美国将关塔那摩监狱建设在古巴的领土上，存在一定的历史因素。
古巴政府从上世纪五十年代开始，就一直想要收回美国对关塔那摩基地的控制权，但是无奈美国和古巴的国力差距巨大，古巴根本没有实力从美国手里夺回基地。
美国占领关塔那摩基地的历史能够追溯到十九世纪末期，在十九世纪前期，美国总统门罗提出了著名的门罗主义，门罗主义强调美国对美洲的控制权，不允许欧洲殖民国家继续干涉美洲的事务。
门罗主义提出后，美国将美洲当成了自己的后院，1868年西班牙殖民地古巴爆发起义，经过三十多年的战争，到了十九世纪末期的时候，古巴已经快要取得独立战争的胜利。美国看到西班牙即将失败，借口军舰爆炸挑起了美西战争，帮助古巴顺利建国。
在古巴成功独立后，美国成为了古巴的保护国，从古巴租借了关塔那摩作为军事基地。因为美国的国力强大，古巴和美国没有约定租借的日期，只约定租金为2000金币（4000多美元）。
之后美国一直向古巴支付租金，古巴也一直没有收回基地。西奥多·罗斯福上台之后，美国和古巴重新签订条约，规定除非美国废弃关塔那摩基地，或者古巴和美国达成协定，否则美国将永久租界关塔那摩基地。1959年古巴国内爆发起义，古巴亲美政权被卡斯特罗推翻，古巴第一次提出了要收回关塔那摩基地。
美国为了继续控制古巴，无论如何都不肯交出关塔那摩军事基地，古巴也不敢向美国发动战争，只能默许美国继续驻扎在古巴的领土上。
古巴导弹危机时期，古巴军队一度想要对美国开战，但是由于美苏两国达成妥协，古巴只能放弃了收回基地的打算。从上世纪六十年代开始，古巴多次切断关塔那摩基地的水源，想要逼迫美军主动放弃基地。
然而美国通过现代科技手段，解决了水源和发电的问题，关塔那摩基地的水源和电力完全能够自给自足。
911事件发生后，美国发动了对阿富汗的战争，在战争中美国逮捕了数以千计的恐怖分子，这些恐怖分子大多没有国籍，不是真正意义上的战俘。
如果按照美国的法律，美国只能通过正常的司法程序来审讯这些人，这些人很可能会被判处无罪，继续逃到战乱地区兴风作浪。如果美国直接把犯人枪毙，那么美国又无法获得一些重要的情报，而且不经审判枪毙犯人，也不符合美国国内的法律规定。
为此美军不得不选择一个能够避免恐怖分子被法官释放，又能够审讯恐怖分子的地方。在这种情况下，美国选中了关塔那摩军事基地，并且在这里建造了戒备森严的监狱。现在美国在关塔那摩监狱关押了数百名恐怖分子，这些人经常受到各种酷刑虐待，他们既得不到法律的审判，也没有被释放的可能。
由于美国的国力强盛，古巴对此只能睁一只眼闭一只眼，默许了美国在古巴领土上建造监狱审讯犯人。