中醫學理論體系的建立,促進了醫學在理論與實踐方面的發展。隨著社會的發展與科學技術的進步,醫學理論不斷創新,治療技術不斷提高。中醫學在漢代以後進入了全面發展時期。
魏晉南北朝,歷隋唐至五代,前後七百餘年。醫學理論與技術,隨著這一時期政治、經 濟、文化的發展而有新的提高，出現了眾多名醫名著,推動了中醫學理論體系的發展。
晉·王叔和編撰的(脈經》)是我國第一部脈學專著。該書首次從基礎理論到臨床實踐,對中醫脈學進行了全面系統的論述:提昌寸口脈法，明確了左寸主心與小腸，關主肝膽,右寸主肺與大腸,關主脾胃,兩尺主腎與膀胱的三部脈位;描繪了 數、促、弦、緊等24種病脈的脈象形態及其所主病證,推動了於口脈診法的普遍應用。
晉·皇甫謐編撰的《針灸甲乙經》是我國現存最早的針灸學專著。該書敘述了藏象經絡、腧穴、標本、九針、刺法、診法、病證、治法等內容,集魏晉以前針灸經絡理論之大成,對後世針灸的發展貢獻很大。
隋·巢元方編撰的《諸病源候論》,是我國第一部病因病機證候學專著。該書以1729論分述內、外、婦、兒、五官、皮膚等諸科病證的病因、病機和症狀,尤重於病源的研究,如指出疥瘡是由疥蟲所致,寸白蟲(絛蟲)病是吃不熟的牛肉造成,「漆瘡」的發生與體質有關,某些傳染病是由自然界的「乖戾之氣」引起,並有「轉相染易」的特點等。
唐·孫思邈編撰《千金要方》和《千金翼方》,可稱我國第一部醫學百科全書。兩書詳述了唐以前的醫學理論、方劑、診法、治法、食養等,代表了盛唐的醫學發展水平。他提出的醫生在醫德方面的要求和所要達到的境界,可謂開中國醫學倫理學之先河。
宋金元時期,是我國科學技術發展較快、成果較多的時期。隨著科學文化的發展,醫學也有長足的進步。宋代及金元時期,醫學發展迅速,且流派紛呈,建樹較多,對後世醫學的發展影響很大。
南宋陳言(字無擇)據張仲景「千般疢難,不越三條」的論點,進一步結合自己的臨床實踐與《內經》有關論述,著成《三因極一病證方論》一書,簡稱《因方》)全書共18卷,將病因歸納為三大類:外感六淫為外因,七情內傷為內因,而飲食所傷、叫呼傷氣、蟲獸所傷、跌打損傷、中毒、金瘡等為不內外因。該書以病因與病證相結合的方法,系統闡述了三因理論。陳言的病因三分法,是對宋代以前病因理論的總對其後病因學的發展, 影響極為深遠。
金元時期的劉完素、張從正、李杲、朱震亨等人,對中醫學理論的發展做出了重要貢獻,後人尊稱為(金元四大
劉完素(字守真),創河間學派(後人尊稱劉河間),倡導火熱論。他認為「六氣皆從火化」,化 火化熱是外感病的主要病機而內傷病中「五志過極智為熱甚」。百病皆因火熱治療中力主以寒涼清熱,後人稱其為(寒涼派)代表作有《素問玄機原病式》、《素問病機氣宜保命集》等
張從正(字子和,號戴人),師從劉完素,提出邪非人身所有,「邪去正自安」,不可濫藥的新見解,治病以汗、吐、下三法攻邪為主,後人稱其為「邪派」。代表作為《儒門事親》。
李杲（字明之，號稱東垣老人，後人尊稱李東垣），師從易水學派創始人張元素),強調胃氣對發病的決定性作用倡言「百病皆由脾胃衰而生也」,善用溫補脾胃之法後人稱其為(補土派。代表作為《脾胃論、《丙外傷辨感論》等。
朱震亨(字彥修,號丹溪翁,後人尊稱朱丹溪),傳河間之學,創造性地闡明了相火的常變規律,認為相火有「生不息」功能,「人非此火不能有生」,而相火妄動,即屬邪火能煎熬真陰,從而得出「陽常有餘,陰常不足」的結論。治療上倡導「滋陰降火」,後人稱其為＂滋陰派」代表作為《格致餘論》。
金元四大家之論,各有創見,從不同角度豐富和發展了中醫學理論。
明清時期,是中醫學理論的綜合匯通和深化發展階段,既有許多新的發明和創見,又有對醫學理論和經驗的綜合整理,編撰了大量的醫學全書、叢書和類書。
明代命門學說的產生,為中醫學的藏象理論增添了新的內容。張介賓(字景岳)、趙獻可(字養葵)等醫家,對劉完素、朱震亨的學術觀點持不同見解,反對以寒涼藥物攻伐人體陽氣,強調溫補腎陽和滋養腎陰在養生康復與防治疾病中的重要性。張介賓提出了「陽非有餘」、「真陰不足」的見解,主張補養腎陽與腎陰。趙獻可認為命門為人身之主,特著《醫貫》一書強調「命門之火」在養生、防病中的重要意義。命門學說對中醫學理論和臨床各科的發展產生了較大影響,尤其對養生防病以及慢性疾病和老年病的康復治療,至今仍有重要的指導意義
明清時期溫病學說的形成和發展,是中醫學理論的創新與突破。溫病是多種急性熱病的統稱,多具有傳染性和流行性。溫病學說源於《內經》、《難經》及《傷寒雜病論》,後經歷代醫家的不斷補充和發展,至明清臻於成熟。在溫病學說的形成與發展過程中,明代的吳有性及清代的葉桂、薛雪、吳瑭等都做出了卓越的貢獻。
吳有性(字又可)著《溫疫論》,創氣」說,對溫疫病的病因有卓越之見。他指出,溫疫病的病因為「戾氣」,而非一般的六淫病邪;戾氣多「從口鼻而人」往往遞相傳染,形成地域性大流行,症狀、病程多類似;不同的疫病,有不同的發病季節;人與禽畜皆有疫病,但多各不相同。在細菌和其他微生物被人類發現之前200餘年,吳有性對傳染病的病因有如此深刻的見解,確是難能可貴的。
葉桂(字天士,號香岩)著《溫熱論》,闡明了溫熱病發生髮展的規律:「溫邪上受,先犯肺,逆傳心包」,創建了溫熱病的氣營血辨證理論對清代溫病學說的發展起著承前啟後的作用。
薛雪(字生白)著《濕熱條辨》,對濕熱病(溫病中之一類)的病因、症狀、傳變規人、治則治法等,作了簡要闡述,對溫病學說的發展做
吳塘(字通)著《溫病條辨》,創立了溫熱病的焦辨證理論,指出:「凡病溫者
始於上焦,在手太陰」;則傳中焦,胃與脾 ，中焦病不治,即傳下焦肝與腎也」便溫病學說得到進一步發展,逐漸走向系統與完善。
「另外,清·王清任(字勛臣)著《醫林改錯)改正了古醫籍中在人體解剖方面的某些錯誤,肯定了靈機記性不在心在腦。創立了多首治療瘀血病證的有效方劑,對中醫學氣面理論的發展做出了一定貢獻。