政府組成部門，就是大家常說的行政部門，使用的是行政編制，是真正的公務員單位，主要包括政府辦、財政局、教育局、農業農村局、交通運輸局、住建局、科技局、工信局等。政府組成部門和黨委機關，共同組成黨政機關，是各級行政區劃內主要組成部門。
政府直屬機構，一般指的是事業單位。在市縣基層，由於黨政機構限額限制，以及行政編制數額限制，一些承擔行政職能的單位，設置為事業機構，由政府授權，行使行政職能。比較典型的像機關事務管理局、城市管理局等，以及一些在市、省一級設置為政府部門，而在縣區基層設置為事業單位的機構，也就是俗稱的「事業局」。政府直屬機構是與政府部門下屬事業單位相對應區別開來的，比如社保局、就業局就是人社局下屬的事業單位，獸醫局就是農業農村局下屬的事業單位，它們承擔的行政職能，是政府主管部門、也就是政府組成部門通過授權的。
新一輪黨政機構改革完成後，不允許地方再行設立「事業局」，也不允許事業單位再承擔行政職能，不允許政府或者政府組成部門授權事業單位行使行政職能。事業單位承擔的行政職能，都是由對應的政府組成部門承擔。事業單位只承擔公益服務職能，除行政執法外，也不再參公管理。由於不允許政府授權，因而也就不會再有事業單位承擔行政職能，也就不再有政府直屬事業機構的存在。事業單位分類改革完成後，政府直屬事業機構將成為歷史名詞。