公元1644年，崇禎皇帝在位17年後再也支持不住了。李自成率領農民軍攻破了北京城，城破後崇禎皇帝選擇了在煤山自盡。在自盡之前，崇禎皇帝不忘處置身邊的事務，將妃子和公主都割去性命，以免被農民軍侮辱。但對於三個兒子，崇禎仍懷有一絲希望，他命令太監將太子和二王護送出宮，希望他們中的一人能逃出北京城，重振大明江山，繼續大明皇室。然而，這三位皇子在太監們四散逃跑後，生長在深宮的他們被大順軍發現，並被帶到李自成身邊。李自成對此欣喜若狂，將這三個皇子帶在身邊，甚至在討伐山海關的征程中也隨軍而行。然而，大順軍在山海關遭遇慘敗，皇子們在混亂中逃脫並分散，從此開始了各自不同的命運。
真太子被當做假太子殺害。太子朱慈烺逃離大順軍後，回到北京城並找到了外公周奎。然而，周奎在短暫的收留後認為風險太大，決定送太子離開。然而，在送太子的途中被清軍巡邏隊發現。多爾袞得知捕獲崇禎太子的消息既高興又憂慮。他高興的是太子被捕，不再有後顧之憂；但憂慮的是如何處理太子，因為清朝入關打的是為明朝報仇的旗號。多爾袞聰明過人，讓朝臣和太監們指認太子，凡是認為太子是真的，都被殺掉。經過一番殺戮，大家明白了情況，紛紛指認太子是假的，最終多爾袞以「冒充前朝太子」的罪名將其殺害。
三子朱慈炯康熙年間被殺。朱慈炯是崇禎皇帝的第三子，在失散後不知所蹤。傳說中，清朝一直在尋找朱慈炯的下落，直到康熙十八年，清軍抓獲了一個打著「朱三太子」旗號的義士，與當年失散的皇三子朱慈炯極為相似。然而，康熙皇帝依然以「冒充前朝皇子身份謀反」的罪名將其斬首，使真皇子再次成了「假」。
五子朱慈煥隱姓埋名，到七十五歲時仍未逃脫被凌遲的命運。朱慈煥是最幸運也是最悲慘的一個，他在失散後被一個姓王的鄉紳收留，隱藏身份並化名王士元。後來，朱慈煥來到浙江，在此娶妻生子，生活一直持續到康熙47年。然而，當他看到清朝皇帝為崇禎帝厚葬並每年祭掃明朝皇陵時，覺得清朝對待他可能不再加害。他鬆懈了警惕，偶爾透露出自己的身世。結果這個消息被反清復明的義士得知，以「朱慈煥」的名義進行反清活動。清朝官員得知後，抓到了朱慈煥。儘管朱慈煥並沒有參與反清活動，但在審訊中他說：「我已經古稀之年，在之前的三藩之亂中我都沒有造反，如今又怎麼可能在天下太平之時從事反清活動。」然而，康熙最終沒有對已到古稀之年的前朝皇子有半點仁慈，下令以「冒充前朝皇子身份謀反」的罪名將其凌遲處死，二子一孫也被斬首。至此，崇禎一脈完全斷絕。
清朝統治者對崇禎皇子表現出一種「葉公好龍」的態度，一直表示對他們的傾慕。然而，在真正的「皇子」現身後，他們又擔心這可能對統治造成威脅。為了遏制天下輿論，清朝將三位皇子都以「假冒」身份而殺害，使他們連死都不能以真正的身份離世。這充分表現了清朝統治者的心虛。