「Primer Premier是一套全面的 PCR 引物設計軟體。」
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概述
標準 PCR 檢測的引物設計
Primer Premier 的搜索算法使用最近鄰算法查找具有最準確溶解溫度的最佳 PCR、多重和 SNP 基因分型引物。在按照排序順序報告最適合您的序列的引物之前，先篩選引物的二級結構、二聚體、髮夾結構、同源性和物理特性。從 NCBI 加載感興趣的基因，選擇搜索範圍，坐下來，讓 Primer Premier 為您挑選最好的引物。
SNP 基因分型分析的引物設計
使用 Primer Premier，您可以從 dbSNP 加載序列，並選擇設計的引物位於 SNP 的兩側。通過在標準 GenBank/dbSNP 文件中將它們指定為變異特徵，也可以加載數百個未發布的 SNP。在指定 SNP 後，可以設計引物以放大它們以使用基於探針的化學方法進行檢測。
多重檢測
對於多重實驗，Primer Premier 使您能夠以批處理模式啟動引物搜索，然後檢查所設計引物的交叉活性，從而減少錯誤引物。
自動同源性和模板結構避免
Primer Premier 會自動解釋 BLAST 搜索結果並避開這些區域來設計與資料庫具有顯著交叉同源性的引物。這些同源區域在序列視圖中突出顯示，並在引物搜索期間被避開。
由於在延伸溫度下存在模板結構，引物延伸可能會受到阻礙。為了避免模板可能自行摺疊的所有此類區域，該程序使用專有算法在您指定的摺疊溫度下檢查模板內可能的二級結構。參與二級結構形成的區域在序列視圖中標有下劃線，並在設計引物時被避開。
避免同源區域使寡核苷酸具有高度特異性，避免模板結構提高了設計引物的效率。
手動引物搜索
Primer Premier 為用戶提供對引物設計的完全控制。使用手動引物搜索選項，用戶可以選擇模板序列上的任何位置來設計有義或反義引物。Primer Premier 會立即計算並顯示新引物的特性。用戶最終選擇的引物隨後顯示在主窗口的序列視圖中。
編輯模板序列
模板序列是可編輯的並且可以由用戶更改。可以使用標準的剪切/複製/粘貼功能修改基礎。可以使用刪除按鈕刪除不需要的序列區域。用戶可以評論或注釋序列並保存它們以供將來參考。
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功能
新改進的搜索算法
- 新改進的搜索算法。
- 自動同源性和模板結構避免。
- 序列視圖以可視化序列上的引物。
- 新改進的圖形用戶介面。
自動序列檢索
使用登錄號/GI 編號和檢測 ID 將批次序列直接從 GenBank 和 dbSNP 快速檢索到程序中。使用多重檢索工具，可以從本地驅動器加載序列。
自動同源性和模板結構避免
引物特異性可以通過在程序中執行 BLAST 搜索和搜索模板結構來實現。在設計引物時會使用這兩種搜索的結果。在引物設計過程中會自動避開具有顯著交叉同源性和模板結構的區域。
評估預先設計的引物
Primer Premier 分析和評估預先設計的引物的特性並對它們進行排序，以便您判斷引物與所需目標值的距離。如果您使用已發布或預先設計的經過充分驗證的引物，此功能特別有用。還可以評估具有多達 5 個錯配的引物。
對於特定的底漆，Primer Premier 甚至可以設計兼容的套裝。例如，對於預先設計或發布的正向引物，Primer Premier 可以找到符合所有設計標準的兼容反向引物。
您甚至無需輸入模板序列即可評估正向/反向引物或引物對。Primer Premier 顯示正在分析的寡核苷酸的所有屬性，並以 HTML 或 csv 文件格式導出。對引物進行排名，使您能夠判斷它們與目標值的接近程度。
手動引物搜索
Primer Premier 提供對用戶手中的引物設計的完全控制。使用手動引物搜索選項，用戶可以單擊模板序列上的任何核苷酸以在他們選擇的位置獲取引物。Primer Premier 設計了一個 3' 末端位於該核苷酸的引物，並立即分析其特性。根據用戶的方便，也可以增加/減少引物的長度。對於誘變和克隆，此功能有助於在其他受限區域獲得最佳設計。Primer Premier 能夠沿著 DNA 序列「滑動」引物序列，實時顯示特性，使用戶能夠可視化定位寡核苷酸的最佳位置。
編輯模板序列
可以編輯模板序列。可以使用標準的剪切/複製/粘貼功能修改鹼基，將感興趣的位置歸零。可以通過選擇它們並單擊刪除來刪除不需要的序列區域。該程序還允許用戶為序列添加註釋或注釋以供將來參考。
序列視圖
所選序列可以以每塊 3 或 10 個鹼基、單鏈或雙鏈的形式查看。設計的引物被標記，有義引物為藍色，反義引物為紅色。選定的 SNP 標記為粉紅色。同源區域以黃色突出顯示，參與模板結構的鹼基加下劃線。您可以將「序列視圖」與引物設計結果一起以 csv 或 HTML 格式導出。
生成報告
您可以為您為實驗室筆記本設計的化驗以及與同事共享信息創建演示質量報告。該報告顯示了引物在序列上的位置，包括備用引物列表，顯示引物、擴增子和序列特性以及引物設計程序使用的設計參數。
本地和桌面 BLAST 選項
您可以使用本地和桌面 BLAST 選項針對本地自定義資料庫對您的序列進行 BLAST。在您的計算機上創建一個文本或 FASTA 格式的序列資料庫，然後從 Primer Premier 中對您的查詢序列進行 BLAST。然後將結果用於引物設計。如果您不想在 Internet 上提交您的數據，或者您正在處理未發布的信息，這種支持特別有用。
計算器
內置計算器計算 GC%，顯示鹼基計數，使您能夠獲得互補鏈和反向互補鏈。
數據和資料庫管理
可以創建多個項目。通過為每個實驗創建單獨的項目，可以輕鬆管理多個實驗的數據。維護用於序列信息和搜索結果的本地資料庫。
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系統需求
文章來源: https://twgreatdaily.com/zh/2b0cf83893e053202c8a43872dc86fee.html