後期管理是指從抽蕾到採收期間的管理。後期管理的工作比較繁雜，也很重要，是直接影響到香蕉品質的關鍵時期。因此，後期管理也稱香蕉的品質管理。蟲害方面主要是防治香蕉花薊馬；病害方面重點是防治香蕉黑星病。同時，對紅蜘蛛、蚜蟲、葉斑病等應根據其發生情況進行相關防治。
1. 校蕾
香蕉蕾剛抽出時，可能剛好懸壓在某張葉片上，當蕾軸繼續伸長及重心外移時，會瞬間將葉片壓折，蕾苞突然下垂將果軸折斷。因此，在葉片被壓折以前，必須校蕾。方法是：用木叉將蕾苞輕輕頂起，緩慢移位到兩張葉片的間隙，將蕾慢慢垂下，此項工作務必小心，用力不要過猛，否則，操作過程中也有斷果掉蕾的可能。
2. 修葉
在蕾下垂繼續伸長時期，蕉果可能觸碰到葉片，應想辦法把接觸果實的葉片去掉，可以去除葉片的一部分，也可以把整片葉切除。
3. 疏果
在蕉果開出4～5梳時，必須對香蕉進行疏果整理。正常香蕉每梳只有上下兩排果指，但有時會生出聯體果，單排果及三排果等不正常發育的果指，特別是頭兩梳較為常見。必須去除聯體果，單排果及三排果。如果每梳果的果指多於24個，還必須去多餘的果指，先在果梳的兩邊各疏1個，中間每隔3～4個果指疏1個。
4. 留梳與斷蕾
一般香蕉每串果穗都能抽出8～10梳果，香蕉的留梳數可根據樹體的大小、功能葉片的數量、果軸的粗細來決定。一般情況下冬蕉不宜留超過6梳，春夏蕉不宜超過7梳，在留梳過程中如果果梳數較多，可以考慮去除頭梳。留足梳數及單果後斷蕾越早越好，以免花蕾的生長消耗養分。
5. 抹花
在疏果、留梳的同時應結合抹花。抹花的時機最好在果指尚未完全展開、手觸花瓣易脫落時進行，這樣蕉指較合攏，花瓣易落，花柱較脆，抹花工效較高，不傷果指，抹花後滴流的蕉乳也不沾污蕉果。抹花時不宜戴手套，一株香蕉果串的抹花工作應分2次以上來完成，即在疏果時抹前2～3梳的蕉花，在留梳斷蕾時再抹剩下的蕉花。
6. 套袋
香蕉在抹花留梳完畢後應及時噴1次藥防治病蟲害，藥液干後便可套袋。套袋可起著防寒保溫、蕉果著色好、減少病蟲害及避免外傷的功效。冬天可用不帶孔的袋子，春夏季節的袋子應帶孔。在袋子能套住整條果穗及條件允許的情況下，套袋綁在果軸上的位置越高越好，最少也要離頭梳香蕉著生果軸位置30厘米以上。
7. 標記及垂果串
套袋完畢後在果穗末端綁上一條各種顏色的菜繩，以標記不同生長時期的果穗。對不垂直水平面的果穗，為避免歪梳、散梳、果梳不整齊，應將果穗拉靠蕉樹，讓其垂直水平面。標記所用菜繩的顏色每周換1次，並登記好套袋株數。採收期可根據繩子顏色進行統計、預估、採收。
8. 支杆撐蕉
對於在7～12月份採收的香蕉必須每株立杆支撐，而且在颱風季節到來之前立杆完畢，以防颱風。立杆位置一般在離蕉頭20厘米處打穴，洞深40厘米，將木桿立進穴中壓緊，然後將香蕉假莖綁牢在立杆上。出蕾後立杆應避免與蕉果觸碰，造成傷果。
9. 肥水管理
套袋後可施2兩復合肥促進果實的增長，施用方法為灌水後撒施。另外香蕉果指在返梳時是幼果生長較快的時期，因此必須噴施液肥，濃度不宜過高，否則很容易對幼果造成藥傷。可用蕉長青+磷酸二氫鉀，採用細霧自下而上均勻噴施，以有霧滴而不匯流為佳。可結合病蟲害防治同時噴施，例如結合第1次抹花後或套袋前的病蟲害防治，混入上述藥劑同時噴施。