縣委組織部才是正科級，其內設機構為股級，不是組織科，只是組織股而已。只有在市委組織部，機構為處級，下設組織科，組織科科長為正科級。
縣委組織部和宣傳部、政法委等都一樣，為正科級機構設置，這一點在其《三定方案》上明確規定。《三定方案》同時在設立領導職數時，明確規定組織部部長為正科級，設兩名左右副部長，為副科級，有的會明確設置一名正科級副部長，這也是由於常委部門的特殊性決定的，一般是不允許低職高配的。組織部長、宣傳部長等之所以為副縣級，只不過因為他們都是縣委常委，享受副縣（處）級待遇，而不是因為組織部為副處級機構。
這在各級機構設置中大家也可以看出來，市級常委政府為廳級，市直各黨政機關就為正處級，包括組織部、宣傳部等常委機關；縣區常委政府為正處級，縣直黨政機關為正科級，包括常委機關。還有一個常規設置，市委組織部為正處級，其內設機構為正科級，因而市委組織部組織科科長為正科級；縣委組織部為正科級，其內設機構為股級。除特殊情況外，從部委下屬司局、省直各廳下屬處室、市直各局正處級下屬科室、縣直各局正科級下屬股室，統一低兩級配備內設機構，這都是組織架構的基本要求。
原來，市、縣組織部各內設機構負責人，都高配一級，是兼任了組織員、調研員等非領導職務，或者下屬事業單位例如黨建辦、電教室、人才辦等副職。例如市委組織部組織科科長，同時兼任副調研員，就是副處級待遇；縣上的股長兼任副科級組織員，就是副科級待遇，這類現象在過去非常普遍。現在一般情況下不允許兼任職務，新《公務員法》也取消了「非領導職務」，更不允許低職高配，因而縣區組織股股長就是股級幹部，至於是否按「職級並行」享受幾級主任科員待遇，那又是另一回事了。