县委组织部才是正科级，其内设机构为股级，不是组织科，只是组织股而已。只有在市委组织部，机构为处级，下设组织科，组织科科长为正科级。
县委组织部和宣传部、政法委等都一样，为正科级机构设置，这一点在其《三定方案》上明确规定。《三定方案》同时在设立领导职数时，明确规定组织部部长为正科级，设两名左右副部长，为副科级，有的会明确设置一名正科级副部长，这也是由于常委部门的特殊性决定的，一般是不允许低职高配的。组织部长、宣传部长等之所以为副县级，只不过因为他们都是县委常委，享受副县（处）级待遇，而不是因为组织部为副处级机构。
这在各级机构设置中大家也可以看出来，市级常委政府为厅级，市直各党政机关就为正处级，包括组织部、宣传部等常委机关；县区常委政府为正处级，县直党政机关为正科级，包括常委机关。还有一个常规设置，市委组织部为正处级，其内设机构为正科级，因而市委组织部组织科科长为正科级；县委组织部为正科级，其内设机构为股级。除特殊情况外，从部委下属司局、省直各厅下属处室、市直各局正处级下属科室、县直各局正科级下属股室，统一低两级配备内设机构，这都是组织架构的基本要求。
原来，市、县组织部各内设机构负责人，都高配一级，是兼任了组织员、调研员等非领导职务，或者下属事业单位例如党建办、电教室、人才办等副职。例如市委组织部组织科科长，同时兼任副调研员，就是副处级待遇；县上的股长兼任副科级组织员，就是副科级待遇，这类现象在过去非常普遍。现在一般情况下不允许兼任职务，新《公务员法》也取消了“非领导职务”，更不允许低职高配，因而县区组织股股长就是股级干部，至于是否按“职级并行”享受几级主任科员待遇，那又是另一回事了。