差額事業單位，是相對全額事業單位和自收自支事業單位而言的。和自收自支編制不同，差額編制和全額編制一樣，都是正規的事業編制類型，主要用於公立醫院等承擔公共衛生醫療服務的事業單位。醫療單位有經營收入，同時又承擔著大量的公益服務職能。
公立醫院有經營收入效益非常好的，尤其是在大中城市醫療資源豐富的地方。但由於公益職能的需要，大部分公立醫院，尤其是縣鄉基層醫院，靠自己的經營，沒有辦法維護運轉。如果按照市場規律，又無法保證醫療全覆蓋，以及人民群眾就近就醫，以及享受醫療方面的保障和優待，比如大病救助、城鄉醫保、鄉村醫生、建檔立卡戶的醫療補助等。因而國家要求醫療單位覆蓋範圍要擴大，同時還要保證農民、居民就醫方便快捷，這就要求財政給予保障。
這些保障體現在硬體基礎的建設上，各地的公立醫療機構和鄉鎮衛生院等，建設得非常漂亮，而且都在人口集中、交通便利的地方。同時，即使是鄉鎮衛生醫療機構，其機器設備都非常齊全，而且更新換代非常及時。光有硬體保障還不行，醫護人員的配備和保障同樣更不能放鬆。各地通過各種途徑，增強醫護人員力量，有免費醫科生、定向生的提前培養，有事業人員招考、招聘制的保障，還有經費、人員工資的全力保障。
醫療機構實行差額供給，差額的比例，按照各醫療機構的實際收入和支出的缺口，由地方財政部門根據具體醫療機構，實行不同的差額比例。收支狀況良好的，差額比例就小，財政供給就少；收支善不好的，差額比例就高，財政補貼就多。比如一些鄉鎮衛生院由於技術力量薄弱，承擔的公益職能範圍對象又多，收支情況幾乎為零，這樣的醫療單位其差額的比例可能高達90%以上，也就是醫院經費、工資支出的90%靠財政供給。還有的差額比例甚至為100%，由財政全額供給。
在事業單位分類改革中，縣以上公立醫院只保留事業單位屬性，取消編制使用，原來的差額編制也不用了，直接實行合同聘用制管理，充分保證專業技術人員的流動性，以提高其專業技能水平，發揮主觀能動性，打破「鐵飯碗」，保證專業技術機構向良好的方向發展。因而，除鄉鎮衛生院外，醫療衛生機構的差額供給屬性依然保留，但差額編制不再使用。鄉鎮衛生院會逐漸向全額過渡，以公益服務職能為主。這一改革工作已經在試點，將在今年年底、明年年初重點開展，在2020年底前全部完成。
其他差額供給的事業單位，將剝離公益職能，改為全額供給，使用全額編制；剝離生產經營職能，改為企業經營，推向市場，由政府購買服務代替。因而，差額事業單位和差額編制的規模會逐漸縮小，直至消失。