醫學論文退稿的原因是多方面的，科研設計不合理是其中主要原因之一。在這裡，達晉編譯要說的是，選題或科研設計方面存在的問題是相互關聯的，其中少部分問題可以在修改時說明或完善，但更多的問題在研究工作開始時就應引起足夠的重視。以下我們就醫學論文科研設計方面存在的問題進行分析，並對作者提出建議。
一、設計方案不明確。其研究是應用隨機對照試驗還是非隨機對照試驗(臨床對照試驗)、隊列研究、病例對照研究、橫斷面研究或一般性回顧研究或一般性前瞻研究，設計方案文中完全沒有交待，表明作者對設計方案以及不同方案的論證強度差異不清楚，影響了文章的說服力。
正確的做法是在確定選題後就設計採用什麼最佳方案來完成和落實選題，並按照選定的設計方案要求進行研究工作。撰稿時在文章的方法段交待清楚是根據什麼方案進行的研究，並在統計方法的選擇、結果的表述等方面做到與之相適應。
二、缺乏研究對象的選擇標準。觀察對象的可信度差，一些動物選擇不恰當，本身的組織結構與所研究疾病的組織基礎之間差異較大，沒有相似性或可比性。觀察對象不可靠，其干預結果的可信度自然受到影響。其中部分文章中對觀察對象有一定的選擇依據，卻未明確交待。
正確的做法是所有觀察對象，包括實驗組、陰性對照組、陽性對照組均應在方法中明確交待其納入和排除標準，最好是引用權威文獻或公認的標準。如果沒有公認的標準，由研究者自行確定的觀察標準，也應交待其觀察納入和排除的具體依據，以表明觀察對象選擇的合理性或便於其他讀者重複。
三、樣本量不足及分組設計錯誤。不同研究設計對樣本量的大小要求是不同的，在研究設計時就要考慮到這一點並且在文中交待清楚樣本量大小的確定依據。一些文章中寫有隨機分組，但不寫明隨機方法；對一些不可能重複的回顧性材料進行分析，也說是隨機分組，如何隨機、如何分組卻不交待，表明作者對隨機的概念不清。對照組設計不合理或無對照組。論文中用的什麼對照方法，一定要明確。選擇對照一定要起到與試驗組比較的作用，無對照的研究論文只能算作敘述性研究，其論證強度很低。此外，盲法應用極少。對受試者或觀察者主觀因素可能影響其觀測指標的研究不用盲法設計，以至於研究的療效等結果不可信、科學性差這也是在科研設計時就應注意的問題。
正確做法是明確設計方案，並按不同設計方案對樣本量的需求進行計算，然後按規範的隨機方法進行分組。有些研究設計方案本身不可能實現隨機，所以不要不分情況套用隨機一詞，否則反而影響了文章的可信度。
四、統計學處理錯誤。對研究結果不作統計學處理或統計學處理錯誤也是非常普遍的現象。在論文的材料方法中不介紹統計學方法，而在結果中出現P值。統計方法選擇不當或分析錯誤比較常見，因為這一問題比較複雜，最好是在設計研究方案或處理研究結果時請統計學方面的專業人員幫同助。如果涉及的統計學方面問題較多，論文撰寫後最好是請統計學專業人員幫忙評閱。
五、對照組設計不合理或無對照組。論文中採用何種對照方法，一定要明確。選擇對照一定要起到與試驗組比較的作用，無對照的研究論文只能算作敘述性研究，其論證強度很低。
六、盲法應用少。對受試者或觀察者主觀因素可能影響其觀測指標的研究不用盲法設計，以至於研究的療效等結果不可信、科學性差這也是在科研設計時就應注意的問題。
七、文中缺少研究中易發生的錯誤及其控制。一項研究中，往往會發生各種偏倚，在設計中要事先估計，並考慮如何控制偏倚，如防治性研究中的沾染與干擾，病因研究中的混雜、偏倚等對研究結果的可信度的影響。