胃食管反流病的食管外症狀比較複雜，涉及呼吸、耳鼻喉、心內、口腔等多個學科，由於學科間缺乏足夠交流，很容易誤診。
咳嗽：容易被誤診的反流病症之一
胃的酸性內容物經食道上端刺激咽喉，甚至進入氣管和肺部，會導致咽癢、咳嗽，部分患者可伴有反酸、燒心等消化道，還有許多患者完全沒有反流症狀或其它消化道表現。因此，對於無反流症狀的慢性咳嗽患者，如有下列指征，要考慮反流的可能性：
1.咳嗽與進食相關，如餐後咳嗽，或進食某種食物後咳嗽等；
2.咳嗽在入睡後數小時發作，如凌晨或早期時咳嗽發作或加劇；
3.按常規咳嗽治療效果不明顯。
哮喘：容易被誤診的反流病症之二
胃的酸性內容物經食道向上反流至咽喉部和氣管，引起喉氣管痙攣、收縮進而造成氣道狹窄或聲門閉塞，表現為吸氣困難，有窒息感，嚴重者會危及生命。這種「哮喘」與通常所說的過敏性哮喘有很大不同，如無明顯的過敏原，長年發病，久治不愈，沒有季節發作特點，主要以喉部痙攣為主，表現為吸氣困難，容易半夜被憋氣驚醒，有的伴有陣發性嗆咳，或有反酸、燒心、腹脹、食慾減退等症狀。
對久治不愈的哮喘患者，必須考慮是否存在胃食管反流，24小時食管內pH監測是可靠的診斷方法，對於無監測條件或不能接受本方法的檢查者，可試用質子泵抑制劑或H2受體拮抗劑，進行試驗性治療以明確診斷。
慢性咽炎：容易被誤診的反流病症之三
咽位於食管的上端，長期反流刺激會導致咽部的慢性炎症，據統計約30%的慢性咽炎與反流有關。慢性咽炎表現為以下特點的，要考慮反流的可能性：
1.咽部不適，或痛、或癢、或乾燥感、灼熱感、煙燻感、異物感等，晨起時發作或加重，可伴有刺激性咳嗽，用力咳出分泌物，甚或作嘔；
2.咽部症狀可在飽食或平臥後加重，或因飲食不當而誘發；
3.咽炎反覆發作，常規用藥無效或即使有效但停藥即復發。
慢性鼻炎：容易被誤診的反流病症之四
胃食管反流發生時，胃內容物可反流至鼻腔，刺激鼻粘膜引起慢性炎症，導致鼻粘膜對外界刺激特別敏感，產生防禦性反射動作——打噴嚏及其它鼻炎症狀。
雖然由反流引起的鼻炎和過敏性鼻炎很相似，但兩者有著本質區別：
1.反流引起的鼻炎沒有明顯季節性，因為只要有反流存在就可能出現鼻炎症狀；過敏性鼻炎則可能有明顯的季節性；
2.反流引起的鼻炎在清晨和睡醒時最明顯，因為當人體長時間處於臥位狀態時，胃內容物更容易反流到鼻部；過敏性鼻炎則在接觸過敏原後發作，如粉塵或有害氣體；
3.反流引起的鼻炎對環境的變化比較敏感，如冷熱空氣的交替；
冠心病心絞痛：容易被誤診的反流病症之五
當人們發生胸痛時，最先想到的是心臟病，事實上胸痛未必都是心臟病，引起胸痛的原因很多，除冠心病心絞痛、胸膜炎、肺部疾病外，胃食管反流也會導致胸痛。
胃食管反流導致的胸痛，可能與心臟沒有任何關係，只是與心絞痛的位置相近，所以被誤診。此外，長期胃食管反流也可能是誘發冠心病的重要因素，原因是酸性物質刺激神經反射引起心腦血管痙攣而出現血壓升高，心臟、腦部的缺血症狀，嚴重的痙攣甚至會發生心梗。
睡眠障礙：容易被誤診的反流病症之六
胃食管反流既可以發生在白天，也可能發生在夜晚。日間清醒狀態下反流多發生在餐後，為時短暫，反流物被很快清除；而夜間反流頻率較低，間期較長，需較長時間才能清除，因此對食管粘膜的損傷較嚴重。夜間反流還會因食道受到刺激而常喚醒患者，這種喚醒具有雙重保護作用，一方面加快清除反流物，另一方面防止誤吸。此外，還表現出其它不同形式的睡眠障礙，如入睡難、睡眠淺、早醒等。國外研究發現，62%的胃食管反流病患者睡眠質量受到影響，而在不明原因的失眠者中，胃食管反流病占了1/3！
肩背痛：容易被誤診的反流病症之七
某些內臟器官病變時，在體表一定區域產生感覺過敏或疼痛，這種現象在醫學上稱為牽涉痛。如大家都很熟悉的心肌缺血或梗塞，常感到心前區、左肩、左臂尺側或左頸部體表發生疼痛。反流刺激食道也會表現為後背兩肩胛骨之間不適或疼痛，這種疼痛可能在夜間入睡後一段時間發作或加重，或因飲食失宜而誘發。
胃食管反流病之所以容易被誤診，主要原因還在於本病臨床表現十分複雜，涉及臟器眾多，在許多時候反酸、燒心等典型症狀不明顯，使得患者往往以非消化道症狀為主訴到其它科室就診。所以，臨床上經常見到哮喘、慢性咳嗽或咽炎病人，長期治療效果不佳，並因此出現焦慮、抑鬱等精神疾病，形成惡性循環。