孙元良，原籍浙江绍兴，1904年生于四川成都华阳县；早年在私塾就学；1922年考入南京高等师范学校与国立东南大学附属中学（1928年改名中央大学附中、1949年改名南京大学附中，1952年改为南师附中）；1924年，考入黄埔军校第一期，毕业后任国民革命军第一军第一师连长、营长，后任第一团团长，参加东征、北伐。
民国14年2月广东国民政府第一次东征陈炯明，惠州守将杨坤如见坚守无望，不战而降。10月广东国民政府第二次东征陈炯明。各种版本的战史都记载，在攻打惠州城的战斗中，时任第4团3连连长的陈明仁在团长刘尧宸牺牲的情况下，高举军旗率领该连最先登上城头。
1926年国民革命军北伐，蒋介石的嫡系第1军第1师和程潜的第3军攻打江西的孙传芳。第1军贪功冒进，贸然攻打南昌。侥幸得手后不思巩固战果，反而大肆寻欢作乐。结果孙传芳部连夜反击时，第1师师长王柏龄正在窑姐的床上，党代表缪斌也临阵脱逃。结果第1师一败涂地，南昌得而复失，王柏龄和缪斌遁逃避祸。
孙元良时任第1师第1团团长，算是嫡系中的嫡系了，当时负责驻守牛行车站。战斗甫一打响，由于缺乏警戒，孙元良惊慌失措之中率先逃跑。部队群龙无首，尚未组织起有效的抵抗，已经纷纷作鸟兽散，致使战略要地失守，南昌门户洞开。事后，孙元良团被程潜派驻奉新，向东警戒，掩护主力部队集结，但孙却拒不执行命令，一闻敌讯，便继续西撤。蒋介石气急败坏，马上赶到奉新前线，立即召集第1师训话，声色俱厉，杀气腾腾：“这次打仗，第1团团长孙元良没有得到命令便退却，应照革命军的连坐法来枪毙。这次失败，是我们革命军最不荣誉的一件事，也是北伐史上最耻辱的一页，倘使第1师不退下来的时候，我们的战事，一定不会失败；所以孙团长没有命令擅自退了下来，一定要按法枪毙。我们第1师，从前是最光荣最有名誉的军队；现在被孙团长个人毁坏，难道我们还能容忍这种败类，不枪毙他吗？”
蒋介石并不是嘘声恫吓。第二天清晨，他又召集朱培德之第6军及孙元良团再次训话，重申了对孙元良的惩罚决定：“我们革命军的历史，是很光荣很名誉的。现在打下了南昌，又退回来，都是因为第1师第1团团长孙元良，没有命令，怕死退下来了，所以有这一次的失败。孙团长犯我们革命军的连坐法，我要把他枪毙。你们各位官长士兵，可晓得军法是不容情的，若是犯了连坐法，无论哪一个，都要依法枪毙的。”
自从“中山舰事件”后，共产党员被迫退出第1军，结果本是精锐的第1军思想迅速下滑、军纪败坏，战斗力大不如前。蒋介石痛定思痛，颁布了严酷的《革命军连坐法》，整顿军纪。孙元良正好撞到枪口上，大家都以为他死定了。很快，孙元良消失了。不料，1928年，孙元良突然重新出现在大家面前，气宇轩昂，面有得色。他不仅躲过此劫，而且还去日本陆军士官学校镀了一层金。归国后，即任国民政府警卫第1旅炮兵团团长。到了1931年，已升任警卫第1师第1旅旅长，可谓仕途坦荡，风光无限。
原来蒋介石在薛岳、刘峙等人的劝说下，考虑到孙元良忠心耿耿，是黄埔军校国民党右派组织孙文主义学会的骨干成员。黄埔一期生本来人数有限，历次战斗中战死者、共产党拉去者甚众（要知道黄埔一期生中，共产党员不在少数，赫赫有名的“黄埔三杰”中的两个半都是共产党员呢。其中陈赓、蒋先云是共产党员，贺衷寒早期是共产党员，后退党加入国民党）。如今在军中能挑大梁的人已是寥若晨星，弥足珍贵。作为此后争权力、夺江山之资本，怎么能为区区南昌失守而杀了自己的得意门生，寒了黄埔同学的心呢？）于是，蒋介石法外施恩，孙元良因祸得福。
孙元良将军为黄埔出身，整个战争生涯中，出彩的战例不少，估计1948年点评他战绩的文章会不少，就不多缀叙了。然而，打仗，常胜将军是没有的，孙也是一样。若要论最让他耿耿于怀的一战，大概就是淮海（徐蚌）战役了。那一战，孙元良率领的整整一个16兵团从陈官庄突围，结果跑到外边一看，还剩四百多人。此战解放军说孙元良单身逃走，这倒是有点儿过分了，不过八万多人的一个兵团，剩下四百和孤身脱出也实在差不多了。说来国军和共军打仗，开始损失以旅计，随后以师计，淮海战役前损失一个军已经不算什么，但这种随便就丢一个兵团，还是太窝囊了。
为此，孙元良一直耿耿于怀，曾在不同场合对自己辩护过，主要强调两点，第一说明这是杜长官命令突围的，不是他擅自决定放弃同僚.从所存的文字记载看，可能是这样的，但孙随后关闭了电台，因此没有接到取消突围的命令.第二，则是说明自己的部队突围是成功的，足有一半以上的部队，四万多人冲了出来（孙部八万多人，在此前的战斗中损失一万多，突围中两万多被截留在围中，这个数字也算可信），只是突围后到达萧县时，又遭到解放军的围攻才全军覆没。
其实，孙其人，作为军人还是比较能打的，在日本的对华作战纪录中，往往可见孙元良的名字。南京战役，孙的八十八师死守雨花台，是为南京城外最后屏障。日方记载，雨花台守军阵容严整，军纪森严。孙元良下令逃兵一律毙杀，另有一条命令战斗开始后任何人不得离开阵地上公路（有逃跑之嫌），公路上有人督战队即可开枪射杀。日文资料中这样的描述本意在于说孙残忍野蛮，但也说明孙元良当时对于死守阵地是有决心的。
孙元良有个儿子进入演艺圈，曾摘下金马影帝桂冠，他的名字叫孙钟祥。孙钟祥这个名字，大家可能不太熟悉，但说到他的艺名，可谓妇孺皆知——秦汉。更有个很有名的前女友，她比秦汉更有名，是全中国几代人的女神，她的名字叫林青霞。
孙元良在黄埔一期生中，是属于很有争议的，称赞的人认为他是抗战名将，而贬低他的人则讥讽他是善于逃遁的飞将军，而且他是在黄埔一期生中是最后一个离世的，随着他的去世，也宣告了一个时代的终结。2007年5月25日，孙元良在台湾逝世，享年103岁，根据他的遗愿，丧事从简，不发讣文，只在报纸登半版广告告知亲友，骨灰则暂厝林口，等待适当时机再迁葬回大陆。