美國將關塔那摩監獄建設在古巴的領土上，存在一定的歷史因素。
古巴政府從上世紀五十年代開始，就一直想要收回美國對關塔那摩基地的控制權，但是無奈美國和古巴的國力差距巨大，古巴根本沒有實力從美國手裡奪回基地。
美國占領關塔那摩基地的歷史能夠追溯到十九世紀末期，在十九世紀前期，美國總統門羅提出了著名的門羅主義，門羅主義強調美國對美洲的控制權，不允許歐洲殖民國家繼續干涉美洲的事務。
門羅主義提出後，美國將美洲當成了自己的後院，1868年西班牙殖民地古巴爆發起義，經過三十多年的戰爭，到了十九世紀末期的時候，古巴已經快要取得獨立戰爭的勝利。美國看到西班牙即將失敗，藉口軍艦爆炸挑起了美西戰爭，幫助古巴順利建國。
在古巴成功獨立後，美國成為了古巴的保護國，從古巴租借了關塔那摩作為軍事基地。因為美國的國力強大，古巴和美國沒有約定租借的日期，只約定租金為2000金幣（4000多美元）。
之後美國一直向古巴支付租金，古巴也一直沒有收回基地。西奧多·羅斯福上台之後，美國和古巴重新簽訂條約，規定除非美國廢棄關塔那摩基地，或者古巴和美國達成協定，否則美國將永久租界關塔那摩基地。1959年古巴國內爆發起義，古巴親美政權被卡斯楚推翻，古巴第一次提出了要收回關塔那摩基地。
美國為了繼續控制古巴，無論如何都不肯交出關塔那摩軍事基地，古巴也不敢向美國發動戰爭，只能默許美國繼續駐紮在古巴的領土上。
古巴飛彈危機時期，古巴軍隊一度想要對美國開戰，但是由於美蘇兩國達成妥協，古巴只能放棄了收回基地的打算。從上世紀六十年代開始，古巴多次切斷關塔那摩基地的水源，想要逼迫美軍主動放棄基地。
然而美國通過現代科技手段，解決了水源和發電的問題，關塔那摩基地的水源和電力完全能夠自給自足。
911事件發生後，美國發動了對阿富汗的戰爭，在戰爭中美國逮捕了數以千計的恐怖分子，這些恐怖分子大多沒有國籍，不是真正意義上的戰俘。
如果按照美國的法律，美國只能通過正常的司法程序來審訊這些人，這些人很可能會被判處無罪，繼續逃到戰亂地區興風作浪。如果美國直接把犯人槍斃，那麼美國又無法獲得一些重要的情報，而且不經審判槍斃犯人，也不符合美國國內的法律規定。
為此美軍不得不選擇一個能夠避免恐怖分子被法官釋放，又能夠審訊恐怖分子的地方。在這種情況下，美國選中了關塔那摩軍事基地，並且在這裡建造了戒備森嚴的監獄。現在美國在關塔那摩監獄關押了數百名恐怖分子，這些人經常受到各種酷刑虐待，他們既得不到法律的審判，也沒有被釋放的可能。
由於美國的國力強盛，古巴對此只能睜一隻眼閉一隻眼，默許了美國在古巴領土上建造監獄審訊犯人。