光緒帝死後次日即二十二日下午未刻，慈禧也在儀鸞殿命歸黃泉。不用說，對於這位獨斷專橫的太后的死因始終是有疑問的，不少人傾向於認為她的死不只是由於疾病的作用。
或者她預感自己將不久於人世，在行將就木之前，頒發詔書趕快確立溥儀為新皇帝人選，讓其父載灃為監國攝政，也算是為清王朝的皇統做了最後一件大事。
至於她的死因，流傳頗廣的說法卻是，有人在她與外界隔絕的病房裡強行取得建立新秩序的詔書後，按照中國古老的習俗，給了她一片金子，讓她吞服金子窒息而死。
據說，慈禧年輕時就有月經不調之症，後來到四十多歲時，又患更年期綜合徵，痔瘡、喘咳、腹瀉、腸胃不調等病症也光顧過她。
光緒三十年後，由於年老體弱，疾病不斷。三十三年正月，即患有慢性腸胃病，消化不良，御醫們雖盡力調治，但效果甚微。不想，正是這腸胃不適，埋下了她走向死亡的病根。三十四年六月，病情有加重之勢，御醫陳秉鈞診病記錄說：
「由於陰陽鬱熱未除，氣分微見虛弱，背間忽冷忽熱、牽引臀部。」
此後，又腹瀉始終不愈，且有加劇之勢，由於連續腹瀉而慢性消耗，精力漸憊導致，使七十多歲的慈禧體力大不如前。又因政務繁忙，難以靜養，得不到很好的調理。
從《內起居注》中可見，慈禧這一時期經常發布諭旨，批閱奏摺，臨朝接見大臣，商討政務，疲勞而導致脈律不齊或高血壓症候。加上慈禧73歲壽辰，又忙著舉行慶典，白天忙活參加慶典，晚上還要連日看戲。
應該諸多因素，使其病情以壽辰之日為轉換的關節點。就在壽辰的慶典當晚，御醫診病表明，慈禧除繼續腹瀉外，病又及肺。
當月十六到十八日，慈禧病情也無重大變化，除「時作咳嗽，口渴舌干，頓引肋下作痛，大便尚瀉，身肢懶倦無力」外，其他毫無症狀。十九日開始就有記載：有穀食不多。
世續、張之洞合奏：「國有長君，社稷之福，不如徑立載灃。」張之洞進言：「皇帝臨御三十餘載，不可使無後。古有兼祧之制，似可仿行。」
慈禧考慮後同意了張之洞的建議。慈禧決定後，乃於十九日在儀鸞殿召開御前會議，當日會議全由太后一人主持，慈禧說話仍如往日，聲音洪亮堅厲，無任何不適表現。
但在慈禧連下兩道諭旨，任載灃為攝政王，確定溥儀為皇嗣後。次日，光緒帝就去世，慈禧又連續頒布三道懿旨。
這一日，慈禧雖極辛苦，但精神看上較佳，並不像是重病的人，並無危象，只是「胃納減退」。
第二天六點照常召見軍機大臣、攝政王等人商討政務。
慈禧當時吩咐各事，從容清晰，但隨後，她的體力漸漸不支，不到半個小時，已經進入彌留狀態。御醫先後三次入診，都搖頭嘆息，妙手無法回春。這位獨斷專橫、掌控中國命運半個世紀的女人病逝，享年七十四歲。
根據慈禧御醫給出的說法，慈禧屬於正常死亡，畢竟古代的人能活到七十歲以上的人少之又少，慈禧年齡擺那裡，因長期染病而亡也正常。
從當時時局看，慈禧獨攬大權，但畢竟只是太后，掌權的方式是垂簾聽政，即便是一言堂，沒人敢反抗，但中間還隔一個光緒帝，如果說，最想害死她的應該就是光緒帝。畢竟光緒是過繼過來的，感情不深。
關於倆人的死因，正史記載都是病死，而野史觀點不一，畢竟光緒和慈禧一樣，都是死前都是臥病在床。
據調查顯示，光緒帝死於毒殺，光緒帝的遺體的頭髮，衣物、骨頭均含有高度的三氧化砷。
據說，在光緒死前幾日，李蓮英通過小太監得知，光緒帝在本子上寫了一段秘密的話，李蓮英通過小太監得知夠，彙報給了慈禧，慈禧便決定先下手為強，毒死光緒。
慈禧怒曰：「我不能先爾死！」這一記載，便成了後人指認毒死光緒帝的依據。說慈禧先下手為強，毒死了光緒皇帝。
那麼大機率慈禧就不是被光緒所害，當然，兩個人也存在互傷害的可能，但這種可能很小，因為光緒無權，沒能力加害慈禧。
如果說慈禧突然死亡有什麼誘因的話，很可能正如其遺誥中所言是光緒帝之死。但究竟是因悲痛光緒帝使病情加劇，還是因光緒帝一死，心病已除，再無執念，使自己原本緊張的精神一松，導致長期支撐的病體也跟著垮掉，就不得而知了。
總而言之，慈禧的去世雖然很突然，但也在情理之中。慈禧太后身體孱弱，大病沒有，小病不斷，主要是久瀉不止，胃疼脾虛，讓太醫們束手無策，還一直拖著沉重的病軀，支撐腐朽清王朝，雖病體虛弱，但大局未定她不敢鬆懈。待光緒被毒死，心病已去，立完溥儀，大局已定，再無執念，原本的病體自然撐不住，就立刻去世了。
當然，慈禧一走，載灃面對腐朽的清王朝，載灃他們也沒有能力維持，僅僅三年不到，清王朝就在武昌起義的槍聲中轟然倒塌了。
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