生態養殖的模式可以通過把養殖業與種植業、林業、漁業等多種生產體系結合起來的方式進行，或以畜禽糞污的資源化利用為紐帶進行生態養殖。生態養殖的主要模式如下。
一、農牧、林牧、漁牧結合的生態養殖模式
1.農牧結合模式
通過農牧結合，多途徑增加養殖的飼料來源，也為農田提供更多的優質有機肥，還減少畜牧養殖對環境的污染，提高養分資源和能源的利用效率。如糧—禽、糧—畜、種草養畜等模式。
2.林牧結合模式
充分利用林地、果園的閒置資源，將家畜、家禽生產納入林業系統中，發展林下生態種養。如林—畜—禽、果—禽等模式。
3.漁牧結合模式
畜禽養殖與水產養殖結合。如魚—畜、魚—禽、魚—畜—禽綜合經營等模式。
二、農林牧結合、農牧漁結合、林牧漁結合的生態養殖模式
1.農林牧復合模式
種植業與林業共生，形成良好的生態環境，還可為畜牧養殖業提供飼料（飼草）資源；利用農作物秸稈和動物糞便生產沼氣，充分利用廢棄物，減少環境污染，沼氣可為社會提供能源，沼液和沼渣也可作為肥料再用於種植業和林業。
2.農牧漁復合模式
通過畜牧業廢棄物的沼氣生產和沼氣、沼渣、沼液將種植業和水產養殖業連接起來，構成物質循環利用的生態體系。還可種植一些牧草等為畜牧業和水產養殖業提供青飼料，對魚塘的定期清淤可為種植業提供有機肥源。
3.林牧漁復合模式
在丘陵山區，利用山坡地發展林果業或林草業，在林地中或果園裡建立畜禽養殖場和沼氣池，在山塘中發展水產養殖業，形成林、果、草、畜、禽養殖單元和水產養殖單元。
三、以畜禽糞污的資源化利用為紐帶的生態模式
1.以沼氣為紐帶的生態模式
以沼氣為紐帶的生態模式主要是通過畜禽糞便的資源化處理，通過專業化沼氣生產，進行沼氣、沼液、沼渣的綜合利用。沼氣可以用來發電，或通過燃燒來取暖供熱；糞便經過沼氣池發酵後產生的沼渣、沼液可用於魚塘、農田、菜園、果園、苗圃，是有機飼料和有機肥料，沼液作為液態有機肥供種植業所用。通過沼氣技術能夠把養殖業和種植業之間中斷的生態循環連接起來，形成有價值的有機連接。
2.以腐生食物鏈為紐帶的生態模式
根據腐生食物鏈原理，利用養殖過程中的廢棄物來培養食用菌，或者養殖蚯蚓、蠅蛆等，將種植業、養殖業連接起來，從而形成一個多元復合的生態體系。
（1）用畜禽糞便培養食用菌 利用畜禽養殖產生的糞便、農作物的秸稈、穀物糠麩、棉籽殼等作為培養食用菌（如蘑菇、香菇、草菇、黑木耳等）的原料，生產食用菌。食用菌生產後留下的菌渣和培養床的廢棄物用作大田作物的有機肥料。
（2）用畜禽糞便養殖蚯蚓和蠅蛆 利用畜禽養殖的廢棄物（輔以一定的作物秸稈）作為基質養殖蚯蚓，或直接用動物糞便養殖蠅蛆。蚯蚓和蠅蛆作為高蛋白飼料是養鵝和養魚的營養餌料。養殖蚯蚓和蠅蛆後的剩餘殘渣是優良的有機肥，用於大田農作物生產。