一、有機農業對土壤的要求
1.土壤是農業生產的基礎
研究表明，人體所需求的元素與土壤的元素有著非常顯著的相關性，人類除了需要空氣和水之外，還需要各種各樣的營養元素，它們都來自於土壤中生產的各種農產品。而人類消費農產品後的垃圾、排泄物等也都需要通過土壤來進行還原凈化。
土壤的凈化能力包括對生物體完成壽命後的屍體分解、對動物的排泄物和植物殘體的分解、對外源投入物如化肥、農藥等的分解，也包括土壤對大氣的凈化作用。凈化作用的動力則是土壤的微生物，它雖然只占土壤有機物的1％左右，但數量達到每克土數千萬甚至數億個，有細菌、真菌、放線菌等。它們可以分解各種有機物，釋放營養物質為植物提供持續的供應，如溶解微量元素，把難溶性磷酸鹽分解成植物可利用的磷酸鹽等；同時合成新的腐殖質、胺基酸、維生素和抗生素等，維持土壤生態系統的穩定；也有一些微生物可以固定空氣中的氮素為植物利用。
2.有機農業對土壤的要求
有機農業除了強調生產安全優質的農產品外，更注重土壤的可持續生產能力，因此，這兩方面也就是有機農業對土壤的最基本要求。
理論上能進行常規生產的田塊就可進行有機生產，因為有機農業更多強調的是對農田管理過程和其對農產品生產功能的可持續支持，常規農業通過一定時間的有機操作轉換即可成為有機農業，也就是要通過有機生產方法將常規系統逐漸轉變為可持續發展的農業生產系統，使退化的土壤生態系統得以恢復。這和綠色食品更強調土壤環境質量狀況是不同的，有機農業更強調的是過程，也就是說強調的是用可持續的農業生產方式來管理土壤和農業生產系統，使其逐步轉變為健康的、安全的、可持續的生態農業系統。因為再好質量的土壤，如果在生產過程中對有風險的物質不加以有效的控制，都可能導致土壤質量的下降。
我國國家標準 《有機產品 第一部分：生產》（GB/T 19630.1—2005）明確規定，有機生產需要在適宜的環境條件下進行。有機生產基地應遠離城區、工礦區、交通主幹線、工業污染源、生活垃圾場等。基地的土壤環境質量應符合 《土壤環境質量標準》（GB 15618—1995）中的二級標準 （見表2－1）。
表1－1 有機產品生產土壤環境質量要求 單位：mg/kg
對於不同類型的土壤，由於其土壤性質不同，不同重金屬所表現的活性也不同，我國在20世紀末提出的有機 （天然）食品生產和加工技術規範中規定了不同類型土壤的有機農業生產土壤標準 （表1－2），其中有機磷農藥、六六六、DDT 均不得檢出。
表1－2 有機農業生產土壤標準 單位：mg/kg
二、有機農業對水質的要求
水是工農業生產的基礎，工業生產、農田灌溉以及城市生活等都需要消耗大量的水。農業歷來是耗水大戶，無論是農田灌溉、畜禽養殖還是水產養殖都需要大量的水來支持。由於水的特殊性質，它不僅能溶解和搬運各種各樣的物質，也會將這些物質帶入土壤，進而進入植物、動物和人的身體。所以，水的質量會直接影響到農業產品的品質和農產品的質量安全。隨著工農業生產的發展和城市化的進程，水的循環流動已發生顯著的變化，水體污染和森林草被等破壞導致的水土流失等都嚴重影響著正常的生態系統發展，也嚴重影響農業生態系統的穩定與發展。所以，有機農業對水質有嚴格的要求。
1.有機農業對灌溉水的要求
國家標準 《有機產品 第一部分：生產》（GB/T 19630.1—2005）規定有機生產基地的農田灌溉用水水質應符合 《灌溉水環境質量標準》（GB 5084）的規定 （1－3）。
表1－3 有機產品生產灌溉水質要求
另外，由於水的特殊屬性和人類監測與認識水平的有限性，有機農業基地應避免在有廢水或固體廢棄物污染源的周圍進行生產 （如廢水排放口、污水處理池、排污渠、重金屬含量高的污灌區和被污染的河流、湖泊、水庫，以及冶煉廢渣、化工廢渣、廢化學藥品、廢溶劑、尾礦粉、煤矸石、爐渣、粉煤灰、污泥、廢油及其他工業廢料、生活垃圾等）。嚴禁未經處理的工業廢水、廢渣、城市生活垃圾和污水等廢棄物進入有機農業的生產用地。
此外，要求有機地塊與常規地塊的排灌系統有有效的隔離措施，以保證常規農田的水不會滲透到有機地塊。食用菌栽培的用 水水 源 應 符 合 飲 用 水水質 標準（GB 5749）的要求。
2.有機農業養殖用水的質量要求
有機農業不僅包括農田生產，也包括有機漁業和有機畜牧業，它們對具有流動性的水質也都有嚴格的要求 （見表1－4，表1－5）。
表1－4 有機漁業水質標準 （GB 11607—89漁業水質標準）
表1－5 有機畜禽飲用水質標準（GB 5749—5）
有機農業強調產品質量安全的同時，也很重視生產系統對自然環境的影響，因此有機農業要求養殖場污染物的排放應符合 GB 18596養殖場污染物排放標準。
對有機水產養殖區要求與常規養殖區必須採取物理隔離措施，開放水域生長的固著性水生生物，其有機養殖區必須與常規養殖區、常規農業或工業污染源之間保持一定的距離。
3.有機食品加工用水的質量要求
有機食品除了在初級產品的質量要求外，對加工運輸乃至儲藏等環節都有嚴格的規定，而在加工環節的用水同樣存在風險，因而，對加工用水也有相應的水質要求 （表2－6）。
表1－6 有機天然食品加工用水水質標準（GB 5749—85）
三、有機農業對空氣品質的要求
國家標準 《有機產品 第一部分：生產》（GB/T 19630.1—2005）規定有機生產基地的環境空氣品質應符合 《環境空氣品質標準》 （GB 3095—1996）中的二級標準 （表1－7）和 《保護農作物的大氣污染物最高允許濃度》 （GB 9137）的規定。同時規定了緩衝帶和棲息地：如果農場的有機生產區域有可能受到鄰近的常規生產區域污染的影響，則在有機和常規生產區域之間應當設置緩衝帶或物理屏障，保證有機生產地塊不受污染，以防止鄰近常規地塊的禁用物質的飄移影響。在有機生產區域周邊設置天敵的棲息地，提供天敵活動、產卵和寄居的場所，提高生物多樣性和自然控制能力。
表1－7 有機產品生產基地環境空氣品質標準（GB 3095—1996）
和水一樣，空氣具有很強的移動性，因此，各種污染物質或有風險的物質都可能隨之移動一定的距離，因此，從空氣傳播風險的控制考慮不同國家和地區的有機農業標準都提出了緩衝帶的要求。同時從可持續生產的角度也要求有機農業有自然生物棲息的空間以供有害生物天敵的生存與發展需要，所以，標準也要求有一定的保護空間。直接與常規農田毗鄰的露天食用菌栽培區必須設置大於30m 的緩衝帶，以避免禁用物種的影響。
當然，基地周圍，特別是其上風向不能有污染源，遠離交通要道和居民集中的城鎮是最基本的要求。
四、有機農業對生物的要求
環境生物包括所有與人類生存環境有關的生物，在農業生產中除了目標生物（作物）外的其他生物都是環境生物，這些環境生物對農產品的生產及產品質量都有很大的影響。因此，有機農業對生物也有明確的規定，最突出的相關規定是幾乎所有的有機農業標準都禁止在有機農業操作中使用基因工程產品，因為其潛在的風險尚未得到確認。
在種子種苗的選擇方面：要求有機作物生產所用的種子和種苗必須來自認證的有機農業生產系統。選擇品種時應注意其對病蟲害有較強的抵抗力；嚴禁使用化學物質處理種子；不使用由轉基因獲得的品種。
有機農業強調避免農事活動對土壤或作物的污染及生態破壞，要求制訂有效的農場生態保護計劃，採用植樹種草、秸稈覆蓋、不同作物間作等方法避免土壤裸露，控制水土流失，防止土壤沙化和鹽鹼化；要求建立害蟲天敵的棲息地和保護帶，保護生物多樣性。禁止毀林、毀草、開荒發展有機種植。
對於野生植物的採集，要求採集活動不得對環境產生不利影響或對動植物物種造成威脅，採集量不得超過生態系統可持續生產的最大產量。
生產性繁殖體應採用經過認證的有機種源，並可追溯性清晰。
總之，有機農業對生物或生態的要求是儘量保持其多樣性，以維持生態系統的穩定，要採取各種措施維持生態系統的健康。
五、有機農業對廢棄物的要求
有機農業最重要的思想之一是維持農業生態系統的可持續發展能力，而有機農業生產所產生的廢棄物如不加以合理的管理與利用也會對周圍的環境造成污染，並反過來威脅農業生態系統的穩定。所以，有機農業對廢棄物的處理處置也同樣有要求。比如對畜禽養殖要求充分考慮飼料生產能力、畜禽健康和對環境的影響。養殖數量不超過養殖範圍的最大載畜量，要求保證畜禽糞便的儲存設施有足夠的容量，並得到及時處理和合理利用。對加工廢棄物的凈化和排放設施或儲存設施應遠離生產區，且不得位於生產區的上風向。排放的廢棄物應達到相應的標準。
有機農業原則上需要系統內的物質循環，但畢竟有產品輸出就需要有養分的補充和土壤肥力的維持，僅靠農業種植業內的秸稈還田並不能很好地維持土壤肥力的穩定，因此，有機農業允許利用一些系統外的有機物質作為肥力的補充，但不是任何外來有機物質都可以。對不同有機廢棄物利用都有一定的要求。有機農業標準明確規定，有機肥應主要源於本農場或有機農場 （或畜場）；遇特殊情況 （如採用集約耕作方式）或處於有機轉換期或證實有特殊的養分需求時，經認證機構許可可以購入一部分農場外的肥料。外購的商品有機肥，應通過有機認證或經認證機構許可。
有機農業限制使用人糞尿，必須使用時應按照相關要求進行充分腐熟和無害化處理，並不得與作物可食部分接觸。禁止在葉菜類、塊莖類和塊根類的作物上施用。對於有機農業系統內的作物秸稈、綠肥、畜禽糞便及其堆肥，原則上沒有特別的限制，但外來的秸稈要求與動物糞便堆制並充分腐熟後方可使用；對散養型家畜的養殖廢棄物、農家肥和脫水家畜糞便，要求滿足堆肥腐熟的要求。用於地面覆蓋或堆制後作為有機肥源的木料、樹皮、木屑、刨花、木灰及腐殖質等不應經過任何化學處理，否則不能使用。經過堆制或發酵處理後的肉、骨頭和皮毛製品等也必須是不含防腐劑的原料才可用。不含合成添加劑的食品工業副產品也必須經過堆制或發酵後才可以用。其他如餅粕、魚粉等要用於有機農業系統就不能使用化學方法加工或未添加任何化學合成的物質。
通常要維持一個有機種植園的土壤肥力，需要周邊有足夠的有機肥源。例如，北京平谷區的光遠岩巍有機桃園，為了提供66.7hm2桃園的有機肥，園區承包了平谷一家有機雞場的所有雞糞和大廠一家有機牛場的10000m3牛糞，不僅滿足了部分桃園的有機肥的需要，而且減少了畜禽養殖糞肥的堆積和排放，保護了環境。米業公司的產品剩餘物質，如稻殼和稻渣，可以用來生產草木灰和稻醋液。草木灰可以給果園補鉀，稻醋液可以給果園和養殖場消毒殺菌，具有抗病、防蟲、促進植物生長、增加產量等明顯效果，是一種非常適用的現代生物有機肥料。