多肽從頭測序是一種利用串聯質譜法確定肽胺基酸序列的方法。
了解蛋白質中肽的胺基酸序列對研究該蛋白的生物學功能至關重要。過去主要是通過Edman降解法來實現。如今，多肽測序更常用到的方法是通過串聯質譜儀來進行分析。一般分為結合資料庫搜索或從頭測序兩種方式。
資料庫搜索相對簡單，將未知肽的質譜數據與資料庫數據進行比較，尋找與已知肽相匹配的序列，挑選出匹配得分最高的對應肽即可。該方法無法用於識別新的/未知肽，因為它只能與資料庫中已知序列進行匹配。而從頭測序是將質譜中的碎片離子進行分配。大多數儀器都會附帶從頭測序這一程序。
肽在正離子模式下質子化。質子最初位於N端或鹼性殘基側鏈上，但由於內部裂解，它可以沿著主鏈移動，在不同的位點斷裂，從而生成不同的片段。
有三種不同類型的主鏈鍵可以斷裂成肽片段：烷基羰基（CHR-CO），肽醯胺鍵（CO-NH）和氨基烷基鍵（NH-CHR）。
不同類型的肽片段離子
圖1
如圖1所示，當主鏈鍵斷裂時，會形成六種不同類型的序列離子。N端帶電片段離子分類為a，b或c，C端帶電片段離子分類為x，y或z。右下角標註數字代表胺基酸殘基的數目。這個專業術語最早是由Roepstorff和Fohlman提出的，之後Biemann對其進行了修改，修改後的就是目前最常見的版本。
在這些序列離子中，a，b和y離子是最常見的離子類型，尤其是在低能（二級質譜中的誘導碰撞解離）CID質譜儀中，因為肽醯胺鍵（CO-NH）最脆弱的。公式：
b離子質量 = ∑ (殘基質量) + 1 (H+)
y離子質量 = ∑ (殘基質量) + 19 (H2O+H+)
a離子質量 = b離子質量 – 28 (CO)
雙主鏈裂解會產生內部離子，例如醯基類離子H2N-CHR2-CO-NH-CHR3-CO+，或亞氨離子類H2N-CHR2-CO-NH+ = CHR3，這些離子通常是光譜中的干擾物質。
在高能CID下，C端殘基的側鏈發生進一步裂解，形成dn，vn，wn離子。
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De novo peptide sequencing,en.wikipedia.org/wiki/De_novo_peptide_sequencing#cite_note-14
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