要說北洋最強的軍隊，那非吳佩孚的第三師莫屬了。北洋陸軍第三師，其前身是北洋常備軍第三鎮。它成立的時間很早，是北洋六鎮之一。第三師的訓練方法和武器裝備在當時的中國都是一流的。它源自北洋正統，擁有強大的戰鬥力，積極地執行了北洋政府的各項決策，為維護北洋集團的統治發揮了重要作用。
1911年10月10口，辛亥革命爆發。清政府派遣大批北洋軍南下，進攻湖北軍政府。這種情況嚴重削弱了京津地區的軍事力量。此時，北洋陸軍第三鎮正駐紮在長春、延吉和昌圖一帶。清政府迅速將其調回關內，以增強京津地區的防務。為了讓袁世凱能夠獲取在北京擔任大總統的權力，北洋第三師發動了兵變。也被稱為北京兵變，兵變以後袁世凱成功在北京就職擔任大總統。
1913年3月20口，宋教仁被刺身亡，國民黨組閣的希望化為泡影。孫中山號召武力討伐袁世凱，7月12口，李烈鈞在湖口誓師，舉兵討袁。隨後，江蘇、安徽、上海、廣東、福建、湖南、四川相繼宣告獨立。4月，袁世凱任命曹餛為長江上游警備司令，令其統率北洋陸軍第三師進駐岳陽。岳陽位於湖南和湖北的交界處，地理位置十分重要。整個兩湖地區的革命黨因此偃旗息鼓沒有任何動作。張勳復辟之時，北洋第三師再度重拳出擊，在討伐張勳"定武軍"的過程中，第三師所發揮的作用是顯而易見的。它以快速的行軍挺進北京，並首先攻占了豐臺。豐臺是京漢線上的大站，戰略位置十分重要。切斷京漢線，就能阻止張勳利用京漢線南逃的計劃。同時，第三師牽制了張勳大部分的兵力，使得東線討逆軍能夠從容布置，一舉拿下北京。
在討伐護法軍的過程中，北洋陸軍第三師發揮了關鍵的作用。它是這次征伐的主力，一直從襄陽打到衡陽，將兩廣護法軍擊退，維護了北洋政府在南方的統治。此後，從1918至1920年，第三師在衡陽駐紮了兩年之久，它一直位於南北戰爭的最前線。在此期間，第三師以其強大的軍事實力，鎮懾南方護法陣營，使其勢力無法向北發展。南北兩大陣營在較長的時間內保持了平穩的態勢。
然而，在第二次直奉戰爭之中，北洋第三師遭遇了馮玉祥的反水，奉軍占領秦皇島，切斷了直軍的退路，並將其包圍在山海關和秦皇島之間。吳佩孚未能在天津組織有效的增援，致使山海關的直軍土崩瓦解。奉軍將前線直軍八萬多人繳械，直系的主力部隊損失殆盡。第三師也遭到毀滅性打擊。
北洋陸軍第三師在中國歷史上縱橫二十年之久，它是北洋集團維護自身統治的重要工具之一，也是直系爭奪中央政權的重要保障。它的覆滅，深刻影響了當時的中國政局，成為直系衰亡的前奏。如果馮玉祥不反水，北洋第三師還在，只怕日本人拿下東北也不敢入關。