一篇臨床醫學論文的基本結構一般包括文題、署名、結構式摘要、引言、資料與方法、結果、討論和參考文獻。下面分別介紹如下：
一、文題。文題應簡短明了，開門見山，對讀者具有吸引力。能準確地概括論文內容，點名主題。做到文題與內容相符。一般文題不超過20個字。寫作中應注意:文題中無虛詞，如「關於」、「對於」等文題開頭避免使用阿拉伯數字(如病例數)，以利於編制索引；少用或不用副標題:儘可能避免使用標點符號:需要特殊說明時在文題右上角標註「*」，並在本頁左下腳說明。
二、摘要。摘要是論文的縮影，是全文的概括和濃縮，是論文內容不加評論和注釋的簡短陳述，是一篇有數據有結論的短文。他可以使讀者一目了然，從而大大節約閱讀時間，能在短時間內讓讀者決定是否值得進一步詳讀全文。目前，醫學論文的摘要大多採用結構式摘要的格式，即包括目的、方法、結果、結論四個要素。摘要的字數不宜超過250個實詞。除了實在無變通辦法可用以外，不用圖、表、化學結構式和非公知公用的符號和術語。縮略語、略稱、代號，在首次出現處必須加以說明。一般比較重要的論文都有摘要，內容較簡單或較短的論文也可沒有摘要。
三、關鍵詞。是指用以表示論文主題內容的規範名詞或術語(或詞組)。它可以有以下作用:供讀者了解全文涉及的主要內容:供讀者檢索已發表的有關文章編制個人檢索卡片供計算機檢索，收錄文章用。每篇論文選取3~8個關鍵詞:可從文題或摘要中選取能代表論文主題內容的有關詞或詞組作為關鍵詞，這些詞最好與正式出版的主題詞表或詞典提供的規範詞一致：如主題詞表暫缺，可用本學科當前常用詞作為關鍵詞。為了國際交流，應標註與中文關鍵詞對應的英文關鍵詞。可供查閱主題詞的工具書有:《漢語主題詞表》(中國科技情報研究所和北京圖書館主編)及《醫學主題詞注釋字順表>以及全國自然科學名詞審定委員會公布、科學出版社出版的《醫學名詞》等。
四、引言。引言是論文的開場白，是讀者注意的焦點。其內容主要包括簡明扼要地交待本研究的目的和研 究範圍交待研究的背景。包括同一領域前人所做的工作，同行們的進展程度，要解決、已解決和尚待解決的問題，引述重要的參考文獻，以及與本研究的關係，比較出本研究報道的特異之處闡述主要研究結果及意義。寫作時注意對研究的歷史回顧應避免煩瑣，不要與摘要雷同，一般教課書中已有的知識，在前言中不必敘述：切忌空話套話，一般在250~300字左右。
五、資料與方法。資料中應包括: 病例來源:觀察對象來自某年、某月，是住院還是門診患者，分組時多少例，完成療程的多少例:一般資料: 包括年齡、性別、病程、就診時間、伴發疾病等診斷標準:為了方便別人參考，診斷標準為國際或國內標準的應給出參考文獻排除標準:指出哪些情況不在本次研究之列:分組情況:要隨機分組，不但更介紹療組的情況，對照組的年齡、性別等也要說清楚，兩組要具有可比性統計學方法:對不同的數據資料要選擇正涌的統計學方法。
方法中包括:治療方法，如觀察藥物治療某種疾病時，應介紹藥物劑量、劑型、服用方法療程:實驗室檢查及特殊檢查，包括些常規檢查如血尿便常規，線朐透、心電圖等，特殊檢查包括腦電圖、CT.核磁共振等:療效判斷標準隨訪情況，包括隨訪人數及失訪人數、隨訪結果、有無誤診等實驗器材要寫清名稱、規格、性能，以便別人能夠重複。
六、結果。是論文的核心部分，要求將研究過程觀察所得的原始資料或數據，經過審查核對、分析歸納和進行正確統計學處理後得出來的結果，未經統計學處理的觀察記錄的數據叫原始數據，是不準確的數據，由此得出的結論是不可靠的。
特別是在療效評價中，一定要有對照組，要做統計學處理。統計學處理主要是使原始數據，從難以理解變得容易理解，並從原始數據的偶然性中揭示出隱藏在其中的某種必然規律。如能用圖表的形式表達，比較直觀。但文字與圖表的關係，應該是文字為主。凡文字可以說清的，不必用圖表圖表更能說清楚的，就應壓編文字。圖與表之間的內容更不能重複。如果資料與方法中給出了療效判定標準，在結果中要按療效判定標準列壯結果。圖表與正文中的數字要一致。每個圖表要有獨立的標題。而對於些不成功或發生了某些預想不到的觀察結果，如患者的意外死亡、沒有預見的併發症患者不能耐授而不能完成療程以及不良 反應等，也要適當說明，這樣就能讓別人少走彎路。從某種程度上說，這種失敗的記錄比陽性結果有意義。
七、討論。是論文所要報道的中心內容，是將研究結果從感性認識提高到理性認識的階段。它應該包括:對所得結果進行補充說明或解釋:重點說明該項研究的創新性、先進性對結果進行分析探討，對可能原因、機制提出見解，並闡明觀點:將結果與當前國內外研究結論進行比較，提出新的見解，並對其理論和實踐意義作出評價:提出在調查研究過程中的經驗體會指出該結果的可能誤差，以及教訓。此部分的寫作要求:大量閱讀有關文獻，充分地了解本研究的歷史、發展及現狀:不羅列文獻，詳略得當，重點突出。著重關注圍繞本研究課題近5年文獻的結果和觀點，比較自己的結果與別人的異同點:實事求是地對自己的研究成果進行公正的評價，對於與別人不同的研究結果，要分析原因，切忌報喜不報憂。對某些現象不好下結論時，措辭要客觀、留有餘地，不要輕易去填補「國內空白」:層次清楚。如討論的問題較多，可按內容進行分段，列出小標題，每段圍繞個論點加以論證，做到論證充分，層次清楚。
八、參考文獻。參考文獻是指為撰寫或編輯論文中引用的有關圖書和期刊資料。引用參考文獻時應按其在文內出現的順序，依次以阿拉伯數字在文後標註。參考文獻引用得是否正確、書寫格式是否符合標準，已成為審核醫學論文和醫學期刊質量的項指標。選用參考文獻的時候需要經過篩選 ，列出參考 文獻的目的是:為了說明本文所借鑑內容的科學依據的出處，以供讀者查閱參考減少對前人文獻的復可以縮減篇幅對前人成果及著作的認同與尊重。
引用參考文獻應遵循以下幾個原則:權威性及專業性。一般權威性、專業性雜誌 上發表的科技論文最能代表相關課題的研究水平及現狀，應儘量引用:自閱性。即所引文獻必須是作者親自閱讀過的一次性文獻準確性。即正文中標註的準確性和著錄項目的準確性公開性。即公開發表的論文，不應引用非公開發表的文獻，其主要目的是便於讀者查閱及核對，為讀者提供更多的有用信息:緊密性。即所引內容與論文所研究內容結合應貼切、緊密時限性。根據普賴斯指數的原理，所引用的近5年的文獻越多，即普賴斯指數越高，說明論文所涉及的問題越接近當前課題。因此，所引文獻至少50%一70%為近5年內發表的。特別當論文所涉及的問題是當前國內外研究的熱門課題，其近5年內的文獻比例應更高:數量限制。
醫學期刊一般要求論著的參考文獻數不超過10篇，綜述不超過20篇規範化。主要指參考文獻著錄格式及標註方式的規範化。目前，參考文獻的著錄格式各刊不盡相同，投稿前作者應注意雜誌稿約的有關規定，至少得先看看有關期刊發表的論文的參考文獻是如何標註的，筆者建議，在寫文章時，最好把參考文獻的信息儘可能多地給全，哪怕多了修改時刪去也比修稿時再大海撈針地去找更方便的多。很多作者不注意參考文獻的著錄格式，常常把卷、期、起頁和止頁寫錯，不但使讀者對論文的真實性產生懷疑，而且對原作者也不夠尊敬，希望大家在投稿時注意。