但是，谁都没有想到，曾经多次科举失利的洪秀全，在广西组成的拜上帝教突然间异军突起，冲出广西之后，自永安到江宁，用了不到两年时间，这时候的八旗军有记录的参与过国内重大战役几户还是康熙年间的三藩之乱。此后的战争对于八旗军来说，只能算是零星战役。面对突如其来的大战，他们除了恐慌就是恐慌。
年轻气盛的咸丰帝只好将希望寄托在汉人身上，于是权力不断下放，容许汉人知识精英组织团练武装来抵抗太平军。在这个背景之下，曾国藩、左宗棠、李鸿章、胡林翼等人迅速崛起，后来逐渐挤进权力中枢。颠覆了满清长久以来的格局。
洪秀全进入南京以后，在杨秀清的主政之下，开启了三路军事行动，分别是北伐、西征、东征。其中的由李开芳、林凤祥率领的北伐牵制了清军主力，并且取得了非常乐观的成绩，他的作用就是保证了东征的胜利。
变乱之后的天京由于杨秀清、韦昌辉、秦日钢等人被处死，太平军失去了统筹全局的人才，也失去了大批精锐军队，他们又要面对装备、后期补给、税赋的征收问题，一如满清开始时候的症状。但是太平军的不幸之处在于，他们没有机会建立扎实的地方基础，就要面对清军反扑的风暴。
另外大批的汉人士绅对太平军的敌视造成了太平军在底层民众中无法立足。紧接着曾国藩的李鸿章、左宗棠等人相继从安徽、湖北崛起，北方的北伐军也全军覆没。反应过来的清军集结在江北，随时伺机而动。
猪队友那一边都有，不光咸丰对人不信任，度过危机的洪秀全也猜忌成瘾，导致石达开的离家出走，在四川全军覆灭。这使得太平军在内讧之后再一次遭遇毁灭性的分裂。
石达开出走之后，虽然洪秀全提拔陈玉成、李秀成等人，一时间形势有所好转，再次让满清陷入被动状态。
这个改变让曾国藩以及湘军等人有了足够的后勤补给，地方人事的安排让他们可以更加自由的协调人员。反观太平军，控制区域一天天缩小，新崛起的陈玉成、李秀成因为失和各自为战。最后陈玉成兵败身亡。剩下李秀成苦撑危局，清军却在曾国藩的率领之下凝聚在一起，对天京形成包围圈。
已成困兽之局的洪秀全面对这个尴尬的处境，不在寻求改变，而是将希望寄托在上帝天父身上，拒绝了李秀成让城别走的计划，坐视危机一天天扩大，最后天父的救兵没有到，他自己去伺候天父。洪秀全死的时候，已经是缺兵少粮无补给的局面。在一番苦战之后，曾国荃攻破天京，李秀成被俘，太平军主力宣告覆灭。也宣告太平天国的失败。