。如今在千年破坏之后，要让自然获得喘息，甚至得到修复，必然要经历一个更加漫长的过程，需要儿代人付出汗水、泪水和艰辛。
但愿我们从此能与湖泊缔结永久的和平，但愿我们能把这一片“浩浩荡荡”留给自然，传之后世。