1939年11月1日，党卫军骷髅师正式成立。首任师长是纳粹德国党卫队上将西奥多·艾克，艾克是一个残酷的纳粹主义的狂热份子，他手段强硬凶狠。在他的领导下，骷髅师犯下了许多难以原谅的战争罪行。
骷髅师首任师长西奥多·艾克
骷髅师，俗称为“死人头师”。其前身是二战时期管理纳粹集中营的党卫队，被称为骷髅总队。骷髅总队以集中营屠杀暴行而恶名昭彰。“骷髅是不惧怕死亡的”这就是他们的作战口号。
其师徽骷髅图案的含义是“我们在我们的黑色帽子上佩带骷髅标志，借以警告我们的敌人，并向我们的领袖表示，我们随时准备用自己的生命去实现他的理想。”民间甚至说军队中夹杂着不少的抑郁症患者，因为他们都像艾克一样，默默寡言，行为怪异。
骷髅师同德国党卫军的王牌装甲师“帝国师”、“维京师”、“希特勒近卫师”齐名，主要在东线战场作战，参加的大型战役主要有苏德东线战场哈尔科夫战役、库尔斯克会战、柏林战役等，骷髅师在东线战场可以说是“救火队”般的存在，他们常常被用作先锋来进攻或突围，并在德米扬斯克包围战中一战成名，成为苏军的眼中的“死神”。
众所周知：党卫军第三“骷髅”师是纳粹德国的一支装甲师。波兰战役之后，德军组建了一些新的党卫军作战师，其中就有党卫军部队中臭名昭著的第3“骷髅”师，党卫队中的反人类罪大多数是这类部队犯下的。随着盟军的不断推进，该师于1945年5月9日向美军投降，但作为战俘被移交给了苏军，其中大部分人员在二战之后的审判中被处决。
1943年2月，该师回到东线加入南方集团军群。随后参加了对苏军冬季攻势（已经在斯大林格勒歼灭了第六集团军）的反击。在第二次哈尔科夫会战中，它加入了南线反击部队，为重夺哈尔科夫立下了战功。在这期间，该师师长Eicke战死。那以后，它参加了库尔斯克会战，在南线与党卫队兄弟部队一起参与了几场最重要和最血腥的战斗（包括了在Prochorovka的坦克大战）。会战结束后，“骷髅”师担当起了东线的预备队（消防队），转战东线南部和中部近一年之久。在这期间，1943年10月它被改编成了装甲师，名字也改为：第3武装党卫队“骷髅”装甲师。
1944年，整个东线的情况变得非常糟，苏军在每个地段都取得了突破。特别是在中央战线，苏军在一场可能是二战中最大的攻势里打垮了德军中央集团军群，两周内向前推进了超过三百公里。当攻势停止时，他们已经渡过维斯瓦河，站在华沙的大门口了。为配合苏军的挺进，华沙城内爆发了起义，“骷髅”师和其他部队一起紧急赶往华沙地区，制止了苏军的前进并镇压了起义（除开道义因素，不能不说这是一个非常了不起的军事成就，后方不稳，面对强敌，很不容易）。近两个苏联集团军被“骷髅”装甲师和“维京师”以及陆军第19装甲师一起击退，被迫回撤至维斯瓦河对岸。
随后，该师被派往南方参加布达佩斯解围战。为了解救被围的45,000德军，“骷髅”师一直打到了布达佩斯机场，但迫于苏军的强大兵力和资源优势，始终未能达到目的。（战史上也有争论，因为该师被从机场附近撤回，在布达佩斯北面发起攻势，希望能包围和摧毁一些苏联部队，但未达目的。如果从机场继续攻击，有可能为被围部队打开一条通路，但这是后话了。）
从那以后，随后该师在布达佩斯以西进行防御作战，一直退到维也纳附近。该师于1945年5月9日向美军投降，但作为战俘被移交给了苏军。
在党卫军骷髅师所经历的恶战中，最令该师官兵难忘的恶战，无疑是从1941年9月到1942年4月的德米扬斯克战役，这场历时将近半年的恶战令骷髅师的减员数量为全师作战人员数量的1/2，同时也是这次战斗令骷髅师赢得了前所未有的荣誉，所有的骷髅师成员因为此次战役的出色表现，被授予“德米扬斯克战役纪念臂章”并且荣获“starkemote”的荣誉称号，使骷髅师从此成为所有苏军最头痛的几支党卫军部队之一。
1941年冬苏联获得了莫斯科战役的胜利，德国遭到重大战略性失败，标志着希特勒闪电战的彻底破产。1942年春苏军开始反攻，德军陷入了苏军的德米扬斯克包围圈，从1942年1月8日至5月20日这场包围与反包围的战争持续将近半年。最终德军凭借出色的战略战术、军事素质、顽强的战斗力成功突围，粉碎了苏军全歼德军的意图。西奥多·艾克和他领导的骷髅师在这场突围战中起到了中流砥柱的作用，同时骷髅师也伤亡惨重。也是这场突围战让骷髅师名声大振，骷髅师战斗成员被授予“德米扬斯克战役纪念臂章”并且荣获“starkemote”的荣誉称号。
1942年，由于希特勒一而再再而三的指挥失误，导致巴巴罗萨计划彻底失败，德国军队在斯大林格勒损失了大量精锐部队，迫于无奈，希特勒只能命令东线部队有序后撤，而苏联红军，在这个时候当然是要趁胜追击，三千坦克，两千五百架飞机和一百五十万的军队，在列宁格勒一带战线直接发起了总攻。他们的目标很明确，就是列宁格勒背面的三支德国集团军。
而在此之前，德军因为希特勒的错误指挥，由优势转为劣势，直面苏军获胜的可能并不大。而以骷髅师为代表的德军也在列宁格勒北被团团包围。据了解，当时苏联红军只用了三天就把德军两个集团军包围在德米扬斯克中。双方军队，无论是兵力，还是火力，坦克数量都有着非常大的差距，尤其是空军，虽然希特勒立刻命令部队突围。并要求其他部队向被困集团军火速增援。务必要里应外合，撕开一道口子！
但苏军的150万大军可不是纸糊的，火速支援谈何容易？而另一方面，骷髅师即便是被数倍于自己的敌人团团包围，却仍然充满斗志，担任起突围的先锋。面对苏军一次又一次的进攻，他们凭借自己过硬的军事素质和战斗意志一次次化险为夷。据苏联老兵回忆：当时的骷髅师士兵，拼得面目狰狞，精疲力竭，真可以用“骷髅”来形容。
有的人被炸断了手腕浑然不知；有的人打光子弹，就毅然决然的握紧工兵铲，跟苏军士兵近身战，最为可怕的战斗莫过于肉搏，他们甚至犹如野兽，用牙齿和敌人对咬，一嘴牙没剩几颗；有的人在血战的摧残下变得毫无生气，目光呆滞，心如死灰。
最终为大部队拼出了支援和喘息的时间。在这场耗时四个月的战役中，德军的骷髅师损耗掉了将近50%的精锐，终于在1943年春十七万德军突破重重包围。苏军150万军队损失三分之一。坦克只剩一千辆，即便是飞机，也损失了将近800架。此战之后骷髅师一战成名，苏军只要一听对面是骷髅师闻之色变，要集中五倍兵力，尤其需要空军支援，才敢与之一搏。
1943年，在欧洲东部苏联战场上，苏德战争正处于白热化趋势。在一次作战中，骷髅师的十辆坦克被苏联的一百余名坦克包围，但是在骷髅师的字典里是没有投降这两个字的，面对数倍于自己苏联军队，他们开足马力向前冲锋，没有炮弹了就用机枪，没有子弹就用军刀，就是这样的自杀式战斗，德国以10两坦克全军覆灭的代价换取了苏联坦克80余辆坦克。他们到了战场上，作战勇猛，心狠手辣，甚至不惜用自杀式的手法进行进攻。
骷髅师以自己顽强的作战力成为苏军最恐惧的德军部队之一，也成为德国军队的一支王牌之师。但是就算骷髅师作战再勇猛顽强，也不能改变德国战败的事实。
随着德国的溃败投降，骷髅师于1945年5月9日向美军投降，他们知道一旦落入苏联人手里，自己的下场会很惨，但是在苏联的强烈要求下，美国还是把苏联昔日最痛恨的敌人，骷髅师移交给了苏联，据统计在战俘营中的骷髅师80%的士兵被秘密处死。