黄河 原迳太行西，出大伾入海，与杞并无影响。南宋建炎二年（1128）东京留守杜充决河阻金兵，南下一支夺汴河侵杞，犹未为大害。至金大定二十年（1180年前）河分三流，南支由延津分出，经开封、封丘间入陈留、杞县，至虞城以下合于主流，自此黄河正式进入杞县。后经7次改道，或行杞西、杞北，或行城内，无不造成大患。尤其黄河行杞北之道，北距大河仅数十里，处"悬河"之下，屡被河患，据金大定二十年（1180）至民国33年（1944）764年间不完全统计，杞县决口108次。
金代，治河无方策，当其南下侵宋时，"利河南行，以宋为壑"，当其迁都汴京后，又想"放水北归，以御蒙古"，结果南道不治，北道不复，坐困至亡。
元代，"重运（河）轻黄"，对黄河始终未加认真修治，筑堤亦只重北岸，杞在黄河之南，受害亦多。太宗六年（1234）八月（农历，下不另注者皆农历），决开封寸金淀淹南宋军，至杞西分为三流，称"三岔口"，北支行县城北之汴河；中支直冲县城；南支行县城西南，纵贯杞境数十里，这是黄河进入杞县后第一次大改道。当时杞县境内3流奔泻，地无净土。乃马真后三年（1244）中流溃决，漂没田庐无数，至元二十三年（1286）十月，河决于汴，淹没杞、陈、尉诸县，征民工20万筑堤。至元二十五年五月，河又决于汴，漫溢陈、杞、太。元 贞元年（1295）七月，元贞二年九月、十月连续决于汴，杞县皆被灾。大德元年（1297）三月，河决于杞，淹睢、杞等5县。五月，始征民工3．5万人塞河。大德二年、三年黄河在杞境内蒲口（今属通许）等96处决口，溃堤干余丈，洪水横流，杞县至商丘97所皆为洪水淹没。大德三年秋，始征民工修堤25处、65．15公里。大德八年五月，决祥符乐利堤（今郊区洛堤），大德九年六月，决阳武吴恩各，汴水漫溢，于杞北辟董盆口导入巴河，河小不能容，八月又于杞溃决，辟杞北新道，9年后（1314）始塞。皇庆二年（1313）六月河溢，开、陈、杞、睢、毫皆灾。延祐三年（1316）六月决汴溢杞。延祐五年（1318）决杞之小黄今开封县杜良乡黄铺，淹杞、太、陈、颍等州县。大司农遣都水监于汴，次年二月分监修治，三月工竣。延祐七年河决汴之苏村、七里寺漫溢至杞。至治二年（1322）正月，河溢仪封泛杞。泰定二年（1325）河溢汴，决杞，淹15县。至顺三年（1332）五月决开封、兰阳。顺帝至元三年（1337）溢兰阳，以上各次，皆灾及杞县。
明代河患无减。洪武七年、八年、十一年、十四年（1374、1375、1378、1381）数决开封、兰阳，杞皆被灾。洪武十七年八月，决开封东月堤，杞县首当其冲，导入睢水不能容，又导入巴河，巴河又决，杞北大灾，后征工塞之。洪武二十四年决阳武黑洋山（黑羊山），主道称"大黄河"，其支称"小黄河"，过兰阳、杞北，这是黄河进入杞境后第二次大改道。洪武二十五年河决，淹开、陈、杞、淮11州县。永乐二十年十月，决开封，杞境横流数十里。宣德三年（1428）七月决荥阳，分注涡、汴二水，开、陈、杞河皆漫溢。正统十三年五月，河决荥阳孙家渡口，经杏花营、尉氏、通许，东向杞之陡墙（今通许斗厢）又东南行杞之常寨再分二支，南行之一支经苏家所（今苏所）、王堌、沙窝（今沙沃）、雅陵岗、邓圈、咸岗（以下去向失载）；东行之一支过高阳、富家屯（今前、后傅屯）、苏木岗、邢口，经行杞境70余里。上述二支以南，又有一支从通许邸阁流入杞县五岔口，东南行周花坡、左家寨、（地望今佚）、翟陵、兔岗（今吐墨岗），至竹林南入太康马厂，此支经杞20余里。上述3支在杞南并行40余年无人修治，至弘治二年（1489）大河上游北移始断流。这是第三次大改道。成化四年（1468）决于祥符，漫溢泛杞，成化二十年、二十二年两决于杞，水至城下。弘治年后，治河方策改为"北岸筑堤，南岸分流"。弘治二年（1489）河自中牟以上北移，从祥符于家庄分出一支，经兰阳之白家口（今白口）流向杞之秋树营、内黄集（两村于1928年划入民权），经杞20余里，这是第四次改道。嘉靖朝治河改为"归水于一槽，以堤束水，以水攻沙"。嘉靖二十六年（1547）河决开封西北，其一支从杞南五岔口入境，经荆岗、虎备岗、常营，下入太康合涡入淮，杞南又增一新道，嘉靖三十六年（1557）河移仪封出杞。自金大定二十年（1180）入杞计377年。出杞以后杞之河患皆从境外决入。万历五年（1577）八月、万历十五年七月、万历二十七年六月，三次在刘兽医口决堤（今开封市郊杨桥一带）；万历二十九年九月决祥符槐疙瘩（今开封县军张楼西），万历四十四年六月决祥符陶家店、张家湾、朱家寨，以上数次杞皆被灾。崇祯五年（1632）河溢至杞，平地水深2尺。崇祯十五年六月，明军决朱家寨淹围攻开封之李自成军，九月又决朱家寨、马家口，淹没开封，下溢至杞，致使"尽杞之田，皆成碱卤"。决后无人修治，两年后（1644）之夏，河自复故道，杞始无水，全县千村薜荔，万户萧索，蓬蒿遍野，人口十不存一。
清代治黄仍次于运河漕运，但因省城开封之故，始加强南岸堤防，置河道总督，饬令地方长官修河，但积弊难改，河患如旧。顺治四年、五年、七年、十四年、十七年（1647、1648、 1650、1657、1660）频繁从开封、仪封决口，杞皆被灾。康熙元年（1662）六月，决开封，溢杞县。康熙三年六月又决溢至杞。康熙四十八年河决兰阳雷家集、仪封洪邵湾、水驿、张家主等处，杞北又灾。乾隆二十六年（1761）七月河决中牟阳桥、祥符黑岗口等17处、兰阳头堡等3处，河水溢杞，至冬十一月始堵复决口。乾隆四十三年六月决祥符时和驿、仪封十堡等6处，杞又水灾。乾隆四十六年决仪封青龙岗，由兰阳三堡开新道，二年后之三月导水入商丘七堡之故道，切断青龙岗泛道令水入新河（即今兰考北关河道），这是第五次大改道。道光二十一年（1841）六月，河决下南厅祥符上汛三十一堡（今市郊张湾），决口267米，到次年二月始堵复，时杞境洪水横流，大水围城经年，经努力护守，城墙始免倾覆。道光二十三年又决溢至杞。咸丰五年（1855）六月十九日决仪封铜瓦厢（今东坝头西），次日，全河"夺溜"，东坝头以下水道不行，结束了黄河南犯淮河的历史，也大大减轻了对杞县的危害，这是第六次改道。
民国时期多次加固堤防，也曾试办黄河水利，但行动甚差，河患仍不时发生，最严重的一次是民国27年（1938）6月9日蒋介石炸花园口决堤，全河夺贾鲁河之道南下，其中从中牟之分支，夺涡河行杞西南边境，杞南31村淹没，死亡流离万人，这是第七次改道。民国32年10月2日，国民党河南十二督察区专员薛广汉又从新黄河东岸自中牟至太康决口11处，长7500余米，其中在杞境者有孟庄、石寨等四处，共2000余米。杞南百余村被水，死亡流离5万余人。至民国36年3月15日花园口"合龙"，河水复行故道。
建国40年来，杞县对黄河戒备无懈，1958年以来，又先后开挖兰杞干渠及其配套工程，引黄灌田，放淤改沙，渐得黄河之利。