1867年五月初九，清廷將曾國藩升為體仁閣大學士，仍留兩江總督之任。當清廷任命通過廷寄的方式到達南京時，已是五月十四。
當晚，曾國藩在日記中記載了一天的生活、工作時，提到了這件事：「接奉廷寄，知已晉官大學士。正值軍事棘手，大旱成災，而反晉端揆，適以重余之不德耳。」
自從1860年被任命為兩江總督，並以欽差大臣身份督辦江南軍務後，曾國藩得到了清廷的重用，手裡的權力越來越大，官職頻繁升遷。
1861年，曾國藩加太子太保銜，奉旨督辦江蘇、安徽、浙江、江西4省軍務，4省巡撫、提鎮以下悉歸節制。浙江本來屬於閩浙總督管轄，現在也歸於曾國藩管轄了。
1862年初，曾國藩被升任為協辦大學士。協辦大學士是內閣大學士的副職，品級比大學士稍低，為從一品。曾國藩擔任兩江總督，品級為正二品。現在有了協辦大學士的官職，品級就相應升為從一品。
曾國藩、曾國荃率部攻陷南京，平定太平天國運動後，又得到清廷的重賞。曾國藩被封為太子太保、一等毅勇侯，世襲罔替，並賞戴雙眼花翎。在所有參與平定太平天國的功臣中，曾國藩所封爵位最高。
如今，曾國藩再次被清廷提拔為體仁閣大學士，官居正一品，正式列入宰相（清朝不設宰相，內閣大學士被視為宰相）之列。古人所說的「拜相封侯」，曾國藩全部實現了，步入人生巔峰。
可是，我們從曾國藩的日記中可以看出，他並沒有志得意滿、功成名就的感覺，而是感到一種慚愧，惶恐不安。這是什麼原因呢？有兩點原因。一是軍事棘手，二是大旱成災。
曾國藩所稱的「軍事棘手」，是指清廷在平定捻軍一事上，屢遭挫敗。
清廷平定太平天國後，興起於華北地區的捻軍成為清廷的心腹之患。捻軍以騎兵為長，擁有極強的機動作戰能力，縱橫馳騁于山西、山東、陝西、直隸等省，流動作戰，來去無蹤，給了清軍沉重的打擊，還擊斃了清廷寄予厚望的僧格林沁親王。
1865年，曾國藩奉旨以欽差大臣身份赴山東剿捻，採用「重點防務、堅壁清野、畫河圈圍」等對策，都失敗了。清廷見此情況，派遣李鴻章代替他剿捻，讓他回任兩江總督。李鴻章、左宗棠等人聯手圍攻捻軍，也沒有收到顯著成效。
在曾國藩看來，自己在平定捻軍一事上遭到失敗，極為遺憾。
曾國藩所稱的「大旱成災」，是那幾年兩江地區經常發生旱災，好幾個月滴雨不下。眾所周知，江南地區地勢平坦，河湖交織，沃野千里，農業生產條件良好，自古以來是有名的魚米之鄉。可是，如果老天爺不賞飯吃，隔三差五來一場旱災，魚米之鄉也會發生饑荒。
作為兩江地區的最高軍政長官，曾國藩沒有閒著。1866年夏天，當兩江地區又發生旱災後，曾國藩率領地方官員，來到位於南京獅子山的龍神寺求雨。過了幾天，果然下了一場大雨，讓當地的旱情得到極大緩解。有了這場雨，當地老百姓及時補種了晚稻，減少了損失。
1867年，江南地區又發生旱災後，曾國藩向別人請教求雨之法：「李雨亭言求雨之法：親筆書南方朱雀之神、風雲雷雨之神兩牌位，黃紙朱書;又親筆書祈雨文，迎神於大堂，三跪九叩，旋即迎於凈室，屏去從人，親自讀文，兩跪六叩。每日早飯兩次獨自拈香行禮，余仍照常辦公。」
曾國藩還寫了一篇《丁卯四月求降雨告辭》：「自客歲之仲秋，歷冬春而孟夏。閱八月而不雨，嗟群生之凋謝。哀江南之黎庶，因兵燹以十霜。邑何民而不莩，野何土而不荒 。為斯命而請命 , 冀歲事之無虧……」
其實，不管是旱災還是澇災，都屬於自然災害，與曾國藩沒有什麼關係。然而，按照當時人們的觀點，所有自然災害都不是無緣無故的，而是對主政官員的懲罰。一定是主政官員德行有虧，或者辦事不當，老天爺才通過這種自然災害，來表示自己的震怒。曾國藩是兩江總督，是兩江地區的最高軍政長官。兩江地區發生自然災害，不正是因為他德行有虧，或者辦事不當？
所以，曾國藩認為兩江地區發生旱災，是對自己的懲罰。在這種情況下，自己不應該晉升為體仁閣大學士。