1949年新中国接手长江治理工作时，新成立的长江水利委员会面临的首要问题是如何解除两湖平原毁灭性洪灾的威胁。既要分流300亿到600亿的超额洪水，又要开辟千万亩良田，而对这个看似不可完成的任务，长委会采取了民国时期就提出的“蓄洪垦殖”的策略。
蓄洪垦殖的基本设想是，在长江各个通江湖泊的入口处建闸控制，遇到大水时，依据蓄洪作用大小依次分洪，一般洪水时尽量用培高的堤坝挡水，避免江水分流入湖。这样一来，荆江两岸的湖泊河流就经常处于低水位，大水来时可以有计划地蓄洪；而在平水、枯水年，广阔的湖滨滩地则可以开展大规模的垦殖。
根据这个方案，当时选择湖北公安县境内人口稀疏的低洼地区为主要分洪区。1952年春，数十万人会战公安，荆江分洪区在75天内就建成了。1954年，长江爆发了20世纪的最大洪水，荆江分洪区三次开闸，有效地减小了两湖平原的损失。
荆江分洪区的成功运用，更加坚定了政府蓄洪垦殖的决心。荆江沿线的通江湖泊纷纷建闸控制，又利用人为控制的低水位大量围垦湖滨湿地。长江中下游绝大多数湖泊原来都与长江相连，数量超过100个。但现在除了鄱阳、洞庭和石臼三湖，其他通江湖泊全被人为切断了与长江的联系。
通江湖泊建闸控制给长江野生鱼类的多样性造成了巨大损失。北京大学和世界自然基金会通过对通江和阻隔湖泊进行的对比研究，发现建闸控制切断了洄游性鱼类的洄游通道使其失去了索饵场、繁殖场和育肥场，造成洄游性鱼类的比重急剧下降，一些江湖洄游性鱼类数量急剧下降，而鲟类、鲥鱼等珍稀鱼类基本上从阻隔湖泊消失。另一方面建闸控制促进了水产养殖，这对湖中野生鱼类的生存空间构成了进一步的威胁。
阻隔湖泊与长江的连通不仅危害了鱼类，而且也改变了整个湿地生态系统。曾经随长江的生态节律而脉动的通江湖泊，建闸后不再有明显的涨落区，这就丧失了许多浅滩沼泽，而依赖这种生境生存的植物、底栖动物和水鸟也随之渐渐消失，湿地的生物多样性受到了极大的破坏。
通江湖泊被人为隔绝后，由于不再有明显的季节性涨落，使湖滨滩地的围垦成为可能。这些湖泊建闸后，本应“只生产，不住人”，但实际上，人们每围量一块湖泊，就会在那里繁衍生息，置办家产，洪水一来自然要严防死守，最后哪里也分不下洪，因为无论在哪里分洪，其损失都高得惊人。荆江分洪区1954年分洪时，有人口17万人，而到了1998年预备分洪时，需要转移的人口已经高达50万人以上。蓄洪垦殖策略中拟定的蓄洪区普遍存在这个问题，洞庭湖24个蓄洪垸有150万人口，而湖北省洪湖蓄洪区也有100万人。
经过上千年围垦，云梦泽虽已烟消云散，但湖北省在50年代初尚有湖泊1066座，享有“千湖之省”的美誉。然而，在蓄洪垦殖引发的大规模围垦中，湖泊数目到50年代末已下降到629个。到80年代初，又下降到309个。
蓄洪垦殖只剩垦殖，再难蓄洪了。长江中下游通江湖泊面积50年代达17198平方公里，80年代仅剩下6605平方公里，丧失的湖泊面积超过个天中国五大淡水湖的总面积，调蓄洪水的能力大大降低了。
当江汉湖群大量消失时，蓄洪的重担又一次落到湖南这边。依照原定方案，洞庭湖应与江汉湖群一样建闸控制，进行蓄洪垦殖。但由于调弦口1958年堵塞以后，口外荆江河段落淤十分严重，威胁到荆江大堤的安全，两湖纠纷又起，闹到几乎要强行扒口，所以三口建闸的方案最终还是流产了。
滚滚泥沙依然年复一年地涌入洞庭湖，“围湖造田”愈演愈烈。1952年和1954年大水后，人们借着修复堤垸的机会，共侵占湖泊面积435平方公里。到了1958年“大跃进”时期，围湖造田达到前所未有的疯狂境地，短短几年就让洞庭湖缩小了774平方公里60年代起，洞庭湖平原又搞起了所谓“矮围灭螺”，借消灭钉螺的名义对洞庭湖的蓄洪容积进行最后攻击。由于洞庭湖洪水的全力反扑，漉湖、横岭湖等几个湖汊的围堤当年就溃决了，但依然有400多平方公里的湖面被围垦。
根据长江流城规划办公室计算，洞庭湖每围垦1000平方公里，城陵矶（位于洞庭湖湖口）水位就壅高0.3米。以此推算，50年代以来在洞庭湖的围垦活动直接导致城陵矶水位上涨了0.48米。而湖北封闭江汉通江湖泊的作法，更迫使城陵矶水位抬高了1到2米。
虽然一个湖泊在自然规律的作用下也会经历从产生到消亡的过程，但是过去的50年间，长江中下游大量湖泊的急速消失则主要是受到人类活动的影响。
随着中下游围湖造田逐渐达到高潮，长江上游山林的砍伐也超过了历史上人民刀耕火种的强度。
直到20世纪50年代初，在川西、滇西北的高山峡谷间，蓊蓊郁郁的森林还控制着大约65万平方公里的长江流域。这片森林多以数十米高的巨木为主体，与生活在下层的其他植物形成了多层次混交林，有着极强的涵养水源功能。
在1998年9月的《中国青年报》上刊登了一位专家的研究成果，这位专家研究长江上游杉木林对水土保持的作用时发现，暴雨过后，原始林地区的土壤基本没有流失，23年的成熟杉木林带毎公顷要流失土壤47公斤，8年生杉木林带每公顷流失75公斤，而树龄两年的幼林带，每公顷流失达1100公斤，荒坡的流失量则远远大于这个数字。
长江变浑与上游那片老林的消失同步。
砍伐是从岷江上游开始的。从50年代起，采伐队率先开进川西阿坝自治州的米亚罗，建立了川西第一个森工单位—川西林业局。随后森工企业就在川西的阿坝、甘孜、凉山三州逐渐铺开，全面砍伐岷江、大渡河、雅砻江和金沙江流域以及嘉陵江上游的原始森林。
50年代国家急需资金和木材，当时投资极少，任务又重，只能怎么方便就怎么来，砍一片山就要砍光，修一条路就要运尽，这在当时叫做“肥水快流”。
六七十年代为支援三线建设，一场称为“金沙江会战”的伐木大战在川西老林的核心区展开，据1999年5月《绿色时报》的一则报道，在“备战”的状态下，2.3万人从全国各地迁入林区，全力砍伐森林，仗没打起来，可林子却一砍就是十几年！
从1982年起，一部分林地被划归地方，其中大头成了当地政府的用材林，由县属森工企业（当地称为“小采”）采伐，其余的则作为薪炭林，分归乡、村甚至个人所有。从此以后，国家一把大斧，加上“小采”、组、村、个人4把小斧，形成了“五斧争林”的局面。
“一木出林，万物遭殃。”随森林消逝的那些飞鸟、走兽、昆虫，植物，没有发出一声抗议，甚至很多都没有留下一个标本。这片森林能在地质条件十分复杂的高山峡谷生长完全是自然的奇迹。一旦老林被成片砍伐，则它下面的多层植被也都难以保全，它们赖以长的土壤也会很快流失，滑坡、泥石流普遍发生，从而造成不可逆转的水土流失。
在四川和云南的共同“努力”下，金沙江成为长江上游输沙量最大的河流，年平均输沙达2.8亿吨，约占上游总输沙量的一半，其年输沙量的最高纪录竟达5亿吨！
长江流域每年的侵蚀总量高达24亿吨，其中18亿吨发生在上游地区，6亿吨发生在宜昌以下的中下游地区。长江中下游湖泊的淤塞，也与中下游河流的水土流失密切相关。洞庭湖的淤积，就和它接纳的湘、资、沅、澧四水含沙量增大有直接联系
飞临湖湘大地，但见一片片丘陵间，粮田仿佛座座绿岛，四周包围着赭石色的河道湖汊，而那宽阔的湘江，也不再“漫江碧透”，活脱脱一条红色泥流，日夜向洞庭湖奔泻。
四水每年带入洞庭湖的泥沙量高达2400万吨加上长江带入的大量泥沙，洞庭湖每年要减少约1亿立方米的调蓄容积。1949年以后淤积在洞庭湖的泥沙大约60亿吨，占同期洞庭湖容积净减值的30%以上，天然洲滩的面积以每年6万宙的速度扩展。昔日6000平方公里的洞庭湖，到1978年已经缩小到2691平方公里，在大湖排行中退居次席。
今天的湖南，早已“尽土山，尽浊水”，成为水土流失的重灾区。我们无法把账全算到古人头上。经历了两宋的破坏，明清的砍伐，湖南到1957年还有2.8亿立方米森林森林覆盖率48%，水土流失面积1.87万平方公里。然而，以钢为纲、学大寨劈山造田两荒承包等一系列错误的作法，仅短短二三十年光景，就使湖南的森林蓄积量下降了1亿立方米，森林覆盖率跌至35%，水土流失面积猛增到4.7万平方公里。
据统计，湖南已经有3700多平方公里的国土流尽了土壤，成为石漠。还有大片红土丘陵植被稀疏，蓄水能力很差，人称“红色沙漠”，形成“三日无南河无水，一场小雨水成灾”的惨痛局面。
上中游的生态恶化，使得四水含沙量倍增。据勘测，湘、资、沅、澧四水干流某些河段的河床抬高了1到2米，一些地方甚至形成了地上悬河。全省258座大中型水库，淤积严重的占30%。洞庭湖历史上损失最严重的大水中，好几次就是由四水的洪水造成的。
当洞庭湖因淤积而衰落的时候，鄱阳湖因淤积稍慢，得以取而代之，成为中国第一大湖。