一、有機農業基地的選擇
從有機農業的發展歷史和概念不難看出，它強調的是生產過程的有機組織和質量控制，有機食品雖然沒有像綠色食品那樣制定專門的產地環境質量標準，但從有機食品的要求可以清楚地看到它對生產、加工和儲存與運輸的環境都有嚴格的規定，也就是說有機食品在從生產開始到儲倉、加工、運輸的全過程都很強調環境風險的控制，同時非常強調生產條件的可持續支持，保障有機食品生產體系的穩定持續發展。所以，與綠色食品和無公害食品生產一樣，有機食品的生產也必須首先選擇適宜的基地。有機農業基地的選擇要求具有良好的生態環境，同時生產過程能維持產地的生態環境及其可持續生產能力。
有機農業的主要目的是生產有機產品，保障農產品質量安全，保護和改善自然資源和生態環境，並通過有機產品的消費，增進人們的身體健康，為國民經濟和社會可持續發展賦予真正的和諧內涵。有機農業具體到某種產品的生產也有具體的產地環境行業標準，如 《有機茶產地環境條件》 （NY 5199—2002）等。在我國有機產品標準 GB/T 19630.1—2005的第一部分也明確規定有機生產需要在適宜的環境條件下進行。要求有機生產基地應遠離城區、工礦區、交通主幹線、工業污染源、生活垃圾場等。並規定基地的環境質量應符合一定的環境質量標準。一個典型的農產品生產基地的環境要素包括：大氣、水、土壤和生物 （見圖2－1）。而對這些要素質量影響最大的是物質的輸入，如生產資料的投入 （如肥料、塑料薄膜、農藥等）、工業污染物的輸入 （如廢氣、廢水和固廢的排放）、城市污染物的輸入 （如 生 活 污 水、生 活 垃 圾、建 築 粉 塵 等） 以 及 交 通 污 染 （如 尾 氣 等）等。因此，有機農業產地選擇的基本指導思想是，產 地應 選 擇 在生態環境 良好、空氣清新、水質純凈、土壤未受污染的區域，故應儘量避開繁華都市、工業區和交通要道。
圖1－1 有機農業產地的環境要素構成
有機農業基地選擇一般遵循以下原則。
生產基地應避開繁華都市、工業區和交通要道的中心，周圍不得有污染源，特別是上游或上風口不得有污染物質或有害氣體排放。
基地具有清潔的生產水源，在水源或水源周圍不得有污染源或潛在污染源。
土壤肥力較好，在有機農業基地系統內或其周圍有保持土壤肥力的較豐富的有機肥源。土壤重金屬的背景值位於正常值區域，周圍沒有金屬或非金屬礦山，沒有嚴重的農藥殘留、化肥、重金屬污染歷史。
大規模的有機農業基地要能獲得足夠的勞動力資源。
土地要有較長期的經營使用權，基地周圍最好具有天然的隔離防護緩衝地帶。
對於有機水產品養殖基地環境選擇還要求：水源充足，常年有足夠的流量；水質清潔明亮，符合國家 《漁業水域水質標準》；池塘養殖要進排水方便；海水養殖區應選擇潮流暢通、潮差大、鹽度相對穩定的區域，注意不得靠近河口，以防污染物直接進入養殖區造成污染，以及因洪水期在淡水衝擊下鹽度大幅下降，而導致魚蝦死亡；水溫也要適宜，5～10月份一般在15～30℃之間，其中7～9月份應在25～30℃之間，根據不同的養殖對象靈活掌握。
選擇有機畜禽養殖基地時，還要充分考慮畜禽動物的福利和健康，飼養場地要能夠保持畜禽動物行為自然的生活條件。所以在有機飼養過程中，動物必須有圈舍、最大限度滿足其 「自然」行為的自由放牧區。在有機農場中，動物不允許拴養、籠養或封閉舍養，並應有合適的墊草和地板表面。
總之，有機農業生產基地對土壤、水和大氣環境以及生態環境都有嚴格的要求。
二、有機農業基地環境質量調查
農產品產地調查是為其產地的環境質量監測和質量評價作技術準備。因此，在開發有機食品之前，一是要進行現場踏勘，調查產地環境要素 （空氣、水、土壤和生物）的質量狀況，查看外源污染、內源污染的確實情況；二是經過現場調查，了解產地及其周邊的生態環境質量狀況，初步評估產地的生態環境質量，為後續的基地建設提供依據。
（1）污染源調查 產地周邊的工業、交通布局情況，污染源排放污染物的類型，污染物的種類，排放方式和排放量，以及污染物進入產地的路徑等。
（2）空氣品質調查 污染源與產地邊界的距離有多大，是否有交通主幹線通過產地，如有，車流量有多少。污染源與常年主導風向、風速的關係，即污染源是否在產地的上風向，估計空氣中污染物的影響範圍，是否影響到產地。
（3）水質調查 污染源的污水是否進入農產品產區的地面水，或是否影響產區的地下水；產地的常年降雨量是否滿足灌溉需要，或開採地下水是否造成環境的負面影響 （如地面下沉、水污染等）；當前的人畜飲用水、灌溉水的水質感觀如何；產地是否有污水灌溉情況或污灌歷史等。
（4）土壤調查 健康的土壤，是一個結構完整、功能良好的土壤生態系統。對土壤的肥力、土壤類型、背景值等的調查是必要的。
（5）肥料調查 肥料的種類和配方施肥情況，化肥的品種，有機肥的品種，施肥水平，有否使用污泥肥、垃圾肥、礦渣肥、稀土肥等情況。
（6）植物保護調查 了解病蟲害的主要防治手段是什麼，是否使用化學合成農藥，化學農藥的品種、數量，農藥的安全使用情況。病蟲草害發生、變化歷史調查，是否出現過重大病蟲害，如何控制的等。
（7）農用塑料殘膜調查 調查農用塑料薄膜的使用歷史，實測土壤殘膜狀況及殘膜量。
（8）農業廢棄物調查 產地秸稈的量，處置情況；人、畜禽糞便的量及處置情況；加工業下腳料的量及其處置情況。對城市郊區的產地，需要了解城市廢棄物的受納和影響情況。
（9）作物物種調查 重點調查有否轉基因物種。
（10）土地資源利用調查 土地荒漠化情況，或水土流失、風蝕、鹽漬化和污染情況；土地的功能分布，土壤的複種指數。
（11）氣候資源調查 光熱資源、雨水資源調查。
（12）隔離帶的結構調查 天然的或人工隔離帶有生態調節作用，是最佳的隔離帶。隔離帶可以是草地、樹林或某些植物，或是水溝、山等地貌或地形，或其他人工屏障。產地的隔離帶需要一定的寬度，除了擴大產地的生態調節作用，還可屏蔽或減少常規生產地塊噴洒的化學農藥和使用的化學肥料對產地的影響。
（13）生物多樣性調查 需要了解生物的分布情況，特別是植被情況，在地圖上勾畫出樹木、草地及農業生產布局；調查主要的病蟲草害情況和主要天敵情況，以供生態評估時參考。
（14）產地的地塊調查 包括地勢、鑲嵌植被、水土流失情況和保持措施。另外地塊應屬於一片完整的田塊，即在一大塊土地上，不能零星地選擇其中的幾個小地塊作為農產品的產地。因為，只有成片生產，才能全部按照要求的生產方式進行操作，保證產地受外界的影響最小。
三、產地生態環境質量評價
通過以上調查，對周邊生態環境質量、基地系統內的結構和功能，生物多樣性與病蟲害防治情況基本有了一定的了解。在此基礎上，對有機農業生產系統內的物資循環、能量流動情況，即系統內的農、林、牧、漁和加工各業的比例情況，投入與產出情況進行生態分析。並對照有機農業對土壤、水、大氣及生物等環境要素的要求進行分析評價，該產地是否適合作為有機農業基地。
如一時選擇不到比較完美的生境條件，也需要選擇在短期內可以建設好的區域，即通過生態工程，可逐步完善其組成結構，使生態環境在三五年內能夠有明顯改觀的區域。相反，區域小、污染嚴重、生物多樣性差、生態結構簡單、生態平衡趨於脆弱，或在短期內生態恢復的可能性很小，一般不適宜選擇為有機農業基地。