本期接著上期內容，繼續給大家介紹基於MS/MS的數據非依賴法非標記定量蛋白質組學蛋白質互作分析。
TOF儀器上使用SWATH採集的MS/MSALL和四極軌道飛行器上的DIA復用等方法，似乎克服了部分限制，並以足夠的速度提供階梯式隔離窗口，以覆蓋目標復合質量範圍。
與SRM等已建立的方法相比，這些方法保持化合物特異性的能力仍然存在疑問。對於確定肽SRM數據的獨特離子特徵的一系列嘗試表明，使用低解析度檢測掃描進行預測可能不合適，高解析度檢測掃描和保留時間均需要考慮，從而使DIA能夠成功地應有於定量蛋白質組。在這些研究中，他們對信號檢測的選擇性進行了評估，表明SWATH等技術確實是提供了類似SRM的選擇性。
SWATH定量蛋白組學一般流程（圖片來源：百泰派克生物科技）
在基於陷阱的探測系統中，為了減少空間電荷效應，需要限制分析離子的數量，這可能會減少定量的動態範圍，然而最近的研究表明，空間電荷效應會根據信號強度將類似質量的離子聚集成單譜峰，進一步影響數據質量。TOF檢測系統提供的解析度比基於FT的儀器更低（約25000），但其更高的掃描速度允許更快地覆蓋目標質量範圍，從而增加色譜峰上的點數並改進定量。基於飛行時間的探測系統還提供了一個不受空間電荷影響的線性動態範圍，因此可以證明其是定量DIA的優越儀器。
DIA的使用將有可能擴大現有文庫的使用範圍，為公共文庫的進一步發展提供動力。此外，DIA還有一個獨特的功能，即對樣品中可檢測到的所有化合物進行完整的MS/MS數字記錄。這種記錄允許某種假設在生物學研究過程中發生變化，因此庫中的數據可以用來探測樣本中的蛋白質，這些蛋白質最初不是在樣本中被作為目標識別的。
Gillet等人使用一組樣本數據對不同的假設進行了測試。DIA方法的這種能力為數據共享和測試開闢了新的途徑，但也要求更多關於樣品製備和細胞系/類型的信息與公共存儲庫中的數據一起存儲，特別是在互作蛋白的研究中，其實驗條件對理解潛在蛋白相互作用的性質至關重要。
文獻參考：Stephen Tate. et al, Label-free quantitative proteomics trends for protein-protein interactions, Journal of Proteomics, 2013.
本文由百泰派克生物科技整理編輯。百泰派克生物科技專注於基於質譜的蛋白質組學服務，結合親和純化與Label-free、SILAC或SWATH定量技術，百泰派克生物科技開發了一系列蛋白質組研究策略，其靈敏度高、重複性好，非常適合蛋白質相互作用的研究。