说起李世民这个皇帝，大家的感情还是比较矛盾的。他虽然施政业绩不错，但上位的过程，却是相当的血腥和残暴，在历代名君中是绝无仅有人。手慈手软绝对不是他的风格，而杀伐果断才是他的标签，然而他当上皇帝之后，对于秦琼等手握兵权的重臣，却很是厚待，并没有杀掉，这究竟是为何呢？
从秦琼的角度来看，他确实是真的有病在身。在演义中，在这一方面并没有避讳。作为军中主帅，他经常会大病不起。这一方面是他此前征战所留下来的旧伤，另一方面则是这位左武卫大将军的身体素质确实不佳，等到李世民当上皇帝之后，他更是逢人必说，经常抱病在床，很少出来活动。
其实对于这样一个历经大小战斗200余阵的将军来说，他身上的病未免不是实情，但他三番五次这样对外人诉说，目的无非只有一个，就是想让皇帝知道，此前他身上的那些战场经历，早已成为了过去时！说白了，他就是想让皇帝知道，他现在就是安分守己，七百户的俸禄很不错了！臣子如此乖巧懂事，皇帝又怎么会起杀心呢？不过相关专家表示，除此之外，还有四大原因。
第一，就是对于皇帝来说，他们根本构不成什么威胁。要知道除了这些瓦岗英雄以外，李世民自己也有很多的势力。换句话说，秦琼等将军的官职看似唬人，但实际上并没有什么实际权利，这是一个非常重要的原因。他们的位高权重，只是表面上的，皇帝自然就不会防范他们了。
第二，当时唐帝国周边的形势也不允许。李世民这个人很有雄才伟略，他上位后仍然在对外发动战争（突厥、高句丽甚至吐蕃），再加上国内还有相应的叛乱，正值用人之际，皇帝怎么会对那些将军自相践踏呢？其实从秦琼此外鲜有出现在战场便可知道，他确实是病的不轻。
第三，这些将军完全被皇帝掌控在手里。即使像李靖这样独自领军作战的大唐战神，他每次打仗回来，第一时间要做的事，就是找皇帝交回兵权。对于秦琼这些将军来说，他们自然也都是如此。对于皇帝来说，他们不过就是杀人利器而已，刀柄完全掌握在自己手里，又怎么会杀掉他们呢？
第四，秦琼还有一些特殊之处。按照演义中的说法，他在帮助李世民翦灭群雄的过程中，可以说是立下了赫赫战功。然而在关键的玄武门，他却表现得患得患失，没有坚决地站在李世民的阵营里面。为此尽管他的画像也在凌烟阁里，但排名却相当的尴尬，可见皇帝对他也不甚放在心上，自然也不会杀他了。
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