所謂「犒賞三軍」，如果放在當代，卻是可以說是去犒賞海陸空三軍，但若是放在古代，卻是不能這麼說了，古代雖有海軍、陸軍，但卻沒有空軍，因此古代版的「犒賞三軍」，卻不是指犒賞海陸空三軍。
周制，天子可有六軍，諸侯大國可有三軍。因此，在西周至春秋時期，一般的諸侯國都會設三軍，而對於三軍的稱謂，各諸侯國卻是略有不同，如晉國、齊國、魯國和吳國稱中軍、上軍、下軍；楚國稱中軍、左軍、右軍；魏國稱前軍、中軍、後軍，因此在春秋時期，三軍的稱謂並不固定，可稱中上下軍，也可稱中左右軍，亦可稱前中後軍。
當然，在大部分的典籍中，「三軍」一般指的就是前、中、後三軍，所謂的前軍一般指的就是先鋒軍，他們主要負責修路、架橋、偵察等事務，同時應付小規模的戰鬥。所謂的中軍一般指的是主力軍，就是三軍統帥所處的大軍，由主帥直接指揮的部隊。所謂的後軍一般指的是後勤部隊，主要負責運輸全軍的軍用物資，由工匠、以及大量的民工組成。
而到了戰國時期，因周天子的威嚴已經淡然無存，那些強大的諸侯國早已不將周天子放在眼裡，因此他們不再遵循「天子可有六軍，諸侯大國可有三軍」的規定，其軍隊的數量早已遠超周天子。因此，到戰國時期，嚴格意義上來說，早已經沒有三軍的說法。
當然，此時在秦國卻有著另外一種「三軍」的說法，《商君書·兵令》載：「三軍：壯男為一軍，壯女為一軍，男女之老弱者為一軍，此之謂三軍也。」，在秦國，所謂的三軍就是指壯男組成的一軍，壯女組成的一軍，男女老弱者組成的一軍。
到了秦漢時期以後，「三軍」不再單獨指某些軍隊，而是統指軍隊。當然，在行軍打戰時，還是有著三軍的稱呼，這時三軍一般指的就是前軍（先鋒軍）、中軍（主力軍）、後軍（後勤軍）。
因此，如題主所問，諸葛亮所說的「犒賞三軍」中的「三軍」可以是指參加北伐的所有軍隊，即前、中、後軍，也可以是指由諸葛亮直接指揮的軍隊。