企业和员工之间达成协议， 由企业承担员工工资的个税，该部分由企业负担的个人所得税企业是否可以扣除？
答：按照《国家税务总局关于雇主为雇员承担全年一次性奖金部分税款有关个人所得税计算方法问题的公告》（国家税务总局公告 2011 年第 28 号） 第四条的规定，“雇主为雇员负担的个人所得税款， 应属于个人工资薪金的一部分。凡单独作为企业管理费列支的， 在计算企业所得税时不得税前扣除。”
因此企业承担员工工资的个税， 通过“应付职工薪酬” 科目核算的， 属于工资薪金的一部分， 可以从税前扣除；未通过“应付职工薪酬” 科目核算，单独计入管理费的不得从税前扣除。
什么意思？
大家看看这种图就明白了。
雇主为雇员负担的个人所得税款， 应属于个人工资薪金的一部分，是应发工资的一部分。
在账务处理上
1、 工资的结转
这部分直接按照人力资源部门的工资表入账。工资表我们都见过，如下图，我自己弄的一个最简单的，方便写分录，当然企业里面工资条会很细，但是都可以归类到这些上面。
这里的应发合计就是公司承担的职工人工成本中个人的部分，但是这里的应发合计和职工到手的还有差异，因为公司还要帮你代扣代缴个人承担的社保公积金，个人所得税。
结转成本费用，这里全部入管理费用，当然根据职工所属部门会入到其他科目，比如销售费用，制造费用等，文章只是简便列示。
借：管理费用-工资（一般科目设置不会那么全面，把各种补贴和加班费金额都放到工资）
管理费用-奖金
贷：应付职工薪酬-工资
应付职工薪酬-奖金
应付职工薪酬-补贴
2、发放工资
发放工资的时候企业要代扣各种保险和个税，这部分通过其他应付款、应交税费来先挂，实际支付社保局和税务局的时候截平。
借：应付职工薪酬-工资
应付职工薪酬-奖金
应付职工薪酬-补贴
贷：其他应付款-养老保险
其他应付款-医疗保险
其他应付-失业保险
其他应付款-住房公积金
应交税费-应交个人所得税
银行存款
这个分录，银行存款实际支付的金额就是我们职工卡里面每个月能收到的钱了。
然后你从上面的分录也可以看出，个人所得税是工资的一部分，是计入了应付职工薪酬工资的，这个当然可以税前扣除了。
当然如果你不作为工资核算，应发工资就是实发工资，然后又单独承担个税，这部分计入了管理费用，未通过“应付职工薪酬” 科目核算，那其实在所得税上认为这是负担了不该企业负担的支出，那就不允许税前扣除了。