长期进行系统的运动锻炼对消化系统功能有着良好的影响，能使胃肠蠕动能力增强，消化液分泌增多，从而提高消化和吸收的能力。近年有报道,长期的相对低强度的运动会对人体的胃肠道起到保护性作用。研究发现,经常从事小强度运动的人不仅患胃肠疾病的可能性较一般人小，而且还可能使结肠癌的患病率降低50%左右,并且认为这种影响是不依赖于饮食等因素的。
就单次运动而言,肌肉运动产生骨骼肌血管扩张、血流量增加,内脏血管收缩、血流量减少的效应，导致胃肠道血流量明显减少(较安静时减少2/3左右)，消化腺分泌消化液量下降；运动应激亦可致胃肠道机械运动减弱，使消化能力受到抑制。
在剧烈的运动过程中,机体所发生的一系列变化将会导致胃肠系统的功能及结构的变化。 这些变化均会降低胃肠道对体液及营养物质的吸收,导致脱水和能量贮存不足,从而影响运动员的运动能力。
为了解决运动与消化功能的矛盾,一定要注意运动与进食之间的间隔时间,饱餐后,血液主要流向胃肠道，此时立即运动,将会影啊消化,甚至可能因食物滞留造成胃膨胀,出现腹痛、恶心及呕吐等运动性胃肠综合征。 剧烈运动结束后,亦应经过适当休息，待胃肠道供血量基本恢复后再进餐,以免影响消化吸收功能。
经常从事适量的体育锻炼,会使胃肠蠕动增强，消化液分泌加多,食欲增加,对胃肠道功能有着良好的促进作用。然后，在一些大强度的运动训练及比赛中,运动员经常会出现腹泻、腹痛、呕吐、恶心和吐酸水等胃肠症状，,运动医学中将这种由运动引起的胃肠系统功能紊乱现象称为运动性胃肠综合征。运动性胃肠综合征的发病范用广、频率高，已成为影响运动员正常训练和比赛的一个较为突出的问题。运动性胃肠综合征发病的可能机制有：胃肠道血流量的改变；胃肠道血流变量的改变；胃肠道流动性的改变；胃肠道机械性震动；神经-内分泌-免疫功能的变化；胃肠道菌群区系结构的改变。