1889年1月3日的早晨，尼采正在都靈的街道上散步，他遇到一個馬車夫正粗暴的抽打牲口。精神脆弱的哲學忽然又哭又喊起來，他衝上去抱著馬的脖子，哀嚎道：「我受苦受難的兄弟啊！」結果卻被重重地摔在地上，直到房東聞訊趕來，才把他接回旅館。尼采這是在模仿陀思妥耶夫斯基《罪與罰》中的一個片段——他已經分不清小說與現實了。
回到旅館的房間後，尼採在沙發上昏睡了兩天，當他甦醒過來時已經出現了神經錯亂的症狀。發瘋後的尼采經常在街上徘徊，他會擁抱並親吻街上的每一個行人，對人們大喊：「我是神，打扮成這樣！」他不停地給朋友寫信，在信中自稱「狄奧尼索斯」或「釘在十字架上的人」，信的內容語無倫次，毫無邏輯，令人百思不得其解。尼采最好的朋友奧弗貝克收到信件後，懷著不安的心情特地趕到了都靈。當他走進哲學家的房間時，發現尼采正在修訂一本書。見到他來，病人不禁失聲痛哭。
為了治好尼采的病，奧弗貝克將他從都靈護送到巴塞爾，進行住院治療。尼采的母親也從故鄉趕來看護他。幾天後又被轉送到德國的耶拿治療，就在火車上，發了瘋的尼采對自己的母親怒氣大發，老太太只得躲到另一節車廂去。在耶拿的精神病診所里，尼采的病情逐漸穩定下來，但他再也沒有恢復正常了。
晚年病中的尼采
在住院治療的期間，另一個好友蓋斯特專門來到精神病院，每天都陪伴尼采一同散步，度過了美妙的2個月時光。之後，尼采又被母親接回了家中，母子二人孤獨的過日子。根據母親的書信記載，病中的尼采經常無故怒吼，口邊叨念著漢尼拔、莫爾特克以及叔本華的名字。有時候他會與母親說一些莫名其妙的話。
尼采說：「媽媽，我不是一個傻瓜。」
「是的」母親回答說：「我的兒子，你不傻，如今你寫的書已經震驚了世界」。
聽完這話後，病人又改口說：「不，媽媽，我就是個傻瓜。」
根據母親的說法，尼采的精神病並非遺傳所致，而是因為服用了大量的安眠藥及三氯乙醛造成的。
1893年，尼采的妹妹伊莉莎白從巴拉圭回到德國。她發現尼采的影響力逐漸顯現，便決定編輯整理他的著作。伊莉莎白堅決反對蓋斯特正在進行寫作尼采傳的計劃，決定由自己來為哥哥作傳記。並且還按照自己的意願，篡改了部分手稿。此時的尼采病情愈發嚴重，1895年，當奧弗貝克最後一次來探望他時，尼采已經變得沉默無言，他整天坐在躺椅上，目光呆滯。兩年後，由於母親離世，妹妹成了尼采的監護人，奧韋爾貝克最終被伊莉莎白驅離，尼採在妹妹的安排下移居到了魏瑪。此時他的身體開始迅速惡化，連談話都變得很吃力。1900年8月20日，尼采開始發高燒、說胡話，4天後便離世了。
1897年的尼采
尼采生病之後，《偶像的黃昏》與《尼采反對華格納》由奧弗貝克主持出版。《瞧！這個人》由於內容敏感，且受到伊莉莎白的干擾，直到1908年才出版。伊莉莎白還將尼采後期的筆記整理成一本書，取名為《權力意志》，但一般來說，《瞧！這個人》是尼采的最後一部著作。
不過，在1927年又有一部尼采的遺著問世。根據英譯者奧斯卡·雷維的說法，1890年左右，尼採在住院期間，心裡就認定家人會扣留自己的作品。因此，他在精神病院裡結識了一個即將出院的商人，並把在病中寫的一本新手稿交給他，託付他出院後幫忙轉交出版社。最後這書陰差陽錯的流傳到了海外，並且在尼采死後二十多年才出版，書名叫做《我妹妹與我》。伊莉莎白堅決否定這本書的真實性，因為書中有許多尼采與伊莉莎白近乎亂倫的描寫；有些研究者也認為這本書的風格與尼采不一樣，可能是偽書。然而，書中對尼采的私事描寫的非常詳細，而且還涉及許多親人朋友，造偽的難度極高；當然了，八卦哲學家的隱私並非我們之所好，我們更為關心的是書中關於尼采的哲學思想。
《我妹妹與我》是尼採在患病之後寫的，內容尺度非常大，相比於盧梭的《懺悔錄》可謂有過之而無不及。從書中，我們可以看出尼采具有精神分裂的傾向，他將醫生們視為敵人，懷疑母親和妹妹在監視自己。但他似乎也有清醒的時候，例如第十一章中就寫道：
「我的瘋狂並不是假裝的，有幾個星期和幾個月的時間，我失去了時間與空間感，除了妹妹之外，無法認出任何人，並且努力要從深淵中把自己召喚回來，不斷重複說著：我是弗里德里希·尼采，拿著錘子的哲學家。」
清醒時，尼采最關心的是如何確保自己的思想不被家人篡改，他對具有反猶傾向的妹夫極度反感，而且對自己的妹妹也失去了信任，只希望她不要再來干涉自己的生活。書中第一章中寫道：
「我把這些筆記託付給一個人，希望他們能夠找到一位出版商，不要讓我的妹妹或母親出來干涉。」
第二章里又說：
「從現在起直到死的那天，我的工作是：不要讓這些筆記落入我妹妹手中，她最能證明馬太所說的那句話：觀其行，知其人。」
其實，在精神分裂的前夕，尼采早就預感到了自己的命運了。為此他才匆忙寫出了《瞧！這個人》，他想要向世人說清真實的自己。在《為什麼我是命運》中，尼采坦誠的表明態度，他說：
「我非常擔心，有一天人們會稱我是神聖的：你們也許猜到為什麼我預先出版這本書，就是為了預防別人拿我胡作非為......我不想做聖人，寧願做傻瓜......」
但母親和妹妹阻止他出版這本書。住進精神病院後，他更沒有機會向世人說清自己了。因此，《我妹妹與我》中有許多地方描繪到尼採為了抗拒妹妹的控制，堅持用麻痹的雙手寫筆記，他期盼「一旦這些筆記出版了，暴風雨就會一新我記憶的風景，並為我蒙塵的骨頭解渴。」
尼采是十分厭惡反猶主義的，他在給朋友的信中寫道「取締一切反猶分子，打倒反猶分子」。在《我妹妹與我》中，他痛罵妹夫「用他的反猶太主義垃圾糟蹋了巴拉圭」。然而，在尼采死後，伊莉莎白卻在編輯手稿時將自己的反猶觀點混了進去，並且與納粹合作，把尼采塑造成了納粹的聖人。希特勒在墨索里尼生日的時候，甚至還送了一套《尼采全集》——尼采的反抗最終沒有取得效果。
獨孤始終是尼采健康的最大敵人。1879年，35歲的尼采正式辭去了巴塞爾大學的教授職務，開始了長達十年的漂泊生活。他在這十年中走向了哲學的巔峰，主要著作都是在這段時間完成的。在向莎樂美求婚失敗後，尼采日漸走向孤獨，他說：
「在孤獨中，一切都可以獲得——除了精神正常。」
當尼采獨自一人居住在義大利的小旅館時，奧弗貝克曾勸他重新出來教書，但已經在孤獨中淪陷的尼采終於失去了希望，他回答說：「我擔心，世界上沒有一個學校會要我當青年學生的老師。」
住進精神病院後，孤獨並沒有離開這位哲學家。他在《我妹妹與我》中說：「在這兒，我最大的痛苦是孤獨。」接著又論述了三種孤獨——
第一種是分離兩地的孤獨，這種孤獨因分離而產生，因此也能從對未來的「希望」中找到慰籍，這是常人的孤獨；
第二種是「目標高遠」的孤獨，這種孤獨往往出自傑出的人物，他們目光長遠、志向遠大，雄心勃勃的為人類發展制定計劃，但是卻沒有人願意追隨他們，聖西門、傅立葉都屬於這種孤獨；
第三種孤獨是超前者的孤獨，「這種孤獨歸因於個人無法與世界達成共識」，孤獨者與世界發生了分離，世界因自己的落後而拋棄超前者，荷爾德林、叔本華、梵谷和尼采屬於這種孤獨。尼采說：「這是最苦澀的孤獨，而這種孤獨正在吞噬我的存在之心。」所謂的「存在之心」就是對生活的依戀，孤獨催逼著他走向人生的盡頭，但是深度抑鬱的尼采卻拒絕自殺，因為他的哲學不允許這麼做。
最痛苦的孤獨是超前於時代的孤獨
在精神病院中，尼采已經察覺自己在等待死亡的現實，他說：「我就像一個埃及的木乃伊，我目睹自己的死亡，感覺到自己的眼睛變成塵土。」但是他為什麼不因此而選擇自殺呢？為什麼他已經注視著「空虛」，卻仍要抓住「存在」不放？
對此，尼采說：「縱使沒有了所有的慾望，卻仍然有活著的慾望；縱使每一次呼吸都是一種痛苦，而死亡提供解脫痛苦的希望。」但他還是要抗拒死亡，因為自殺是我們所能控制的，但生命永遠不是我們所能控制的——因為生命拒斥我們，所以我們就要不顧一切地抓住它。尼采輕蔑的稱蘇格拉底、叔本華、所羅門以及佛陀等蔑視生命的人為「對生命失去興趣的嫉妒閹人」。即使是在病中，他依然堅持《查拉圖斯特拉》里對死亡說教者的批判態度，他說：「儘管我多麼努力，卻無法成為佛教徒，無法沉醉於死亡之中。」——他熱愛著生命。
尼採為什麼這麼熱愛生命呢？他為什麼要在孤獨、拘禁、精神分裂、一無所有、一事無成的人生中苟活呢？因為他的哲學自始至終都在敵視基督，就算陷入絕望之中，他也不會寄託於來世或天堂，不會到宗教里去尋找解脫。他說：「我自己願這樣死去，使你們這些朋友們因為我的緣故而更愛大地。」死亡的說教者用天堂來解脫人世的痛苦，尼采則用自由的死亡來挽留自己活在人間——這就是他的生存哲學，也是他與叔本華不同的一個地方。
「許多人死得太晚，有些人又死得太早。要死得其時：查拉圖斯特拉如是教導。」