「孔融讓梨」是一個流傳千古的故事，作為孔子的第二十世孫，他很好地繼承和發揚了先祖留下來的美德。13歲那年，父親孔宙去世，孔融悲傷不已，都不能自己站起來，還是別人扶了一把才起來。因此，鄰居們都說孔融是一個非常孝順的孩子。他天生好學，博覽群書，還重情重義。
一次，名士張儉被中常侍侯攬解恨，悄悄派人去捉拿他。由於他和孔融的哥哥孔褒是好友，於是逃到了孔家。恰好孔褒不在家，張儉見好友不在，只有16歲的孔融在家，便沒有告訴他自己的處境，準備離去。孔融卻說雖然哥哥不在家，但自己也是這個家的主人，有權收留他，所以讓張儉住了下來。不久，事情敗露，國相以下的人都秘密壓下此事，張儉得以逃過一劫，可孔融和孔褒卻被逮捕了。兄弟倆爭著認罪，他們的母親也說自己是家裡年長的人，負責家事，罪責在她。孔家爭著赴死，讓官員們難以決斷，便上疏朝廷，請求皇帝處理。最終，孔褒被定罪，孔融因此而出名。
後來，孔融受到司徒楊賜的徵召，成了司徒掾屬。他為人剛正不阿，敢於同惡勢力作鬥爭，官位越來越大。漢獻帝登基後，他離任北軍中侯、北海相等職。東漢末年，局勢混亂，他知道曹操和袁紹的野心，所以不願投靠兩人。有人曾勸說他投奔曹操，他聽後非常憤怒，當場殺了那人，後來還是投靠了曹操。雖然孔融有才，但自負於才氣秉性，空有報國的思想，沒有什麼實際的行動，從而導致沒有實際的收穫。建安元年，他與袁譚激戰數月，最終敗逃山東。
孔融喜歡抨擊時政，言詞激烈，幾次惹怒曹操。曹操進攻鄴城時，屠殺了城內不少居民，袁紹家的女性大都被俘虜，曹丕甚至私自娶了袁熙的妻子甄氏，讓他非常看不慣。於是，他寫信給曹操說：「武王伐紂，把妲己賞給他。」曹操沒明白孔融的意思，問他這是出自哪部經典名作，他回答：「按現在的事情量一量，想當然而已！」孔融看到了曹操的本性，越發不能忍受，經常用一些偏激、傲慢無禮的話批評曹操，令後者非常不滿。但孔融非常有名氣，暫時動不得，只能容忍著，背地裡找機會除掉他。
曹操生性多疑，加上郗慮的誣陷，建安十三年八月二十九日，下令逮捕了孔融。他非常氣憤，說道：「父之於子，當有何親？論其本意，實為情慾發耳。子之於母，亦復奚為？譬如物寄瓶中，出則離矣！」意思是父親對兒子沒什麼親情，不過是因為情慾而產生的；兒子對母親也沒什麼感情，就好像一件東西寄存在瓶子裡，拿出來就離開了。他原本想要破斥的是世俗流行的關於「孝」的價值論，不知為何會被後世誤傳為「弒母」。他的一番話，觸怒了曹操，下令處死了孔融，並株連全家，年幼的兒子和女兒被人保護著，得以活下來。