1、連作
由於地理、環境等因素，很多菜農都無法避免連作，然而連作會導致很多問題，比如破壞土壤平衡、導致營養不均、土壤惡化，土壤中還會殘留積累很多土傳根部病害，如根腐病、枯萎病等，病原菌累積的越多，病害加劇、難以防治，使產量和品質下降。
2、管理不到位
種植規模大的蔬菜基地，面積大、勞動量大，管理難度也就大，稍不注意還會導致病害混合發生，大面積的病蟲害爆發必將大量使用農藥，過量使用農藥會影響蔬菜的生長，不僅成本變高了，還可能達不到無公害生產的指標。
3、氮肥的過量
現目前，還是有很大一部分菜農都依靠經驗施肥，習慣偏施氮肥，導致土壤中氮肥含量超標，連續多年的不合理施肥，導致施了肥卻沒效果，反而破壞了土壤平衡，導致蔬菜品質降低。
4、忽略有害氣體
棚室栽培蔬菜，環境較封閉，容易積留氨氣和二氧化碳，尤其是在施肥之後，會產生大量氨氣，如果棚室內的氨氣含量高於5mg/L，就會傷害到葉片的生長點，甚至使蔬菜產生生理障礙，導致植株枯萎。很多菜農都不會注意到有害氣體的存在，以至於出現問題後找不到原因，也就無法解決問題。
5、過度使用農藥
隨著科技的發展，農藥的種類也越來越多，在農業生產中農藥的使用量也在不斷增加，導致對農藥的依賴性也不斷增強，為了增加產量、提高蔬菜的商品性，農藥用量越來越多，導致農殘增加，破壞生態平衡，還有害人體健康。
6、種植結構不合理
民生活水平明顯提高，城鄉民眾對蔬菜的需求日趨多樣化，且要品質好、有營養、能保健。而從當前棚室蔬菜的種植情況來看，蔬菜的種類較為單一，對於供應市場，沒有競爭優勢。因此，及時調整蔬菜種植結構，發展適銷對路的商品蔬菜，滿足市場供應，擴大蔬菜品類，才能有效增加經濟收入。