日月神教常被人當做是明教的延續，常見的說法是朱元璋稱帝之後，殘酷鎮壓明教，明教於是將日月分開，演變成了日月神教，這種說法毫無依據，事實上兩個組織是毫無關係的。

金庸在2004到泉州遊玩時，就曾和人說過明教並非日月神教。

《泉州晚報》：這時導遊說到，「您筆下的任我行，張無忌都是明教中人……」金庸突然與導遊較起真來了，說：「任我行不是明教的。」旁邊的工作人員連忙解釋：「有人說，日月神教，就是將『明』字拆開來。」但金庸顯然不贊同這一說法，他很認真地又重複一遍：「不是，任我行不是明教的，張無忌是。」

就算不扯虎皮作大旗，回到小說中，也會發現兩個組織相差甚大。

總部所在位置不同

明教總部光明頂位於西域崑崙山，而日月神教的總部黑木崖則是在河北境內，按理說如果是被明王朝鎮壓，那更應該遠離中原，而明王朝首都在朱棣之後便遷往北京，而日月神教總部設在河北，則不是公然和朝廷唱對台嗎？難道是最危險的地方就是最安全的地方？

與白道、黑道的關係不同

明教在元末，經過張無忌的努力，已經徹底化解與中原武林數百年的恩怨，中原英雄傾心歸附明教，張無忌號令到處，無不凜遵。明教數百年來一直為人所不齒，被目為妖魔淫邪，經此一番天翻地覆的大變，竟成為中原群雄之首，而日月神教與白道結仇已逾百年，雖然金庸說過笑傲江湖沒有年代，但聯繫到書中有武當峨眉，鹿鼎記里又提到過「前朝有個令狐大俠」，所以時間線位於明朝中期的可能性極大。總不至於明教被朝廷鎮壓後，還去招惹白道吧？就算招惹白道，張無忌和武當派什麼關係？日月神教會不顧念前代教主的恩澤，去武當派盜取真武劍和太極拳經？

武當派創派之祖張三丰先師所用佩劍名叫「真武劍」，向來是武當派鎮山之寶，八十餘年前，日月教幾名高手長老夜襲武當山，將寶劍連同張三丰手書的一部《太極拳經》一併盜了去。

至於和黑道的關係，江湖上所有的黑道勢力、邪道門派都歸日月神教統帥，而田伯光這樣的人物，可能不怕岳不群，天門，余滄海，但是絕對會無比懼怕日月神教，因此田伯光這樣的為非作歹的江湖惡人，也是受日月教統治的，只是並未真正入教，但是日月神教一個黑木令下達，天下如田伯光這般人物，定然也必須前來投奔。而明教呢？在張無忌之後天下歸心自不必說，張無忌之前，黑道同樣視明教為妖魔鬼怪。

常遇春道：「張真人，你於我有救命大恩，何況你也早知曉我的來歷，自也不用相瞞。小人是事奉明尊的明教中人，朝廷官府當我們是十惡不赦之徒，名門正派的俠義道瞧我們不起，甚至打家劫舍、殺人放火的黑道中人，也說我們是妖魔鬼怪。你老人家明知我的身份來歷，卻仍出手相救，這番恩德，當真不知如何報答。」

教義不同

明教的鎮教之寶是乾坤大挪移，是每代教主必練的神功心法，而日月神教的傳教之寶則是葵花寶典。禮節也不一樣，日月神教在東方不敗之前，教主與部屬兄弟相稱，相見時只是抱拳拱手而已，而明教教規極嚴，即使是殷天正和謝遜見到張無忌，也要下拜。

任我行以前當日月神教教主，與教下部屬兄弟相稱，相見時只是抱拳拱手而已。

謝遜大喜，站起身來，便在船艙之中拜倒，說道：「屬下金毛獅王謝遜，參見教主。」

連載版的線索

在連載版中，日月神教原名是朝陽神教，那就更沒有什麼日月為明，而且按連載版，朝陽神教極有可能是清真教門：

那老者見到這隻光雞，說道：「店家，也給咱們煮兩隻雞來，有牛肉便切兩盤。」說的卻是中州口音。店主人道：「啊喲，這可難了，眼下店裡只有這一隻雞，這位軍爺已經要了，牛肉可沒有，蒸兩斤臘肉好不好？」那老者皺眉道：「【咱們不吃豬肉】，好吧，有雞蛋給炒一大盤來。」店主人道：「雞蛋剛剛吃完了，真是不巧。」令狐衝心想：「【他們不吃豬肉，那是清真教門的了】。」

而明教在張無忌之前是什麼肉都不吃的，被官府稱為菜魔，在蝴蝶谷大會後，為了反元需要，張無忌便廢除了這一道禁令：

張無忌又宣示道：「本教歷代相傳，不茹葷酒。但眼下處處災荒，只能有甚麼便吃甚麼，何況咱們今日第一件大事，乃是驅除韃子，眾兄弟不食葷腥，精神不旺，難以力戰。自今而後，廢了不茹葷酒這條教規。咱們立身處世，以大節為重，飲食禁忌，只是餘事。」自此而後，明教教眾所食月餅，便有以豬肉為食的。