公元1644年，李自成攻入攻克北京，崇禎帝在煤山自殺，明朝作為一個全國性政權正式結束。同年四月，清軍就擊敗李自成，成為京師的新主人。再用了1年時間，清軍的八旗鐵騎已經打過長江，攻占了明朝的留都南京。
縱觀中國古代歷史，很多朝代在其北方統治區域被游牧民族攻占之後，往往能夠依靠長江天塹阻止北方鐵騎繼續南下，在南方半壁江山組建偏安一隅的小朝廷，並與北方的新政權形成長期對峙的勢態。一旦南京城被攻占（南宋是臨安被攻占）之後，其統治也就隨之宣告滅亡。但是，南明朝廷與中國古代史上其他的遷徙江南的朝廷都不同。占據南京的弘光帝，僅僅當了8個月的皇帝就被迫逃出南京城，將這座南明的都城拱手讓人。讓人意想不到的是，在南京城被清軍攻占之後，多個南明小朝廷紛紛建立，繼續堅持抗清鬥爭。直到順治18年，南明最後一位皇帝永曆帝，才被吳三桂用弓弦勒死在緬甸。而南明的殘餘勢力，在李來亨等人的領導下，一直與清廷對抗到公元1664年。其中原因，或許還需要進一步探討。
公元1644年6月，在崇禎帝自殺不久，還占據著大半江山的明朝遺臣們就開始為擁立誰做皇帝爭論不休，潞王、福王和桂王成為各大勢力的''候選人''。就在各方還在爭吵之際，擁有30多萬大軍的高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清四鎮，與太監盧九德勾，擁立了福王朱由崧繼承帝位，這也就是後來的弘光帝。不過，弘光帝登上寶座之後，除了重重賞賜了擁立者之外，立即派人帶著真金白銀''北上求和''。可是在遭到清廷的明確拒絕之後，南明朝廷上下不是考慮如何進行抗擊清軍的攻擊，反而是在朝廷內部開始了黨同伐異，將史可法排擠到了揚州''督戰''。同時，弘光帝也開始了自己的犬馬聲色。。1644年除夕，朱由崧曾經召見群臣，當時大臣見皇帝面有不悅之色，以為是要責問兵敗之事，結果朱由崧卻是因宮中沒有優秀的梨園弟子而發愁。如此荒誕的朝廷，能夠堅持8個月，或許真的應該感謝清軍沒有及時南下攻擊。
所以，當清軍鐵騎南下之時，只用了一天就將擁有重兵把守的揚州攻克，還製造了''揚州十日''的慘案。之後，又很快地攻下南京，終結了弘光小朝廷。弘光之後，又先後出現了隆武政權、魯監國政權、紹武政權和永曆政權。這些小朝廷或者有軍事實力派支持，比如隆武政權就是在鄭芝龍和鄭成功父子的支持下建立的；或者與農民軍殘部結合，聯合抗擊清軍，比如永立政權，就是得到張獻忠餘部李定國和孫可望（此人後來降清）等人的支持。但是，這些小朝廷不是思考如何抗擊清軍進攻，或者北上收復故土，反而是各自在爭奪''正統之位''。為此，南明小朝廷之間還爆發了激烈的戰爭，比如魯王的監國政權就與隆武帝政權，爆發過''唐魯之爭''（隆武帝稱帝前為唐王）。戰爭持續了近1年時間，不僅嚴重消耗了南明各政權的實力，還變相的為清軍南下掃除了障礙。除了''唐魯之爭''之外，廣東的紹武政權和永曆政權也爆發過內訌。結果，就在紹武帝的軍隊還在和永曆帝的軍隊鏖戰之時，清軍已經快速南下，一舉襲破惠州、潮州，並攻占了紹武帝的都城廣州。
可以說，此時清軍南下的時間之所以被延長，並非南明小朝廷的抵抗。而是因為南明小朝廷分布在南方廣大地區，清軍需要經過漫長的征途，才能征服這些流亡政權。當然，除了南方地域廣闊之外，江南軍民在面對清軍頒布的''剃髮令''時，進行了慘烈的抵抗，也是造成清軍花費20餘年才征服江南的主要原因之一。自認為征服南京就徹底杜絕了江南軍民抵抗意志的清軍，立即頒布了''留頭不留髮，留髮不留頭''的剃髮令。剃髮易服政策的推行，使得原本對明朝和南明小朝廷早已不抱希望的江南人民感到了危機，一方面顯然使他們意識到了漢族文化難以存續，另一方面''身體髮膚，受之父母''這種儒家思想的影響根深蒂固，一時大江南北群情鼎沸。立即招致南方民眾自發的抵抗，其抵抗之慘烈，作戰之勇敢，是清軍根本沒有想到的，也從未遭遇到的。
比如在江陰城，就在典史閻應元、陳明遇等人的領導下，全城軍民與清軍鏖戰81天。要知道，當年所謂的江北軍事重鎮，擁有數以萬計正規明軍的揚州城，也不過只堅守了1天。當然，這場鏖戰是慘烈的，江陰城14.2萬軍民全部戰死，倖存者僅老少53口。當然，清軍也付出了慘重的代價，據記載''清兵圍城者24萬，死者67000，巷戰中死7000''。除了江陰城之外，嘉定城的軍民同樣也是捨死忘生捍衛自己的''漢家衣冠''。在兩個月的時間裡，嘉定的百姓，先後組織''鄉兵''與訓練有素、裝備精良的清軍進行了十餘次交戰。雖然，屢戰屢敗，但依舊捨死忘生，毫無畏懼。可以說，像江陰、嘉定這樣的江南小城，成為一個個堅固的堡壘，阻止著清軍鐵騎的南下。
當然，江南軍民的抵抗可以遲滯清軍南下的步伐，而真正讓清軍在江南半壁陷入鏖戰的則是李自成和張獻忠的農民軍殘部。比如，李自成的大順軍殘部在歸順隆政權之後，被改編為''忠貞營''很快便成為明軍抗清力量的核心。同樣，張獻忠的大西軍在李定國和孫可望的領導下，成為永曆政權更是在相當長一段時間完全依賴的軍事力量。同樣，依靠李定國和孫可望等人的經營，雲南等地成為南明抗清的重要根據地，使得清軍在長達數年的時間裡再難向前半步。在此基礎上，李定國發揮自己的軍事才幹，屢次擊敗清軍，還取得了''湘桂大捷''，為南明政權奪回了收復兩個州，十六個郡，大致三千里的土地。可惜，大廈將傾獨木難支，當孫可望投降之後，原本有了一定起色的永曆政權就立即陷入了風雨縹緲之中，直到最後的滅亡。
縱觀南明短短的20餘年，各個小朝廷內訌不斷，只想偏安一隅，對於收復失地，重振河山沒有任何雄心。反而是為了捍衛儒家文化的江南軍民，以及農民軍殘部對於清軍進行了堅決抵抗。