鰭是魚類的主要運動器官和平衡器官。普通魚類的背鰭、臀鰭和尾鰭集中在身體的兩側正中，不成對為單葉，它們合稱為奇鰭（單個的意思）。胸鰭和腹鰭都在身體的兩側，兩側成對各有一片，並稱為偶鰭（成對的意思）。金魚除了顏色會是最大變化外，就是它們鰭的變化了，它們的鰭大多變為寬、變長或退化變短，或分裂成雙葉、四葉等，臀鰭有單片、雙片的，也有沒臀鰭的。鰭的變化是區分金魚種的主要特徵之一：
（1）背鰭：魚背鰭的作用是維持身體的直立平衡，使魚體不會左右傾斜。金魚分為有背鰭的類型和沒有背鰭的類型：
有背鰭類-一般文種金魚、草金魚，部分龍睛、高頭、獅子頭等有背鰭，而且背鰭較寬。
沒有背鰭的種類-這種物種被稱蛋種金魚。蛋種金魚的背部光滑，雖然沒有背鱗，但身體短小，略呈蛋形，尾鰭分為左右相等的兩片，這也維持了身體的平衡。
背鰭不完整的種類-即背鰭並沒有完全退化，也有少數幾條鰭條，這種金魚，一般在幼魚時被淘汰。
（2）胸鰭：胸鰭是靠近鰓蓋的一對鰭。主要作用是改變方向和划水。在繁殖季節，它也可以用作區分雌雄的標記，雄性魚鰭會出現追星，而雌性則不出現。
（3）腹鰭：在胸鰭和臀鰭之間有一對腹鰭。雖然它不起游泳的作用，但它可用於進行準確的機動動作。當魚健康時，腹鰭向外伸展。當腹鰭貼近腹部時，表明該魚的健康存在問題，需要給予足夠的重視。
（4）臀鰭：臀鰭的功能與背鰭相似。金魚的臀部位於肛門後面。有些種類是單臀鰭（如草金魚）。在其他各品種中，不同個體有雙臀鰭、單臀鰭或無臀鰭。一般認為雙臀鰭的個體是優秀的，但單臀鰭的個體並沒有被淘汰。沒有臀鰭的通常會被淘汰。
（5）尾鰭：魚的尾鰭有推進和轉向的作用。金魚的尾鰭各有不同，尾鰭是否對稱或美觀基本上可以決定金魚的優劣位置。金魚的尾鰭大致可分為以下幾類：
單尾鰭-有長尾和短尾，如草金魚尾鰭是短尾單尾，燕尾金魚尾鰭是長尾單尾。
雙尾鰭-也稱為開放尾。在胚胎階段，肛門後面的皮膚分叉並發展成一條開放尾，根據分叉的數目可分為兩種類型：
三葉尾 - 上部兩片尾葉相連，下面兩片尾葉分開形成三葉尾巴。
四片葉尾-上下兩片尾葉分開形成四葉尾。