很多人聽說北京法源寺的名字，是從李敖的小說《北京法源寺》。在這部小說里，著名變法維新人物梁啟超、譚嗣同曾經遊覽過法源寺，並在這裡見面，討論了一番佛法和時事。臨別時，梁啟超還請譚嗣同到京城八大飯館之一的廣和居吃飯。
譚嗣同出生於宣武門外的爛縵胡同，戊戌變法前夕進京時又居住在半截胡同的瀏陽會館。爛縵胡同和半截胡同都毗鄰法源寺。因此，不管是少年時候的譚嗣同，還是青年時候的譚嗣同，都有可能信步來到法源寺遊玩。
法源寺位於宣武門外教子胡同南端東側、西磚胡同西側。這是一座古老的寺廟。它的歷史甚至超過了北京城的歷史。法源寺始建於645年（唐太宗貞觀十九年），而北京城的前身元大都，最早在1267年（元朝至元四年）才開始營建。法源寺比北京城早了600多年。
修建法源寺的人，是唐太宗李世民。
645年2月，李世民親自率領大軍從洛陽出發，遠征高句麗。在這次軍事行動中，唐朝軍隊多次取得勝利。可是，由於戰事拖得太久，戰線拉得太長。轉眼到了冬季，高句麗氣候變得異常寒冷。唐朝軍隊難以適應當地氣候，再加上糧草難以為繼，只好班師回朝。
李世民回師途中經過幽州時，下令在幽州東南部修建一座寺廟，哀悼陣亡將士。寺廟賜名為「憫忠寺」。不過，4後的649年，李世民病逝時，這座寺廟還沒有修建完工。直到696年，憫忠寺才修建完成。
憫忠寺斷斷續續修建了幾十年，規模很大。在憫忠寺里有一座憫忠閣，供奉著捐軀將士們的牌位。《天府廣記》卷38記載：「憫忠高閣，去天一握。」由此可以想像憫忠寺的雄壯巍峨。
1400多年來，憫忠寺經歷了無數風吹雨打，見證了眾多歷史事件，被譽為「一座法源寺，半部中國史」。
唐朝末年，安史之亂爆發。安祿山軍隊占領了憫忠寺，將之改名為「順天寺」，並在寺內建了一座無垢凈光寶塔。無垢凈光寶塔裡面有一塊碑文，是唐朝著名書法家蘇靈芝撰寫的。這幅碑文的獨特之處在於，它是中國古代唯一從左至右書寫的碑文。
1057年，幽州一帶發生地震，憫忠寺被摧毀。1070年，遼國人將憫忠寺在原址修復，改稱為「大憫忠寺」。
1127年，金軍大舉南下，攻陷了北宋都城開封，將宋徽宗趙構和宋欽宗趙桓押送到北方，拘禁了20多年。1153年，金海陵王完顏亮遷都燕京後，將宋欽宗關押在大憫忠寺里，住了好幾年，直至病逝。
1289年，抗擊元朝軍隊的南宋謝枋得被俘獲到元大都，囚禁在大憫忠寺里。謝枋得看見牆壁間有一塊曹娥碑，哭泣說：「小女子猶爾，吾豈不汝若哉？」隨後謝枋得絕食5天，為國盡節。
1341年早春，元朝著名詩人張翥來到大憫忠寺參觀，登上了憫忠閣，感懷之餘，寫下一首七律《辛巳二月朔登憫忠閣》：「百級危梯溯碧空，憑闌浩浩納長風。金銀宮闕諸天上，錦繡山川一氣中。事往前朝僧自老，魂來滄海鬼猶雄。只憐春色城南苑，寂寞餘花落舊紅。」
1630年，著名抗清名將袁崇煥被崇禎皇帝凌遲處死，刑場就在離大憫忠寺不遠處的菜市口。袁崇煥死後，無人敢為他收斂屍骨。這時候，袁崇煥身邊一個姓余的僕人冒著生命危險站出來，將他的屍骸偷出來，藏在大憫忠寺里。等風聲過後，姓余的僕人才將袁崇煥悄然安葬。
清朝雍正年間，由於大憫忠寺年久失修，清廷撥款進行重修。重修後，大憫忠寺被改名為「法源寺」——這就是今天的名字。
清朝末年，康有為、梁啟超等人發起了著名的戊戌變法。然而，戊戌變法只進行了100天就宣告失敗。維新志士譚嗣同、康廣仁、林旭、楊深秀、楊銳、劉光第被清廷殺害於菜市口刑場。他們的遺體也一度被藏在法源寺，然後才被分別安葬。
1400多年來，法源寺不但成為了京城的一座地理坐標，更是一座文化坐標。無數文化名人來過法源寺，留下大量人文遺蹟。2001年，法源寺成為第五批全國重點文物保護單位。